 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (656)
- >考研 (79)
- >蟲友互識(shí) (43)
- >導(dǎo)師招生 (24)
- >基金申請(qǐng) (11)
- >論文投稿 (11)
- >考博 (10)
- >教師之家 (9)
- >碩博家園 (9)
- >文獻(xiàn)求助 (5)
- >無(wú)機(jī)/物化 (4)
- >公派出國(guó) (4)
- >休閑灌水 (3)
- >招聘信息布告欄 (2)
- >論文道賀祈福 (2)
- >文獻(xiàn)求助完結(jié)子版 (2)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3161 | 回復(fù): 10 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】gromacs出現(xiàn)了一個(gè)問(wèn)題
|
|||
|
做GROMACS的時(shí)候出現(xiàn)了一個(gè)問(wèn)題： sys.top是這樣的： ; ; File 'sys.top' was generated ; By user: zhu (503) ; On host: apollo2 ; At date: Wed Mar 12 15:48:05 2008 ; ; This is your topology file ; drg ; ; Include forcefield parameters #include "ffG53a6.itp" ; Include surfacetant topology #include "drg.itp" ; Include water topology #include "spce.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include generic topology for ions #include "ions.itp" [ system ] ; Name DRG [ molecules ] ; Compound #mols DRG 27 SOL 6490 而建好了盒子，并且插入了水分子的 GRO文件時(shí)這樣的： http://pic.www.gaoyang168.com/file.php?id=164 但是當(dāng)grompp -f minim.mdp -c outt.gro -p sys.top -o input.tpr 的時(shí)候，出現(xiàn)了這樣的錯(cuò)誤： number of coordinates in coordinate file (outt.gro, 21279) does not match topology (sys.top, 20226) |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
309求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿南航 335分 | 0856 | GPA 4.07 | 有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
求化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
085600，材料與化工321分求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
0703 化學(xué) 求調(diào)劑，一志愿山東大學(xué) 342 分
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿南開(kāi)大學(xué)0710生物學(xué)359求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
085600，專業(yè)課化工原理，320分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料與化工272求調(diào)劑
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
290求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- GROMACS安裝時(shí)總是出現(xiàn)configure: error: Unknown FFT library，請(qǐng)問(wèn)是什么原因
已經(jīng)有9人回復(fù)
- Gromacs中，mdrun出錯(cuò)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 在gromacs中運(yùn)行mdrun命令時(shí)出錯(cuò)
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【討論】minimizer出現(xiàn)問(wèn)題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 在網(wǎng)上求助計(jì)算化學(xué)問(wèn)題時(shí)的注意事項(xiàng)-Sobereva
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】這是我安裝gromacs過(guò)程，但是出錯(cuò)阿，這個(gè)怎么辦呢？謝謝
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】gromacs的又一個(gè)問(wèn)題
已經(jīng)有22人回復(fù)
- 【求助】Gromacs運(yùn)行出錯(cuò)
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【專家會(huì)診】bay 討論namd,gmx處理水溶液,蛋白等MD 模擬;討論水及水通道
已經(jīng)有50人回復(fù)
- 【求助】求助Gromacs中關(guān)于g_hbond的out文件的問(wèn)題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】有關(guān)gromacs得兩個(gè)問(wèn)題
已經(jīng)有10人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)環(huán)境與可持續(xù)發(fā)展研究所博士后招聘
+1/280
-
西南科大輻射防護(hù)材料課題組接收材料與化學(xué)背景碩士研究生
+3/104
-
求助有機(jī)化學(xué)第二版陸陽(yáng)申?yáng)|升主編課件或者電子版書籍
+1/84
-
湖北師范大學(xué)調(diào)劑 化學(xué)材料類
+1/78
-
北京-89175-事業(yè)單位-誠(chéng)征女友
+1/63
-
歡迎08開(kāi)頭或部分07開(kāi)頭的有緣人報(bào)考
+1/33
-
沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué)生物與醫(yī)藥招收調(diào)劑生！�。。。。。。。�！
+1/33
-
天津理工大學(xué)國(guó)家杰青王鐵團(tuán)隊(duì)招聘
+1/29
-
