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zyj8119

木蟲 (著名寫手)

[交流] 【求助】gromacs出現(xiàn)了一個問題

做GROMACS的時候出現(xiàn)了一個問題：
sys.top是這樣的：
;
;    File 'sys.top' was generated
;    By user: zhu (503)
;    On host: apollo2
;    At date: Wed Mar 12 15:48:05 2008
;
;    This is your topology file
;    drg
;
; Include forcefield parameters
#include "ffG53a6.itp"

; Include surfacetant topology
#include "drg.itp"

; Include water topology
#include "spce.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct    fcx       fcy       fcz
1 1    1000    1000    1000
#endif

; Include generic topology for ions
#include "ions.itp"

[ system ]
; Name
DRG

[ molecules ]
; Compound       #mols
DRG             27
SOL          6490
而建好了盒子，并且插入了水分子的 GRO文件時這樣的：
http://pic.www.gaoyang168.com/file.php?id=164
但是當grompp -f minim.mdp -c outt.gro -p sys.top -o input.tpr
的時候，出現(xiàn)了這樣的錯誤：
number of coordinates in coordinate file (outt.gro, 21279)
         does not match topology (sys.top, 20226)

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1樓 2010-11-30 22:12:15

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zyj8119

木蟲 (著名寫手)

引用回帖:

Originally posted by zyj8119 at 2010-11-30 22:12:15:
做GROMACS的時候出現(xiàn)了一個問題：
sys.top是這樣的：
;
;    File 'sys.top' was generated
;    By user: zhu (503)
;    On host: apollo2
;    At date: Wed Mar 12 15:48:05 2008
;
; ...

itp文件：
;
;
;    This file was generated by PRODRG version AA081006.0504
;    PRODRG written/copyrighted by Daan van Aalten
;    and Alexander Schuettelkopf
;
;    Questions/comments to dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk
;
;    When using this software in a publication, cite:
;    A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004).
;    PRODRG - a tool for high-throughput crystallography
;    of protein-ligand complexes.
;    Acta Crystallogr. D60, 1355--1363.
;
;

[ moleculetype ]
; Name nrexcl
DRG    3

[ atoms ]
; nr    type  resnr resid  atom  cgnr charge    mass
   1    CH3    1  DRG    CAA    1 0.000  15.0350
   2    CH2    1  DRG    CAH    2 -0.008  14.0270
   3    CH2    1  DRG    CAJ    2 -0.007  14.0270
   4    CH2    1  DRG    CAN    2 -0.008  14.0270
   5    CH1    1  DRG    CAY    2 0.032  13.0190
   6    CH2    1  DRG    CAL    2 -0.009  14.0270
   7    CH3    1  DRG    CAC    3 0.019  15.0350
   8    CH2    1  DRG    CAP    3 0.142  14.0270
   9       OA    1  DRG    OAT    3 -0.111  15.9994
10       C    1  DRG    CAW    3 0.227  12.0110
11       O    1  DRG    OAF    3 -0.387  15.9994
12    CH2    1  DRG    CAR    3 0.037  14.0270
13    CH1    1  DRG    CBA    3 0.073  13.0190
14    SDMSO    1  DRG    SAV    4 0.600  32.0600
15       OM    1  DRG    OAE    4 -0.562  15.9994
16       H    1  DRG    HBD    4 -0.056 1.0080
17    CH2    1  DRG    CAS    4 0.018  14.0270
18       C    1  DRG    CAX    5 0.227  12.0110
19       O    1  DRG    OAG    5 -0.387  15.9994
20       OA    1  DRG    OAU    5 -0.111  15.9994
21    CH2    1  DRG    CAQ    5 0.142  14.0270
22    CH1    1  DRG    CAZ    5 0.073  13.0190
23    CH2    1  DRG    CAM    5 0.037  14.0270
24    CH3    1  DRG    CAD    5 0.019  15.0350
25    CH2    1  DRG    CAO    6 0.006  14.0270
26    CH2    1  DRG    CAK    6 0.006  14.0270
27    CH2    1  DRG    CAI    6 0.006  14.0270
28    CH3    1  DRG    CAB    6 -0.018  15.0350

[ bonds ]
; ai  aj  fu c0, c1, ...
2 1 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAH  CAA
2 3 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAH  CAJ
3 4 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAJ  CAN
5 4 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAY  CAN
5 6 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAY  CAL
5 8 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAY  CAP
6 7 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAL  CAC
8 9 2 0.143 8180000.0 0.143 8180000.0 ; CAP  OAT
  10 9 2 0.136  10200000.0 0.136  10200000.0 ; CAW  OAT
  10  11 2 0.123  16600000.0 0.123  16600000.0 ; CAW  OAF
  10  12 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAW  CAR
  13  12 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CBA  CAR
  13  14 2 0.195 4950000.0 0.195 4950000.0 ; CBA  SAV
  13  17 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CBA  CAS
  14  15 2 0.153 8040000.0 0.153 8040000.0 ; SAV  OAE
  14  16 2 0.133 8870000.0 0.133 8870000.0 ; SAV  HBD
  18  17 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAX  CAS
  18  19 2 0.123  16600000.0 0.123  16600000.0 ; CAX  OAG
  18  20 2 0.136  10200000.0 0.136  10200000.0 ; CAX  OAU
  21  20 2 0.143 8180000.0 0.143 8180000.0 ; CAQ  OAU
  22  21 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAZ  CAQ
  22  23 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAZ  CAM
  22  25 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAZ  CAO
  23  24 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAM  CAD
  25  26 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAO  CAK
  26  27 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAK  CAI
  27  28 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAI  CAB

