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xk6891至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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【討論】關(guān)于md中系統(tǒng)穩(wěn)定的問(wèn)題 已有3人參與
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小蟲(chóng)初涉md，問(wèn)一個(gè)弱弱的問(wèn)題 作完結(jié)構(gòu)優(yōu)化之后，看很多網(wǎng)上的資料都要求系統(tǒng)在熱浴的環(huán)境中（是不是準(zhǔn)確的應(yīng)該說(shuō)是在一定的系綜下）跑一會(huì)兒，意思是說(shuō)希望系統(tǒng)能在這個(gè)環(huán)境中穩(wěn)定，如何判斷系統(tǒng)在這個(gè)環(huán)境中是否達(dá)到了穩(wěn)定？穩(wěn)定之后，在做以下的性質(zhì)計(jì)算時(shí)，是否還需要這個(gè)系綜（譬如Nose Hoover熱�。┑年P(guān)鍵詞？ 急盼各位高手拍磚，謝謝  |
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manutdhk
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ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-10-13 17:02:14
xk6891(金幣+5): 2010-10-13 18:18:06
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
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xk6891(金幣+5): 2010-10-13 18:18:06
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首先，不知道你要做什么性質(zhì)的計(jì)算，平衡態(tài)還是非平衡態(tài)？ 如果是平衡態(tài)的計(jì)算，所謂的穩(wěn)定，確切地說(shuō)應(yīng)該是 熱力學(xué)平衡。對(duì)于一個(gè)熱力學(xué)系統(tǒng)，平衡是指 系統(tǒng)達(dá)到 吉布斯分布。NVT系綜下，系統(tǒng)的溫度與 熱浴溫度一致，能量在一定平衡值附近振蕩……等等。 至于計(jì)算平衡態(tài)性質(zhì)，是否需要繼續(xù)保持該系綜，理論上來(lái)說(shuō) 其實(shí)問(wèn)題不大。根據(jù)統(tǒng)計(jì)物理學(xué)原理，NVE系綜和NVT系綜，在熱力學(xué)極限下，得到的結(jié)果是相一致的。 |
3樓2010-10-13 15:36:56
xk6891
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不好意思，自己頂一下 2樓2010-10-13 13:12:04
xk6891
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zh1987hs(金幣+3):鼓勵(lì)交流 2010-10-13 18:59:19
zh1987hs(金幣+3):鼓勵(lì)交流 2010-10-13 18:59:19
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先謝謝指導(dǎo)，呵呵，提的問(wèn)題太不專業(yè)了。是平衡態(tài)，這一點(diǎn)應(yīng)該說(shuō)明�？梢赃@樣說(shuō)么，譬如NVT系綜，md結(jié)果當(dāng)中ions的溫度和electrons的動(dòng)能應(yīng)該在nose hoover設(shè)定的溫度和動(dòng)能值附近震蕩，且粒子數(shù)目和所計(jì)算系統(tǒng)體積（晶胞大�。┎蛔�，這就可以說(shuō)這個(gè)系統(tǒng)符合了NVT的系綜，這個(gè)系統(tǒng)就穩(wěn)定了。而如果是NPT系綜就看輸出文件中系統(tǒng)的壓力和溫度值的變化，如果其在設(shè)定值周圍震蕩，就可以說(shuō)系統(tǒng)平衡了。 同時(shí)由于系統(tǒng)已經(jīng)平衡了，可以認(rèn)為系統(tǒng)已經(jīng)滿足了熱力學(xué)極限的條件，此時(shí)在什么系綜下已經(jīng)不重要了，因?yàn)楦鱾�(gè)系綜的情況已經(jīng)相同。按照在某一系綜下穩(wěn)定的系統(tǒng)，再計(jì)算性質(zhì)，加不加關(guān)鍵詞以不重要。 不知這樣理解是否正確？還請(qǐng)賜教  |
4樓2010-10-13 18:40:35
manutdhk
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xk6891(金幣+5):再次感謝 2010-10-13 22:49:12
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zh1987hs(金幣+4):謝謝 2010-10-13 18:59:32
xk6891(金幣+5):再次感謝 2010-10-13 22:49:12
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對(duì)，大體是這樣的。 有點(diǎn)小錯(cuò)誤：NVT系綜，要看 壓強(qiáng)隨時(shí)間的振蕩； NPT系綜，要看體積隨時(shí)間的振蕩。 我上個(gè)帖子提到的 熱力學(xué)平衡的判據(jù) 只是理論上的。 在MD 過(guò)程中，很難跟蹤整個(gè)體系是不是處于 吉布斯分布。而溫度，能量的判據(jù)是常用的。因?yàn)闇囟然蛘吣芰浚揪褪羌妓狗植贾械膮?shù)，或者說(shuō)是 可觀測(cè)量，或者說(shuō)是 一階矩。更細(xì)致一點(diǎn)的，可能還有 二階矩，譬如 能量的振蕩幅度，對(duì)應(yīng)的是比熱之類的物理量。 以上這些判據(jù)，我個(gè)人認(rèn)為，實(shí)質(zhì)上就是將 吉布斯分布做一個(gè)泰勒式的展開(kāi) 的函數(shù)逼近。 一階矩對(duì)應(yīng)這個(gè)展開(kāi)的零階項(xiàng)，二階矩對(duì)應(yīng)的是二階項(xiàng)……等等。 |
5樓2010-10-13 18:53:22
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