雙一流大學(xué)湘潭大學(xué)“化工過(guò)程模擬與強(qiáng)化”國(guó)家地方聯(lián)合工程研究中心招收各類博士生
+1/15
-
誠(chéng)摯招生（碩士+博士）
+1/9
-
中國(guó)地質(zhì)大學(xué)（北京)工程技術(shù)學(xué)院安老師組招收2026調(diào)劑生
+1/5
-
福建師范大學(xué)國(guó)家級(jí)人才團(tuán)隊(duì)招收2026年博士研究生
+1/4
-
山東濟(jì)南省屬重點(diǎn)高校，生態(tài)環(huán)境類碩士招生 調(diào)劑 信息
+1/4
-
齊齊哈爾大學(xué)化學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院誠(chéng)招專碩
+1/4
-
各種IgG抗體表達(dá)系統(tǒng)
+1/3
-
26年招收07 08學(xué)術(shù)型/專業(yè)型碩士研究生
+1/3
-
三峽大學(xué)材化學(xué)院磷硅精細(xì)化工課題組招收化學(xué)類、材料類、材料與化工類碩士
+1/3
-
中國(guó)科學(xué)院上海硅酸鹽研究所綠色復(fù)合生物材料課題組招聘博士后
+1/3
-
2026年北京石油化工學(xué)院環(huán)境學(xué)科-水污染控制工程方向課題組歡迎您
+1/3
-
中國(guó)科學(xué)院化學(xué)研究所招聘項(xiàng)目聘用人員
+1/2
4樓2010-12-09 19:14:54
|
itp文件： ; ; ; This file was generated by PRODRG version AA081006.0504 ; PRODRG written/copyrighted by Daan van Aalten ; and Alexander Schuettelkopf ; ; Questions/comments to dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk ; ; When using this software in a publication, cite: ; A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004). ; PRODRG - a tool for high-throughput crystallography ; of protein-ligand complexes. ; Acta Crystallogr. D60, 1355--1363. ; ; [ moleculetype ] ; Name nrexcl DRG 3 [ atoms ] ; nr type resnr resid atom cgnr charge mass 1 CH3 1 DRG CAA 1 0.000 15.0350 2 CH2 1 DRG CAH 2 -0.008 14.0270 3 CH2 1 DRG CAJ 2 -0.007 14.0270 4 CH2 1 DRG CAN 2 -0.008 14.0270 5 CH1 1 DRG CAY 2 0.032 13.0190 6 CH2 1 DRG CAL 2 -0.009 14.0270 7 CH3 1 DRG CAC 3 0.019 15.0350 8 CH2 1 DRG CAP 3 0.142 14.0270 9 OA 1 DRG OAT 3 -0.111 15.9994 10 C 1 DRG CAW 3 0.227 12.0110 11 O 1 DRG OAF 3 -0.387 15.9994 12 CH2 1 DRG CAR 3 0.037 14.0270 13 CH1 1 DRG CBA 3 0.073 13.0190 14 SDMSO 1 DRG SAV 4 0.600 32.0600 15 OM 1 DRG OAE 4 -0.562 15.9994 16 H 1 DRG HBD 4 -0.056 1.0080 17 CH2 1 DRG CAS 4 0.018 14.0270 18 C 1 DRG CAX 5 0.227 12.0110 19 O 1 DRG OAG 5 -0.387 15.9994 20 OA 1 DRG OAU 5 -0.111 15.9994 21 CH2 1 DRG CAQ 5 0.142 14.0270 22 CH1 1 DRG CAZ 5 0.073 13.0190 23 CH2 1 DRG CAM 5 0.037 14.0270 24 CH3 1 DRG CAD 5 0.019 15.0350 25 CH2 1 DRG CAO 6 0.006 14.0270 26 CH2 1 DRG CAK 6 0.006 14.0270 27 CH2 1 DRG CAI 6 0.006 14.0270 28 CH3 1 DRG CAB 6 -0.018 15.0350 [ bonds ] ; ai aj fu c0, c1, ... 2 1 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAH CAA 2 3 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAH CAJ 3 4 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAJ CAN 5 4 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAY CAN 5 6 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAY CAL 5 8 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAY CAP 6 7 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAL CAC 8 9 2 0.143 8180000.0 0.143 8180000.0 ; CAP OAT 10 9 2 0.136 10200000.0 0.136 10200000.0 ; CAW OAT 10 11 2 0.123 16600000.0 0.123 16600000.0 ; CAW OAF 10 12 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAW CAR 13 12 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CBA CAR 13 14 2 0.195 4950000.0 0.195 4950000.0 ; CBA SAV 13 17 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CBA CAS 14 15 2 0.153 8040000.0 0.153 8040000.0 ; SAV OAE 14 16 2 0.133 8870000.0 0.133 8870000.0 ; SAV HBD 18 17 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAX CAS 18 19 2 0.123 16600000.0 0.123 16600000.0 ; CAX OAG 18 20 2 0.136 10200000.0 0.136 10200000.0 ; CAX OAU 21 20 2 0.143 8180000.0 