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1樓 2010-07-18 22:37:14

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chenhang07

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6樓2010-08-10 13:37:36

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wally8962

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ghcacj(金幣+1):謝謝 2010-07-19 13:28:15

簡(jiǎn)單的問(wèn)題，gromacs簡(jiǎn)單；麻煩的問(wèn)題，namd簡(jiǎn)單。
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2樓2010-07-19 10:48:38

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sunburst8796

木蟲(chóng) (小有名氣)

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lei0736(金幣+2):謝謝 2010-07-20 09:18:37

樓上的回答很精辟啊~呵呵~GROMACS速度比較快，學(xué)起來(lái)也比較容易上手，缺點(diǎn)是缺乏高檔次的分析工具，如果你要計(jì)算FEP的話(huà)，GMX就要自己寫(xiě)腳本，同時(shí)，NAMD實(shí)現(xiàn)SMD也是很方便的~看你的需要了~

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3樓2010-07-19 21:28:35

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superdirac

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lei0736(金幣+4):謝謝 2010-08-01 14:48:08

只能是實(shí)際情況了。
  namd的強(qiáng)大。
  1。在于可以使用tcl腳本去自己編寫(xiě)一些程序。就是可以根據(jù)你自己的情況去改些東西。
2。并且最近出來(lái)的colvar用來(lái)算自由能也是很強(qiáng)大的一個(gè)工具。
3。最近出來(lái)的namd都是可以用cuda加速的，速度會(huì)快很多。

  gmx也很強(qiáng)大。有很多計(jì)算技術(shù)，例如CGMD，REMD現(xiàn)在都是在gmx上實(shí)現(xiàn)的。不過(guò)要是自己修改的話(huà)，就不如namd那么方便了。

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我認(rèn)為，酒一口一口喝，路一步一步走~步子邁大了，喀~容易扯著蛋

4樓2010-08-01 14:42:33

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