kevin8871

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 28.5
帖子: 8
在線: 4.1小時
蟲號: 1075839

[交流] 【求助】用NAMD 做NPT模擬遇到下面的問題

本人用NAMD做NPT模擬，遇到了下面的問題
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
這是為什么？下面是我的conf file
structure       3HT_20.psf
coordinates    3HT_20_centered.pdb

set outputname    NPT file for 3 HT

#continuing a run
set inputname    nimi
binVelocities    3HT_20_mini.restart.vel
bincoordinates    3HT_20_mini.restart.coor
extendedsystem    3HT_20_mini.restart.xsc
firsttimestep    6000
numsteps          2506000

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
#############################################################

# Input

paraTypeCharmm       on
parameters          ht_monomer.par
# Force-Field Parameters
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0
cutoff             12.
switching          on
switchdist       10.
pairlistdist       13.5

# Integrator Parameters
timestep          2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds       all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq    1
fullElectFrequency  2
stepspercycle    10

# Constant Temperature Control
langevin          on ;# do langevin dynamics
langevinDamping    5    ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp       300
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens

#PBC
wrapall    on
cellBasisVector1 31.312999725341797 0.0 0.0
cellBasisVector2    0.0 32.558000564575195 0.0
cellBasisVector3    0.0 0 45.066001892089844
cellOrigin       -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6

wrapAll          on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                yes
PMEGridSizeX       42
PMEGridSizeY       43
PMEGridSizeZ       55

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure    yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell    no  ;# no for water box yes for membrane
useConstantArea    no  ;# no for waterbox, maybe for membrane

langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay 50.
langevinPistonTemp 300

# Output
outputName       $outputname

restartfreq       2500    ;# 2500steps = every 5ps
dcdfreq          1000    ;# 1000steps = every 2ps
xstFreq          1000
outputEnergies    500
outputPressure    500

#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                     ##
#############################################################

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                     ##
#############################################################

# Minimization

run 2500000 ;# 5ns

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

22408 344分求調(diào)劑一志愿華電計算機技術(shù) 已經(jīng)有4人回復(fù)
材料專碩英一數(shù)二306 已經(jīng)有7人回復(fù)
南京大學(xué)化學(xué)376求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
南昌大學(xué)材料專碩311分求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
295求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600 已經(jīng)有9人回復(fù)
294求調(diào)劑材料與化工專碩已經(jīng)有15人回復(fù)
308求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
321求調(diào)劑已經(jīng)有11人回復(fù)
一志愿中海洋材料工程專碩330分求調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

關(guān)于超級計算機的安裝權(quán)限問題：不能用sudo命令，該如何是好？已經(jīng)有18人回復(fù)
word參考文獻-尾注引用，出了點問題，求高手解答已經(jīng)有3人回復(fù)
簽證時用身份證的問題已經(jīng)有12人回復(fù)
1,3-二羰基化合物單碘代的問題請做過類似反應(yīng)的指教下已經(jīng)有5人回復(fù)
【求助】在NAMD運行中使用CHARMM格式的力場文件，但力場參數(shù)來自AMBER力場，會出問題?/a> 已經(jīng)有4人回復(fù)

【求助】做NAMD的1K4C.pdb時候出現(xiàn)的錯誤已經(jīng)有30人回復(fù)
【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多嗎？如何選擇？已經(jīng)有7人回復(fù)
【專家會診】bay 討論namd,gmx處理水溶液,蛋白等MD 模擬;討論水及水通道已經(jīng)有50人回復(fù)
【求助】NAMD和Gromacs哪個簡單？已經(jīng)有5人回復(fù)
【求助】namd tutorial遇到問題已經(jīng)有10人回復(fù)
【求助】NAMD安裝問題已經(jīng)有19人回復(fù)
【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD 已經(jīng)有210人回復(fù)

» 搶金幣啦！回帖就可以得到:

查看全部散金貼

1樓 2010-11-28 15:14:36

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

leewz922

金蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 6 (幼兒園)
金幣: 1141.8
帖子: 101
在線: 89.8小時
蟲號: 609327

★ ★ ★
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-12-02 22:11:55

把下面這幾行去掉，試試
cellBasisVector1 31.312999725341797 0.0 0.0
cellBasisVector2    0.0 32.558000564575195 0.0
cellBasisVector3    0.0 0 45.066001892089844
cellOrigin       -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

2樓2010-12-02 20:55:35

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

kevin8871

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 28.5
帖子: 8
在線: 4.1小時
蟲號: 1075839

我已經(jīng)去掉了，我先做了NVT，然后用NVT的做NPT，但是我做到后面的時候出錯了，我查看了下，我的box的邊長變成了16 16 25，但是我的cutoff 是12，我覺得邊長應(yīng)該大于cutoff的兩倍，所以最少應(yīng)該是24，請問你有什么辦法修改這個嘛，我現(xiàn)在是不知道怎么弄了。

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2010-12-03 14:30:48

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

wally8962

木蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 9 (幼兒園)
金幣: 5366.7
帖子: 1062
在線: 471.1小時
蟲號: 600024

★ ★ ★
zh1987hs(金幣+3):thank you 2010-12-03 17:01:47
kevin8871(金幣+2): 2010-12-05 09:27:13

langevinPistonPeriod 100.
langevinPistonDecay 50.