0.143 8180000.0 ; CAQ OAU 22 21 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAZ CAQ 22 23 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAZ CAM 22 25 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAZ CAO 23 24 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAM CAD 25 26 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAO CAK 26 27 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAK CAI 27 28 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAI CAB [ pairs ] ; ai aj fu c0, c1, ... 1 4 1 ; CAA CAN 2 5 1 ; CAH CAY 3 6 1 ; CAJ CAL 3 8 1 ; CAJ CAP 4 7 1 ; CAN CAC 4 9 1 ; CAN OAT 5 10 1 ; CAY CAW 6 9 1 ; CAL OAT 7 8 1 ; CAC CAP 8 11 1 ; CAP OAF 8 12 1 ; CAP CAR 9 13 1 ; OAT CBA 10 14 1 ; CAW SAV 10 17 1 ; CAW CAS 11 13 1 ; OAF CBA 12 15 1 ; CAR OAE 12 16 1 ; CAR HBD 12 18 1 ; CAR CAX 13 19 1 ; CBA OAG 13 20 1 ; CBA OAU 14 18 1 ; SAV CAX 15 17 1 ; OAE CAS 16 17 1 ; HBD CAS 17 21 1 ; CAS CAQ 18 22 1 ; CAX CAZ 19 21 1 ; OAG CAQ 20 23 1 ; OAU CAM 20 25 1 ; OAU CAO 21 24 1 ; CAQ CAD 21 26 1 ; CAQ CAK 22 27 1 ; CAZ CAI 23 26 1 ; CAM CAK 24 25 1 ; CAD CAO 25 28 1 ; CAO CAB [ angles ] ; ai aj ak fu c0, c1, ... 1 2 3 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAA CAH CAJ 2 3 4 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAH CAJ CAN 3 4 5 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAJ CAN CAY 4 5 6 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAN CAY CAL 4 5 8 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAN CAY CAP 6 5 8 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAL CAY CAP 5 6 7 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAY CAL CAC 5 8 9 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAY CAP OAT 8 9 10 2 109.5 380.0 109.5 380.0 ; CAP OAT CAW 9 10 11 2 124.0 730.0 124.0 730.0 ; OAT CAW OAF 9 10 12 2 115.0 610.0 115.0 610.0 ; OAT CAW CAR 11 10 12 2 121.0 685.0 121.0 685.0 ; OAF CAW CAR 10 12 13 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAW CAR CBA 12 13 14 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAR CBA SAV 12 13 17 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAR CBA CAS 14 13 17 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; SAV CBA CAS 13 14 15 2 109.5 518.0 109.5 518.0 ; CBA SAV OAE 13 14 16 2 109.5 447.3 109.5 447.3 ; CBA SAV HBD 15 14 16 2 109.5 447.3 109.5 447.3 ; OAE SAV HBD 13 17 18 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CBA CAS CAX 17 18 19 2 121.0 685.0 121.0 685.0 ; CAS CAX OAG 17 18 20 2 115.0 610.0 115.0 610.0 ; CAS CAX OAU 19 18 20 2 124.0 730.0 124.0 730.0 ; OAG CAX OAU 18 20 21 2 109.5 380.0 109.5 380.0 ; CAX OAU CAQ 20 21 22 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; OAU CAQ CAZ 21 22 23 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAQ CAZ CAM 21 22 25 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAQ CAZ CAO 23 22 25 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAM CAZ CAO 22 23 24 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAZ CAM CAD 22 25 26 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAZ CAO CAK 25 26 27 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAO CAK CAI 26 27 28 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAK CAI CAB [ dihedrals ] ; ai aj ak al fu c0, c1, m, ... 