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【求助】尋找SN2過渡態(tài)中遇到的一些問題
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最近要做溴甲烷堿性水解反應的理論計算。想要找出過渡態(tài)，結果遇到了如下問題，想了很長時間也沒解決，請前輩指點一下啊！ 溴甲烷堿性水解的反應機理：  問題一： 怎么創(chuàng)建這種SN2過渡態(tài)的分子？自己在網(wǎng)上看到了如下的兩種方法： A 完全按照這個過渡態(tài)畫，C上連接五個鍵，CHHH一平面，HOCBr一平面，兩平面垂直。 B OH和溴甲烷分別輸入，將O靠近C，但不連接成建。 不知道該用哪一種方法呢？ 問題二： 該過渡態(tài)的分子說明是否該寫為-1 1啊？ 問題三： 對于使用TS3尋找的話，是要按照OH^-1 CH3Br 過渡態(tài) CH3OH Br^-1來輸入還是按照NaOH CH3Br 過渡態(tài) CH3OH NaBr來輸入？ 問題四： 這個反應是在液相中進行的，而且要一定的溫度。那么在搜尋過渡態(tài)的過程中是否要考慮溶劑效應和設定不同的溫度和壓力了？ 附注：如果哪位前輩有過搜尋SN2過渡態(tài)的例子，可否將這個例子分享一下嗎？3Q！ |
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20928140(金幣+5):3Q 2010-11-26 19:54:27
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我說的R P TS都是結合物，并非分離后的真正反應物或者是產(chǎn)物。類似中間體。 當然這樣的中間體可能無法計算得到，所以是可能的R TS P 這個體系很小，你可以直接由scan找尋過渡態(tài)，看上去很可能是C-O鍵長為關鍵坐標，因此你可以做一個關于C-O鍵長的掃描，找到能量最高對應的C-O鍵長，然后再去做ts，應該就可以找到過渡態(tài)TS，然后跑IRC就可以得到我所說的可能的R和P。如果沒有得到也沒有關系，勢能面上就直接表現(xiàn)為兩個反應物或產(chǎn)物的能量之和。 [ Last edited by manson1998 on 2010-11-26 at 18:52 ] |
4樓2010-11-26 18:46:40
2樓2010-11-26 17:11:23
3樓2010-11-26 17:51:06
5樓2011-10-15 23:48:45
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