[ pairs ]
; ai  aj  fu c0, c1, ...
1 4 1                                        ; CAA  CAN
2 5 1                                        ; CAH  CAY
3 6 1                                        ; CAJ  CAL
3 8 1                                        ; CAJ  CAP
4 7 1                                        ; CAN  CAC
4 9 1                                        ; CAN  OAT
5  10 1                                        ; CAY  CAW
6 9 1                                        ; CAL  OAT
7 8 1                                        ; CAC  CAP
8  11 1                                        ; CAP  OAF
8  12 1                                        ; CAP  CAR
9  13 1                                        ; OAT  CBA
  10  14 1                                        ; CAW  SAV
  10  17 1                                        ; CAW  CAS
  11  13 1                                        ; OAF  CBA
  12  15 1                                        ; CAR  OAE
  12  16 1                                        ; CAR  HBD
  12  18 1                                        ; CAR  CAX
  13  19 1                                        ; CBA  OAG
  13  20 1                                        ; CBA  OAU
  14  18 1                                        ; SAV  CAX
  15  17 1                                        ; OAE  CAS
  16  17 1                                        ; HBD  CAS
  17  21 1                                        ; CAS  CAQ
  18  22 1                                        ; CAX  CAZ
  19  21 1                                        ; OAG  CAQ
  20  23 1                                        ; OAU  CAM
  20  25 1                                        ; OAU  CAO
  21  24 1                                        ; CAQ  CAD
  21  26 1                                        ; CAQ  CAK
  22  27 1                                        ; CAZ  CAI
  23  26 1                                        ; CAM  CAK
  24  25 1                                        ; CAD  CAO
  25  28 1                                        ; CAO  CAB

[ angles ]
; ai  aj  ak  fu c0, c1, ...
1 2 3 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAA  CAH  CAJ
2 3 4 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAH  CAJ  CAN
3 4 5 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAJ  CAN  CAY
4 5 6 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAN  CAY  CAL
4 5 8 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAN  CAY  CAP
6 5 8 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAL  CAY  CAP
5 6 7 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAY  CAL  CAC
5 8 9 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAY  CAP  OAT
8 9  10 2 109.5    380.0 109.5    380.0 ; CAP  OAT  CAW
9  10  11 2 124.0    730.0 124.0    730.0 ; OAT  CAW  OAF
9  10  12 2 115.0    610.0 115.0    610.0 ; OAT  CAW  CAR
  11  10  12 2 121.0    685.0 121.0    685.0 ; OAF  CAW  CAR
  10  12  13 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAW  CAR  CBA
  12  13  14 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAR  CBA  SAV
  12  13  17 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAR  CBA  CAS
  14  13  17 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; SAV  CBA  CAS
  13  14  15 2 109.5    518.0 109.5    518.0 ; CBA  SAV  OAE
  13  14  16 2 109.5    447.3 109.5    447.3 ; CBA  SAV  HBD
  15  14  16 2 109.5    447.3 109.5    447.3 ; OAE  SAV  HBD
  13  17  18 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CBA  CAS  CAX
  17  18  19 2 121.0    685.0 121.0    685.0 ; CAS  CAX  OAG
  17  18  20 2 115.0    610.0 115.0    610.0 ; CAS  CAX  OAU
  19  18  20 2 124.0    730.0 124.0    730.0 ; OAG  CAX  OAU
  18  20  21 2 109.5    380.0 109.5    380.0 ; CAX  OAU  CAQ
  20  21  22 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; OAU  CAQ  CAZ
  21  22  23 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAQ  CAZ  CAM
  21  22  25 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAQ  CAZ  CAO
  23  22  25 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAM  CAZ  CAO
  22  23  24 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAZ  CAM  CAD
  22  25  26 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAZ  CAO  CAK
  25  26  27 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAO  CAK  CAI
  26  27  28 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAK  CAI  CAB

