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木蟲 (正式寫手)

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[交流] 【求助】尋找SN2過渡態(tài)中遇到的一些問題

最近要做溴甲烷堿性水解反應(yīng)的理論計算。想要找出過渡態(tài)，結(jié)果遇到了如下問題，想了很長時間也沒解決，請前輩指點一下�。�

溴甲烷堿性水解的反應(yīng)機理：

問題一：
怎么創(chuàng)建這種SN2過渡態(tài)的分子？自己在網(wǎng)上看到了如下的兩種方法：
A  完全按照這個過渡態(tài)畫，C上連接五個鍵，CHHH一平面，HOCBr一平面，兩平面垂直。
B  OH和溴甲烷分別輸入，將O靠近C，但不連接成建。
不知道該用哪一種方法呢？

問題二：
該過渡態(tài)的分子說明是否該寫為-1 1��？

問題三：
對于使用TS3尋找的話，是要按照OH^-1 CH3Br 過渡態(tài) CH3OH Br^-1來輸入還是按照NaOH CH3Br 過渡態(tài) CH3OH NaBr來輸入？

問題四：
   這個反應(yīng)是在液相中進行的，而且要一定的溫度。那么在搜尋過渡態(tài)的過程中是否要考慮溶劑效應(yīng)和設(shè)定不同的溫度和壓力了？

附注：如果哪位前輩有過搜尋SN2過渡態(tài)的例子，可否將這個例子分享一下嗎？3Q！

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1樓 2010-11-26 16:45:40

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manson1998

金蟲 (著名寫手)

20928140(金幣+10): 2010-11-26 17:40:52

問題一：個人認為B比較好一點，但是要注意一些位置，避免明顯的位阻效應(yīng)。可以優(yōu)化產(chǎn)物醇的構(gòu)像，看一下C-O鍵長，TS以及可能的R肯定要比這個CO鍵長長一點，具體多少可以嘗試得到，分子很小不礙事。
問題二：可能的R TS P應(yīng)該都是-1 1
問題三：忽略Na
問題四：需要考慮溶劑化、溫度以及壓力。具體輸入?yún)⒖糶aussian manual

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2樓2010-11-26 17:11:23

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20928140

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引用回帖:

Originally posted by manson1998 at 2010-11-26 17:11:23:
問題一：個人認為B比較好一點，但是要注意一些位置，避免明顯的位阻效應(yīng)�？梢詢�(yōu)化產(chǎn)物醇的構(gòu)像，看一下C-O鍵長，TS以及可能的R肯定要比這個CO鍵長長一點，具體多少可以嘗試得到，分子很小不礙事。
問題二：可能 ...

非常謝謝前輩的回復(fù)，對于你的解答我還是有點疑問：

如果是斷開輸入的話，那么是按照優(yōu)化后的醇氧基和溴甲烷輸入到同一個文件中嗎？或者將溴甲烷的稍微變一下，和過渡態(tài)類似？

為什么“可能的R TS P應(yīng)該都是-1 1”？反應(yīng)物溴甲烷和產(chǎn)物甲烷應(yīng)當(dāng)是0 1��？

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3樓2010-11-26 17:51:06

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manson1998

金蟲 (著名寫手)

20928140(金幣+5):3Q 2010-11-26 19:54:27

我說的R P TS都是結(jié)合物，并非分離后的真正反應(yīng)物或者是產(chǎn)物。類似中間體。
當(dāng)然這樣的中間體可能無法計算得到，所以是可能的R TS P

這個體系很小，你可以直接由scan找尋過渡態(tài)，看上去很可能是C-O鍵長為關(guān)鍵坐標(biāo)，因此你可以做一個關(guān)于C-O鍵長的掃描，找到能量最高對應(yīng)的C-O鍵長，然后再去做ts，應(yīng)該就可以找到過渡態(tài)TS，然后跑IRC就可以得到我所說的可能的R和P。如果沒有得到也沒有關(guān)系，勢能面上就直接表現(xiàn)為兩個反應(yīng)物或產(chǎn)物的能量之和。

[ Last edited by manson1998 on 2010-11-26 at 18:52 ]

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4樓2010-11-26 18:46:40

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gebitingqin

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20928140(金幣+2): 2011-10-21 17:11:53

ding
反應(yīng)機理啊

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5樓2011-10-15 23:48:45

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scottfreedom

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引用回帖:

1樓: Originally posted by 20928140 at 2010-11-26 16:45:40:
最近要做溴甲烷堿性水解反應(yīng)的理論計算。想要找出過渡態(tài)，結(jié)果遇到了如下問題，想了很長時間也沒解決，請前輩指點一下��！

溴甲烷堿性水解的反應(yīng)機理：
[img]http://pic.www.gaoyang168.com/201011/26/920048_16 ...

樓主，建議你在論壇里搜搜教程
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3716640&fpage=1
這本書里有你想要的東西

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7樓2011-10-19 18:37:48

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簡單回復(fù)

kent10226樓

2011-10-18 21:26 回復(fù)

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