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fanta911新蟲 (初入文壇)
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[交流]
【求助/交流】關(guān)于序列去genbank比對(duì)的問題 已有9人參與
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看得好多蟲蟲求助關(guān)于，序列比對(duì)，ITS菌種鑒定的問題，可是好像一直都沒有得到解決啊，希望了解這一塊的同學(xué)，能給我們不是很懂的人一些指點(diǎn)，相互交流一下，誠(chéng)摯感謝。 在做系統(tǒng)發(fā)育分析的時(shí)候，常遇到這么幾個(gè)問題， 1，做出來(lái)的樹不知道該如何確定待測(cè)的菌株與已知菌株的關(guān)系，也就是說如何確定該菌株是屬于這個(gè)屬或者這個(gè)科，是根據(jù)進(jìn)化距離嘛？ 2，拿自己的菌株的ITS序列去genbank比對(duì)的時(shí)候，有時(shí)候大部分是不相關(guān)的uncultured fungi，這種情況怎么找到相關(guān)的菌株啊，有一個(gè)identity值，一般多少是可用的啊，多少可以訂到屬，多少可以定到科呢？ 本人外行，剛剛涉及到這一塊，不知道大家能看懂么，也可能問題比較低級(jí)見笑了。 [ Last edited by fanta911 on 2010-7-12 at 20:14 ] |
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