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gleerat木蟲(chóng) (正式寫手)
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[交流]
【討論】對(duì)并行計(jì)算參數(shù)設(shè)置的討論 已有2人參與
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1、在說(shuō)明書上寫的關(guān)于NPAR的“計(jì)算節(jié)點(diǎn)數(shù)”，應(yīng)該是計(jì)算時(shí)所使用的進(jìn)程數(shù)吧。（當(dāng)我使用N個(gè)進(jìn)程時(shí)， 提示：running on N nodes）； 2、NPAR的設(shè)置規(guī)則是：取值為1時(shí)（適用于胖節(jié)點(diǎn)），一個(gè)節(jié)點(diǎn)計(jì)算一個(gè)帶；取值為N時(shí)，N/NPAR個(gè)節(jié)點(diǎn)上計(jì)算一個(gè)帶。那么當(dāng)N為節(jié)點(diǎn)數(shù)時(shí)，除了節(jié)點(diǎn)內(nèi)存和通訊的考慮之外，NPAR＝1就作用應(yīng)該跟NPAR＝N是一樣的了，對(duì)么？說(shuō)明書上說(shuō)對(duì)于Linux系統(tǒng)來(lái)說(shuō)，NPAR＝number of nodes時(shí)效果最好，那么對(duì)于單機(jī)并行（4GB內(nèi)存）或者單節(jié)點(diǎn)計(jì)算的話，NPAR設(shè)置為節(jié)點(diǎn)數(shù)N和1是一樣的。（因?yàn)榈谝粋�(gè)問(wèn)題的原因，我把NPAR設(shè)置的節(jié)點(diǎn)數(shù)N默認(rèn)為進(jìn)程數(shù)）； 3、在計(jì)算態(tài)密度時(shí)，要求得到分軌道投影，這時(shí)需要設(shè)置NPAR＝1、LORBIT＝11，這么說(shuō)來(lái)態(tài)密度計(jì)算比其他計(jì)算時(shí)對(duì)節(jié)點(diǎn)內(nèi)存的壓力要大； 4、對(duì)于單機(jī)并行或者單節(jié)點(diǎn)計(jì)算，NPAR＝M（M>進(jìn)程數(shù)）與NPAR＝1或者NPAR＝N（N＝進(jìn)程數(shù)），哪一個(gè)計(jì)算速度更高些（在內(nèi)存充足的情況下）？我現(xiàn)在使用NPAR＝1，內(nèi)存使用為<1.3GB，機(jī)器共有3.9GB內(nèi)存、四核英特爾，但是我的問(wèn)題不僅限于我目前的單機(jī)； 5、在說(shuō)明書上提到不同的算法（RMM-DIIS、CG）對(duì)NPAR的影響，但是推薦設(shè)置中并未提到算法的影響，這是為什么？同理，LPLANE也如此。 6、關(guān)于NSIM的用法，說(shuō)明書上沒(méi)有細(xì)說(shuō)，只是指明了對(duì)于linux系統(tǒng)推薦使用NSIM＝4。不過(guò)也見(jiàn)過(guò)有人專門作測(cè)試優(yōu)化的。不知道誰(shuí)是否可以提供一些見(jiàn)解。http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/forum_viewtopic.php?4.7257。 [ Last edited by gleerat on 2010-8-15 at 10:34 ] |
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calos818
木蟲(chóng) (著名寫手)
新人菜鳥(niǎo)
- 應(yīng)助: 11 (小學(xué)生)
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- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
2樓2010-08-15 07:49:07
gleerat
木蟲(chóng) (正式寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
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- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
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NPAR默認(rèn)為1，NSIM默認(rèn)為4，也有很多人不設(shè)置并行參數(shù)而使用默認(rèn)值。但是設(shè)置了并行參數(shù)的話，會(huì)提高計(jì)算效率的。建議你看看說(shuō)明書的Parallelisation: NPAR switch, and LPLANE switch一節(jié)和NSIM - tag 一節(jié)，或者http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp ... tag_LPLANE_tag.html和http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/NSIM_tag.html [ Last edited by gleerat on 2010-8-15 at 10:42 ] |
3樓2010-08-15 10:30:47
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