[ dihedrals ]
; ai  aj  ak  al  fu c0, c1, m, ...
5 4 8 6 2    35.3  334.8    35.3  334.8 ; imp CAY  CAN  CAP  CAL
  10 9  11  12 2    0.0  167.4       0.0  167.4 ; imp CAW  OAT  OAF  CAR
  13  12  17  14 2    35.3  334.8    35.3  334.8 ; imp CBA  CAR  CAS  SAV
  14  13  16  15 2    35.3  334.8    35.3  334.8 ; imp SAV  CBA  HBD  OAE
  18  17  19  20 2    0.0  167.4       0.0  167.4 ; imp CAX  CAS  OAG  OAU
  22  21  23  25 2    35.3  334.8    35.3  334.8 ; imp CAZ  CAQ  CAM  CAO
4 3 2 1 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAN  CAJ  CAH  CAA
5 4 3 2 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAY  CAN  CAJ  CAH
8 5 4 3 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAP  CAY  CAN  CAJ
7 6 5 4 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAC  CAL  CAY  CAN
9 8 5 4 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih OAT  CAP  CAY  CAN
5 8 9  10 1    0.0 1.3 3    0.0 1.3 3 ; dih CAY  CAP  OAT  CAW
  12  10 9 8 1    0.0 3.8 3    0.0 3.8 3 ; dih CAR  CAW  OAT  CAP
  13  12  10 9 1    0.0 1.0 6    0.0 1.0 6 ; dih CBA  CAR  CAW  OAT
  17  13  12  10 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAS  CBA  CAR  CAW
  12  13  14  16 1    0.0 2.9 3    0.0 2.9 3 ; dih CAR  CBA  SAV  HBD
  18  17  13  12 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAX  CAS  CBA  CAR
  13  17  18  20 1    0.0 1.0 6    0.0 1.0 6 ; dih CBA  CAS  CAX  OAU
  17  18  20  21 1    0.0 3.8 3    0.0 3.8 3 ; dih CAS  CAX  OAU  CAQ
  22  21  20  18 1    0.0 1.3 3    0.0 1.3 3 ; dih CAZ  CAQ  OAU  CAX
  25  22  21  20 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAO  CAZ  CAQ  OAU
  24  23  22  21 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAD  CAM  CAZ  CAQ
  26  25  22  21 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAK  CAO  CAZ  CAQ
  27  26  25  22 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAI  CAK  CAO  CAZ
  28  27  26  25 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAB  CAI  CAK  CAO

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2樓2010-11-30 22:43:19

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zanzhang

禁蟲 (初入文壇)

本帖內(nèi)容被屏蔽

3樓2010-12-09 18:34:34

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zyj8119

木蟲 (著名寫手)

引用回帖:

Originally posted by zanzhang at 2010-12-09 18:34:34:
number of coordinates in coordinate file (outt.gro, 21279)
does not match topology (sys.top, 20226)
說的很清楚了，gro文件和top文件的原子數(shù)不一致

但是不知道怎么解決。

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回復(fù)此樓

4樓2010-12-09 19:14:54

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

liuyanjuan

金蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 1001.6
帖子: 100
在線: 23.5小時
蟲號: 1051717

gro 文件和top文件的分子數(shù)一致嗎？

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回復(fù)此樓

5樓2010-12-09 20:19:28

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zyj8119

木蟲 (著名寫手)

引用回帖:

Originally posted by liuyanjuan at 2010-12-09 20:19:28:
gro 文件和top文件的分子數(shù)一致嗎？

這些我都查過，一致。

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回復(fù)此樓

6樓2010-12-09 20:20:26

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

juanjuan0618

銅蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 179.6
帖子: 94
在線: 23.6小時
蟲號: 1160553

你的top文件和gro文件中的原子數(shù)目不一致

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回復(fù)此樓

7樓2010-12-10 10:25:20

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zanzhang

禁蟲 (初入文壇)

本帖內(nèi)容被屏蔽

8樓2010-12-12 19:38:24

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zh1987hs

金蟲 (著名寫手)

zyj8119(金幣+10):非常感謝。。。 2010-12-12 22:45:49

引用回帖:

Originally posted by zyj8119 at 2010-11-30 22:43:19:

itp文件：
;
;
;    This file was generated by PRODRG version AA081006.0504
;    PRODRG written/copyrighted by Daan van Aalten
;    and Alexander Schuettelkopf
;    ...

這種問題在GMX中是經(jīng)常遇到的，需要進行簡單的手動修改，樓主請仔細檢查以下問題：
1.你在模擬的過程中是否GENION過？在include下有沒有包含加入離子的mol數(shù)？
2.如果加入離子，仔細觀察你的top文件，是不是不包含離子的坐標？打開gro文件，觀察最下方添加的離子坐標，copy到top里，替換掉相應(yīng)數(shù)目的水，比如加了2個離子，則替換掉兩個水，即6個原子
3.加入的底物摩爾數(shù)是否正確？
思考以上三個問題，如果還未解決，我們在交流

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回復(fù)此樓

9樓2010-12-12 22:42:18

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zhaimen

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 2.5
帖子: 3
在線: 1.8小時
蟲號: 4016099

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖

引用回帖:

9樓: Originally posted by zh1987hs at 2010-12-12 22:42:18
這種問題在GMX中是經(jīng)常遇到的，需要進行簡單的手動修改，樓主請仔細檢查以下問題：
1.你在模擬的過程中是否GENION過？在include下有沒有包含加入離子的mol數(shù)？
2.如果加入離子，仔細觀察你的top文件，是不是不包 ...

還沒有加入離子就出現(xiàn)了這個問題怎么辦

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回復(fù)此樓

11樓2015-09-26 12:32:04

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

簡單回復(fù)

liuyanjuan10樓

2010-12-13 16:45 回復(fù)

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