kevin8871

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[交流] 【求助】用NAMD 做NPT模擬遇到下面的問題

本人用NAMD做NPT模擬，遇到了下面的問題
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
這是為什么？下面是我的conf file
structure       3HT_20.psf
coordinates    3HT_20_centered.pdb

set outputname    NPT file for 3 HT

#continuing a run
set inputname    nimi
binVelocities    3HT_20_mini.restart.vel
bincoordinates    3HT_20_mini.restart.coor
extendedsystem    3HT_20_mini.restart.xsc
firsttimestep    6000
numsteps          2506000

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
#############################################################

# Input

paraTypeCharmm       on
parameters          ht_monomer.par
# Force-Field Parameters
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0
cutoff             12.
switching          on
switchdist       10.
pairlistdist       13.5

# Integrator Parameters
timestep          2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds       all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq    1
fullElectFrequency  2
stepspercycle    10

# Constant Temperature Control
langevin          on ;# do langevin dynamics
langevinDamping    5    ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp       300
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens

#PBC
wrapall    on
cellBasisVector1 31.312999725341797 0.0 0.0
cellBasisVector2    0.0 32.558000564575195 0.0
cellBasisVector3    0.0 0 45.066001892089844
cellOrigin       -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6

wrapAll          on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                yes
PMEGridSizeX       42
PMEGridSizeY       43
PMEGridSizeZ       55

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure    yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell    no  ;# no for water box yes for membrane
useConstantArea    no  ;# no for waterbox, maybe for membrane

langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay 50.
langevinPistonTemp 300

# Output
outputName       $outputname

restartfreq       2500    ;# 2500steps = every 5ps
dcdfreq          1000    ;# 1000steps = every 2ps
xstFreq          1000
outputEnergies    500
outputPressure    500

#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                     ##
#############################################################

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                     ##
#############################################################

# Minimization

run 2500000 ;# 5ns

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1樓 2010-11-28 15:14:36

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leewz922

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zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-12-02 22:11:55

把下面這幾行去掉，試試
cellBasisVector1 31.312999725341797 0.0 0.0
cellBasisVector2    0.0 32.558000564575195 0.0
cellBasisVector3    0.0 0 45.066001892089844
cellOrigin       -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6

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2樓2010-12-02 20:55:35

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kevin8871

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我已經(jīng)去掉了，我先做了NVT，然后用NVT的做NPT，但是我做到后面的時候出錯了，我查看了下，我的box的邊長變成了16 16 25，但是我的cutoff 是12，我覺得邊長應該大于cutoff的兩倍，所以最少應該是24，請問你有什么辦法修改這個嘛，我現(xiàn)在是不知道怎么弄了。

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3樓2010-12-03 14:30:48

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wally8962

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zh1987hs(金幣+3):thank you 2010-12-03 17:01:47
kevin8871(金幣+2): 2010-12-05 09:27:13

langevinPistonPeriod 100.
langevinPistonDecay 50.

太小。改大。

ug建議的是200、100.實際上可能需要更大。

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4樓2010-12-03 16:52:48

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leewz922

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zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-12-03 22:49:09
kevin8871(金幣+2): 2010-12-05 09:27:20

PME 參數(shù)設置應該被 2 、3、 5整除且稍大于box邊長

改成這樣試試
PMEGridSizeX       40
PMEGridSizeY       40
PMEGridSizeZ       50

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5樓2010-12-03 20:07:30

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zh1987hs(金幣+1):呵呵~鼓勵交流 2010-12-05 10:46:52

我老板的建議是不要PME，而用PMEGridSpacing 1.0代替，我準備按照wally8962 的建議試一下，謝謝大家的建議

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6樓2010-12-05 09:26:45

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按照wally的建議改了下,多跑了很多,但是到最后同一個問題又出現(xiàn)了,請問應該怎么解決?

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7樓2010-12-05 13:36:13

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Originally posted by kevin8871 at 2010-12-05 13:36:13:
按照wally的建議改了下,多跑了很多,但是到最后同一個問題又出現(xiàn)了,請問應該怎么解決?

繼續(xù)改大。
有的時候需要改到1000、500

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8樓2010-12-05 14:02:16

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我是用NVT的結果做NPT,是NVT的conf file也要改到200 100是吧

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9樓2010-12-05 15:09:27

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噢,看錯了,NVT的不用,我剛把NPT的改成了300 和150,跑了兩步就死了,我看了xst文件第一布的時候就小于24了,這是為什么

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10樓2010-12-05 15:11:22

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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖

引用回帖:

10樓: Originally posted by kevin8871 at 2010-12-05 15:11:22
噢,看錯了,NVT的不用,我剛把NPT的改成了300 和150,跑了兩步就死了,我看了xst文件第一布的時候就小于24了,這是為什么

你好，我在用namd模擬npt下的磷脂膜，但是也遇到了Periodic cell has become too small for original patch grid的問題，看到你發(fā)過帖子，想問一下，你是怎么解決的？非常感謝!

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11樓2014-08-05 10:53:53

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