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zhange1987木蟲 (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于PCR引物設(shè)計(jì)及添加酶切位點(diǎn)和保護(hù)堿基的問題 已有1人參與
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大家好 我是新手 想請(qǐng)教關(guān)于引物設(shè)計(jì)的問題 以下是我要擴(kuò)增的目的基因 1 atggcaaaag atccacgata tgtaggaaat ctaccaaaga taggaatacg cccgacgatc 61 gacggcagaa gaaaaggagt tcgtgaatca ttagaagaaa caacaatgaa catggcaaaa 121 gctgtagcta aattactgga ggaaaatgtt ttttattata atggacagcc agtggaatgt 181 gtgattgcag atacatgtat tggaggagta aaagaagcgg cagaagcagc tgaaaagttt 241 gcaagagaag gcgttggcgt ttcgattact gttactccat gctggtgcta tggaactgaa 301 acaatggata tggatcctca cattccgaaa gcagtttggg gattcaatgg aacagaaaga 361 cctggcgctg tctatttagc tgctgttcta gcaggttata accaaaaagg acttcctgcc 421 tttggaattt acggtaagga tgttcaagat gcaggagata cgaatatacc tgaagatgta 481 aaagagaagc tcattcgttt tgcaaaagca ggactggctg ttgctatgat gaagggtaaa 541 tcttatctct ccattggatc tgtatcaatg ggaattgcag gaagtgttgt gcaagaagac 601 tttttccaaa actatcttgg aatgagaaat gaatatgttg atatgagcga attcgtgcgc 661 agaattgaac tggaaattta cgataaagag gaatatgaaa gagccttaaa atgggtgaag 721 gaaaactgta aagttggtcc ggacaacaat cgcgacggct ttaaaagaac agaagagcag 781 aaggaaaaag attgggaaat cagcgtaaaa atggctctta tcgcacgcga cttaatggtt 841 ggcaataaaa aattagaaga aatgggatat ggagaagaag ctctaggaag aaacgccatt 901 gttgctggtt tccaaggaca gcgtcaatgg accgactatt tcccaaatgg agattttatg 961 gaaacgattt taaattcatc ttttgactgg aacggaaaaa gagcgccata tatttttgca 1021 acggaaaatg ataacttgaa cggcatttcc atgttgttcg gctacctttt aactaatacg 1081 gcgcaaattt ttgccgacgt gagaacttat tggagtccgg aggctgtcaa gcgggtaact 1141 ggctatactc ttgaagggag agcggcaaac ggaatcatcc atttaattaa ttctggagcg 1201 gctgcattgg atggaacagg agaacaaaca aaagacggca aaccagttat taaaccatac 1261 tacgaattga cagatgaaga tattaaaaaa tgcttggaag caacacaatt tagacctgct 1321 tcaactgaat acttcagagg cggcggatat tcaactgact ttttaacaaa aggcggcatg 1381 cctgtaacga tttcgcgctt aaatattgtt aaagggctgg gtcctgttct gcaaattgca 1441 gaaggatata cggttgattt gccggaagaa gttcatgacg tgcttgacaa acggaccgat 1501 ccaacttggc ctaccacttg gtttgttccg aatctaaccg gagaaggtgc atttaaagat 1561 gtttactcgg ttatgaataa ctggggagcc aaccattgtt ccatcagcta tggtcatatt 1621 ggagccgatt taatcacgct ggcatccatt cttcgcattc cggtaaatat gcacaatgta 1681 cctgaggaaa aaatattcag accagatgct tggagcatgt ttggaacaaa agatcttgaa 1741 ggcgctgatt acagagcatg taaaaacttt gggccgatct ataaataa 這是我那個(gè)酶基因的CDS序列 其上下游序列我找不到 求大家?guī)兔υO(shè)計(jì)下引物 我后面是要連T載體 再轉(zhuǎn)到表達(dá)載體PET-28a中進(jìn)行表達(dá) 拜托了 非常感謝 |
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xiaoyuan622
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【答案】應(yīng)助回帖
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zhange1987(金幣+10): 謝謝哈 其實(shí) 你說的這些我試過了 不加酶切位點(diǎn)的引物很好 加了就P不成了 2011-10-19 09:07:09
wanhscn(金幣+1): 鼓勵(lì)應(yīng)助！對(duì)于該貼，如能解決，必要之時(shí)將授予專家指數(shù)！ 2011-10-19 14:12:45
zhange1987(金幣+10): 謝謝哈 其實(shí) 你說的這些我試過了 不加酶切位點(diǎn)的引物很好 加了就P不成了 2011-10-19 09:07:09
wanhscn(金幣+1): 鼓勵(lì)應(yīng)助！對(duì)于該貼，如能解決，必要之時(shí)將授予專家指數(shù)！ 2011-10-19 14:12:45
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授人以魚不如授人以漁。 你用Primer5軟件或其它軟件，將你的序列粘進(jìn)去就可以很方便的設(shè)計(jì)引物了。連T載體不用加酶切位點(diǎn)。連pET-28a時(shí)要考慮到你自身序列是否含有酶切位點(diǎn)，如果有，設(shè)計(jì)引物時(shí)就不能用這個(gè)酶切位點(diǎn)。對(duì)照pET-28a，選擇合適的酶切位點(diǎn)，注意兩個(gè)酶切位點(diǎn)不要靠太近，那樣切著不方便。保護(hù)堿基的添加則不用考慮太復(fù)雜，一般簡(jiǎn)單的添加GCGC和GGCC就可以了。 |
2樓2011-10-19 01:50:49
zhange1987
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3樓2011-10-19 09:10:06
【答案】應(yīng)助回帖
zhange1987(金幣+2): 謝謝回帖 其實(shí)我就是參照這個(gè)表設(shè)計(jì)的 再將其放回PP5驗(yàn)證的時(shí)候就出了點(diǎn)問題 2011-10-19 14:02:00
| Primer5很好使 酶切位點(diǎn)和保護(hù)堿基可以參考網(wǎng)站http://www.cnbiotech.com/html/dna/20071014/2508.html |
4樓2011-10-19 13:48:30
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