5 4 8 6 2 35.3 334.8 35.3 334.8 ; imp CAY CAN CAP CAL 10 9 11 12 2 0.0 167.4 0.0 167.4 ; imp CAW OAT OAF CAR 13 12 17 14 2 35.3 334.8 35.3 334.8 ; imp CBA CAR CAS SAV 14 13 16 15 2 35.3 334.8 35.3 334.8 ; imp SAV CBA HBD OAE 18 17 19 20 2 0.0 167.4 0.0 167.4 ; imp CAX CAS OAG OAU 22 21 23 25 2 35.3 334.8 35.3 334.8 ; imp CAZ CAQ CAM CAO 4 3 2 1 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAN CAJ CAH CAA 5 4 3 2 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAY CAN CAJ CAH 8 5 4 3 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAP CAY CAN CAJ 7 6 5 4 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAC CAL CAY CAN 9 8 5 4 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih OAT CAP CAY CAN 5 8 9 10 1 0.0 1.3 3 0.0 1.3 3 ; dih CAY CAP OAT CAW 12 10 9 8 1 0.0 3.8 3 0.0 3.8 3 ; dih CAR CAW OAT CAP 13 12 10 9 1 0.0 1.0 6 0.0 1.0 6 ; dih CBA CAR CAW OAT 17 13 12 10 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAS CBA CAR CAW 12 13 14 16 1 0.0 2.9 3 0.0 2.9 3 ; dih CAR CBA SAV HBD 18 17 13 12 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAX CAS CBA CAR 13 17 18 20 1 0.0 1.0 6 0.0 1.0 6 ; dih CBA CAS CAX OAU 17 18 20 21 1 0.0 3.8 3 0.0 3.8 3 ; dih CAS CAX OAU CAQ 22 21 20 18 1 0.0 1.3 3 0.0 1.3 3 ; dih CAZ CAQ OAU CAX 25 22 21 20 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAO CAZ CAQ OAU 24 23 22 21 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAD CAM CAZ CAQ 26 25 22 21 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAK CAO CAZ CAQ 27 26 25 22 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAI CAK CAO CAZ 28 27 26 25 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAB CAI CAK CAO |
2樓2010-11-30 22:43:19
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
3樓2010-12-09 18:34:34
5樓2010-12-09 20:19:28
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 求調(diào)劑 +5 | 家佳佳佳佳佳 2026-03-29 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +3 | 小卡不卡. 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈爾濱工業(yè)大學(xué)材料與化工方向336分 +10 | 辰沐5211314 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 總分293求調(diào)劑 +8 | 加一一九 2026-03-25 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 277跪求調(diào)劑 +6 | 1915668 2026-03-27 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 青春裁為三截 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 375求調(diào)劑 +4 | 雨夏整夜 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 348求調(diào)劑 +5 | 小懶蟲不懶了 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +7 | 江辭666 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 本科新能源科學(xué)與工程，一志愿華理能動(dòng)285求調(diào)劑 +3 | AZMK 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +3 | raojunqi0129 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +4 | Sanmu-124 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +17 | 顧九笙要謙虛 2026-03-24 | 23/1150 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +4 | lim0922 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 284求調(diào)劑 +11 | junqihahaha 2026-03-26 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +7 | prayer13 2026-03-23 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 086003食品工程求調(diào)劑 +6 | 淼淼111 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | plum李子 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 材料考研調(diào)劑生
+3
|
黃粱一夢(mèng)千年 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料專碩331求調(diào)劑 +4 | 鮮當(dāng)牛 2026-03-24 | 4/200 |
|