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[交流]
模擬鍵的斷裂是不是不需要做過渡態(tài)的計算？
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本人在算單鍵斷裂形成兩個自由基的反應能壘的計算，本來是想像算化學反應一樣算過渡態(tài)與原料的能量差來得到，但是看到有人這樣說： “對于沒有過渡態(tài)的反應，一是從化學背景上可以判斷是沒有過渡態(tài)的，二是計算中確實找不到，若滿足這兩個條件，則可以肯定其是沒有過渡態(tài)了。這時就不用作 IRC 了！用 SCAN 直接對斷裂的鍵（比如穩(wěn)定分子分解為兩個自由基的反應）進行掃描。”那在鍵斷裂的過程中是不是壓根就沒有過渡態(tài)的存在？而我在實際計算中用TS計算（把鍵拉長20%）是可以得到一個虛頻的過渡態(tài)，還請大家給指條路。 [ Last edited by invincibly on 2011-5-18 at 16:40 ] |
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2樓2011-05-18 16:44:16
★ ★
invincibly(金幣+1):謝謝參與
gmy1990(金幣+1): 非常感謝你對論壇的貢獻，獎勵一下！ 2011-05-18 21:38:47
invincibly(金幣+15): 謝謝你的回復，這對我的幫助很大，我覺得也應該做一下IRC。我也是才做過渡態(tài)，很多事情不清楚，希望有經(jīng)驗的蟲子們能解答你的疑惑�？傊浅８兄x你！ 2011-05-18 22:03:05
invincibly(金幣+1):謝謝參與
gmy1990(金幣+1): 非常感謝你對論壇的貢獻，獎勵一下！ 2011-05-18 21:38:47
invincibly(金幣+15): 謝謝你的回復，這對我的幫助很大，我覺得也應該做一下IRC。我也是才做過渡態(tài)，很多事情不清楚，希望有經(jīng)驗的蟲子們能解答你的疑惑�？傊浅８兄x你！ 2011-05-18 22:03:05
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個人認為這個過程簡單來看無非是3種情況。 第一，無過渡態(tài)且體系的能量在鍵的斷裂過程中是不斷下降的。一般要這個鍵非常不穩(wěn)定才可能出現(xiàn)這種情況。不過我猜樓主想模擬的鍵應該不是這種情況。 第二，無過渡態(tài)且體系能量在鍵的斷裂過程中是不斷上升的，直到生成的兩個自由基被分離到無窮遠。一般這就是鍵能ＢＤＥ的計算，用斷裂之后形成的兩個獨立的自由基分子碎片的能量減去反應物的能量。 第三，有過渡態(tài)存在，體系能量隨著鍵的斷裂先升后降低。樓主既然找到了一個過渡態(tài)，那么可以看看虛頻的震動模式是否正確，如果正確可以做個IRC分析看看是否此過渡態(tài)真的連接你的反應物和產(chǎn)物。 在做iRC分析的時候我有點疑惑，對于IRC分析所找到的過渡態(tài)之后的類產(chǎn)物分子可能需要指定自旋多重度為3才對。至于勢能面掃描為什么沒有過渡態(tài)我就不太清楚了，是否勢能曲線屬于直升或直降，沒有一點幅度？還是說掃描的間距太寬，漏過了過渡態(tài)？ 我屬菜鳥，如果有錯誤歡迎高手指明，以免誤人子弟 |
3樓2011-05-18 20:26:53
4樓2011-05-23 09:58:38
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樓主要找的是一個鍵斷裂的過渡態(tài)，一般虛頻不會這么小。但是要看振動的方向是否正確，如果振動模式的確為鍵的斷裂，接下來可以做一下IRC分析，看看是否確為聯(lián)系你反應物和產(chǎn)物。如果是，那么我個人覺得這個可以作為你的過渡態(tài)的。 另外找過渡態(tài)樓主可以根據(jù)你的直覺來判斷這個過渡態(tài)到底是更接近于反應物還是產(chǎn)物。假設更接近于產(chǎn)物，那么你可以把產(chǎn)物中形成的那個鍵拉長（多少說不定）。然后直接按關鍵詞opt=(ts,calcfc,noeigentest)進行計算，而不要再按穩(wěn)態(tài)進行優(yōu)化了，否則你就回到某一穩(wěn)定結(jié)構(gòu)了，及背道而馳。 |
5樓2011-05-23 10:05:23
7樓2011-07-02 00:16:25
★
invincibly(金幣+1):謝謝參與
invincibly(金幣+1):謝謝參與
|
到底在找TS前，要不要分別優(yōu)化反應物和產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)呢？ 壇子里的GaussianFAQ實踐版（V27.01）中(http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146&fpage=0&view=&highlight=&page=1)，強調(diào)必須優(yōu)化(該匯總精華貼中第二章第19小節(jié))。 另外，樓主使用的方法(把類似產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)要斷裂的那個鍵手工拉長)是不是拉的還不夠長，才導致優(yōu)化后又還原而不是預期的得到兩個獨立的自由基呢？ |
8樓2011-07-02 20:02:24
★ ★ ★ ★
invincibly(金幣+1):謝謝參與
gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對論壇的貢獻，獎勵一下！ 2011-07-02 21:02:16
invincibly(金幣+5): 謝謝你的貢獻，以后再搞這個的時候好好學習一下 2011-07-03 18:33:56
invincibly(金幣+1):謝謝參與
gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對論壇的貢獻，獎勵一下！ 2011-07-02 21:02:16
invincibly(金幣+5): 謝謝你的貢獻，以后再搞這個的時候好好學習一下 2011-07-03 18:33:56
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這個問題，我以前也有過疑問。 根據(jù)熱力學定律，肯定是存在化學鍵時物質(zhì)更穩(wěn)定。所以，有化學鍵存在時，肯定不是能量特別高的狀態(tài)（相對于鍵斷裂時）。 不過確實也見過模擬化學鍵斷裂過程中過渡態(tài)的情形，印象中的專著有類似物理有機化學之類的，是英文專著。 一般可能比較難模擬把。 松散過渡態(tài)的概念，你可以搜索一下，也許對你有幫助。 |
9樓2011-07-02 20:39:20
10樓2011-12-01 20:44:40
11樓2016-07-05 18:27:34
簡單回復
huagai6樓
2011-07-01 16:55
回復
invincibly(金幣+1):謝謝參與
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