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gleerat木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【討論】對并行計算參數(shù)設(shè)置的討論 已有2人參與
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1、在說明書上寫的關(guān)于NPAR的“計算節(jié)點數(shù)”，應(yīng)該是計算時所使用的進程數(shù)吧。（當我使用N個進程時， 提示：running on N nodes）； 2、NPAR的設(shè)置規(guī)則是：取值為1時（適用于胖節(jié)點），一個節(jié)點計算一個帶；取值為N時，N/NPAR個節(jié)點上計算一個帶。那么當N為節(jié)點數(shù)時，除了節(jié)點內(nèi)存和通訊的考慮之外，NPAR＝1就作用應(yīng)該跟NPAR＝N是一樣的了，對么？說明書上說對于Linux系統(tǒng)來說，NPAR＝number of nodes時效果最好，那么對于單機并行（4GB內(nèi)存）或者單節(jié)點計算的話，NPAR設(shè)置為節(jié)點數(shù)N和1是一樣的。（因為第一個問題的原因，我把NPAR設(shè)置的節(jié)點數(shù)N默認為進程數(shù)）； 3、在計算態(tài)密度時，要求得到分軌道投影，這時需要設(shè)置NPAR＝1、LORBIT＝11，這么說來態(tài)密度計算比其他計算時對節(jié)點內(nèi)存的壓力要大； 4、對于單機并行或者單節(jié)點計算，NPAR＝M（M>進程數(shù)）與NPAR＝1或者NPAR＝N（N＝進程數(shù)），哪一個計算速度更高些（在內(nèi)存充足的情況下）？我現(xiàn)在使用NPAR＝1，內(nèi)存使用為<1.3GB，機器共有3.9GB內(nèi)存、四核英特爾，但是我的問題不僅限于我目前的單機； 5、在說明書上提到不同的算法（RMM-DIIS、CG）對NPAR的影響，但是推薦設(shè)置中并未提到算法的影響，這是為什么？同理，LPLANE也如此。 6、關(guān)于NSIM的用法，說明書上沒有細說，只是指明了對于linux系統(tǒng)推薦使用NSIM＝4。不過也見過有人專門作測試優(yōu)化的。不知道誰是否可以提供一些見解。http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/forum_viewtopic.php?4.7257。 [ Last edited by gleerat on 2010-8-15 at 10:34 ] |
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2樓2010-08-15 07:49:07
gleerat
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NPAR默認為1，NSIM默認為4，也有很多人不設(shè)置并行參數(shù)而使用默認值。但是設(shè)置了并行參數(shù)的話，會提高計算效率的。建議你看看說明書的Parallelisation: NPAR switch, and LPLANE switch一節(jié)和NSIM - tag 一節(jié)，或者http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp ... tag_LPLANE_tag.html和http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/NSIM_tag.html [ Last edited by gleerat on 2010-8-15 at 10:42 ] |
3樓2010-08-15 10:30:47
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