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lij2金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助/交流】引物設(shè)計(jì)。金幣可追加
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我要做熒光定量PCR，本想讓公司設(shè)計(jì)引物和探針，可現(xiàn)公司均只合成不設(shè)計(jì)。用primer express3設(shè)計(jì)出的引物和探針結(jié)果卻是： Forward Primer：CGGTACCACTAGTTCTAGAGAGCTCAA TM 60 Reverse Primer:TTGCTTTATCAACTGCTGCTTTTT TM 58 Probe:AAAACCAAGGCTTGAAAC TM 69 首先TM值跟我在NCBI上BLAST的差距甚遠(yuǎn)，其次探針有點(diǎn)短，且離上游引物距離較長。實(shí)在是不知道能不能用。還請高手指教。多謝~~~ |
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fjt198719
木蟲 (著名寫手)
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2樓2010-10-08 20:29:22
dream7000
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★ ★
lstt09nk(金幣+2):感謝分享經(jīng)驗(yàn)~ 2010-10-09 10:32:27
lij2(金幣+1):多謝。生工給我的回復(fù)是不設(shè)計(jì) 2010-10-09 10:44:51
lstt09nk(金幣+2):感謝分享經(jīng)驗(yàn)~ 2010-10-09 10:32:27
lij2(金幣+1):多謝。生工給我的回復(fù)是不設(shè)計(jì) 2010-10-09 10:44:51
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上海生工上海部就給設(shè)計(jì)，我的就是在那里設(shè)計(jì)合成的。設(shè)計(jì)好后還需自己在blast上面比對。 我的是生工設(shè)計(jì)完成后用primer5及blast都檢測驗(yàn)證了，自己覺得好后才讓他們合成的，我做real-time PCR用過引物還不錯(cuò)。注意一定要自己比對驗(yàn)證。 |
3樓2010-10-09 09:44:21
lij2
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4樓2010-10-09 10:39:23
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lij2(金幣+3):謝謝。看來我被生工歧視了 2010-10-10 12:40:32
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不會吧，這么快就不給設(shè)計(jì)了，我那個(gè)是十一之前剛剛設(shè)計(jì)合成好的。 至于驗(yàn)證，我沒有做探針，只是做了引物。我是用primer5看看設(shè)計(jì)的引物有沒有發(fā)夾結(jié)構(gòu)，引物間二聚體，錯(cuò)配什么的。用blast就是看看特異性高不高，結(jié)果中有個(gè)一條一條的圖，那個(gè)最好出現(xiàn)藍(lán)色條吧，并且是你需要的基因序列的代碼，盡量不要有其他基因代碼，藍(lán)條應(yīng)該是40多分。 |
5樓2010-10-09 20:22:03
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