太小。改大。

ug建議的是200、100.實際上可能需要更大。

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

4樓2010-12-03 16:52:48

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

leewz922

金蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 6 (幼兒園)
金幣: 1141.8
帖子: 101
在線: 89.8小時
蟲號: 609327

★ ★ ★
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-12-03 22:49:09
kevin8871(金幣+2): 2010-12-05 09:27:20

PME 參數(shù)設(shè)置應(yīng)該被 2 、3、 5整除且稍大于box邊長

改成這樣試試
PMEGridSizeX       40
PMEGridSizeY       40
PMEGridSizeZ       50

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

5樓2010-12-03 20:07:30

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

kevin8871

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 28.5
帖子: 8
在線: 4.1小時
蟲號: 1075839

★
zh1987hs(金幣+1):呵呵~鼓勵交流 2010-12-05 10:46:52

我老板的建議是不要PME，而用PMEGridSpacing 1.0代替，我準(zhǔn)備按照wally8962 的建議試一下，謝謝大家的建議

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

6樓2010-12-05 09:26:45

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

kevin8871

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 28.5
帖子: 8
在線: 4.1小時
蟲號: 1075839

按照wally的建議改了下,多跑了很多,但是到最后同一個問題又出現(xiàn)了,請問應(yīng)該怎么解決?

贊一下

回復(fù)此樓

7樓2010-12-05 13:36:13

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

wally8962

木蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 9 (幼兒園)
金幣: 5366.7
帖子: 1062
在線: 471.1小時
蟲號: 600024

引用回帖:

Originally posted by kevin8871 at 2010-12-05 13:36:13:
按照wally的建議改了下,多跑了很多,但是到最后同一個問題又出現(xiàn)了,請問應(yīng)該怎么解決?

繼續(xù)改大。
有的時候需要改到1000、500

贊一下

回復(fù)此樓

8樓2010-12-05 14:02:16

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

kevin8871

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 28.5
帖子: 8
在線: 4.1小時
蟲號: 1075839

我是用NVT的結(jié)果做NPT,是NVT的conf file也要改到200 100是吧

贊一下

回復(fù)此樓

9樓2010-12-05 15:09:27

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

kevin8871

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 28.5
帖子: 8
在線: 4.1小時
蟲號: 1075839

噢,看錯了,NVT的不用,我剛把NPT的改成了300 和150,跑了兩步就死了,我看了xst文件第一布的時候就小于24了,這是為什么

贊一下

回復(fù)此樓

10樓2010-12-05 15:11:22

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

ruthxu

金蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 2 (幼兒園)
金幣: 1109.2
帖子: 319
在線: 138小時
蟲號: 1159022

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖

引用回帖:

10樓: Originally posted by kevin8871 at 2010-12-05 15:11:22
噢,看錯了,NVT的不用,我剛把NPT的改成了300 和150,跑了兩步就死了,我看了xst文件第一布的時候就小于24了,這是為什么

你好，我在用namd模擬npt下的磷脂膜，但是也遇到了Periodic cell has become too small for original patch grid的問題，看到你發(fā)過帖子，想問一下，你是怎么解決的？非常感謝!

贊一下

回復(fù)此樓

11樓2014-08-05 10:53:53

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]	作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料求調(diào)劑，總分315（英一） +5	sbdksD 2026-03-19	5/250	2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] 中南大學(xué)化學(xué)學(xué)碩337求調(diào)劑 +3	niko- 2026-03-19	6/300	2026-03-20 21:58 by luoyongfeng
[考研] A區(qū)線材料學(xué)調(diào)劑 +5	周周無極 2026-03-20	5/250	2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 295復(fù)試調(diào)劑 +8	簡木ChuFront 2026-03-19	8/400	2026-03-20 20:44 by zhukairuo
[考研] 一志愿華中農(nóng)業(yè)071010，總分320求調(diào)劑 +3	困困困困坤坤 2026-03-20	3/150	2026-03-20 20:38 by 學(xué)員8dgXkO
[考研] 289求調(diào)劑 +6	懷瑾握瑜l 2026-03-20	6/300	2026-03-20 20:30 by 學(xué)員8dgXkO
[考研] 08工學(xué)調(diào)劑 +5	用戶573181 2026-03-20	5/250	2026-03-20 15:47 by xia_2003
[考研] 304求調(diào)劑 +5	曼殊2266 2026-03-18	5/250	2026-03-20 09:00 by ZHANG0tao
[考研] 求調(diào)劑 +3	暗涌afhb 2026-03-16	3/150	2026-03-20 00:28 by 河南大學(xué)校友
[考研] 307求調(diào)劑 +9	冷笙123 2026-03-17	9/450	2026-03-19 22:44 by 學(xué)員8dgXkO
[考研] 286求調(diào)劑 +6	lemonzzn 2026-03-16	10/500	2026-03-19 14:31 by lemonzzn
[考研] 化學(xué)工程321分求調(diào)劑 +15	大米飯！ 2026-03-15	18/900	2026-03-18 14:52 by haxia
[考研] 085601專碩，總分342求調(diào)劑，地區(qū)不限 +5	share_joy 2026-03-16	5/250	2026-03-18 14:48 by haxia
[考研] 材料專碩306英一數(shù)二 +10	z1z2z3879 2026-03-16	13/650	2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 280求調(diào)劑 +6	咕嚕曉曉 2026-03-18	7/350	2026-03-18 11:25 by 無際的草原
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +3	妮妮ninicgb 2026-03-17	3/150	2026-03-18 10:29 by macy2011
[考研] 考研化學(xué)學(xué)碩調(diào)劑，一志愿985 +4	張vvvv 2026-03-15	6/300	2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 302求調(diào)劑 +4	小賈同學(xué)123 2026-03-15	8/400	2026-03-17 10:33 by 小賈同學(xué)123
[考研] 一志愿，福州大學(xué)材料專碩339分求調(diào)劑 +3	木子momo青爭 2026-03-15	3/150	2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +3	呼呼？~+123456 2026-03-14	3/150	2026-03-14 16:53 by WTUChen