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vigaryang木蟲 (正式寫手)
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[求助]
關(guān)于結(jié)構(gòu)優(yōu)化中的對(duì)稱性問(wèn)題
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| 如果要優(yōu)化一個(gè)像NH3這種明確知道對(duì)稱性的分子，是不是在優(yōu)化時(shí)需要事先指定優(yōu)化過(guò)程中對(duì)稱性不變？如果是的話，是通過(guò)symmetry(pg=?)實(shí)現(xiàn)呢，還是在分子內(nèi)坐標(biāo)輸入部分設(shè)置變量實(shí)現(xiàn)？網(wǎng)上查了一下，發(fā)現(xiàn)很難見到與symmetry(pg=?)這個(gè)命令有關(guān)的信息，不知是為什么。難道對(duì)于這種分子也不需要指定對(duì)稱性嗎，而任由其自由優(yōu)化嗎。謝謝。 |
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vigaryang
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【答案】應(yīng)助回帖
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gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對(duì)論壇的貢獻(xiàn)，獎(jiǎng)勵(lì)一下！ 2011-05-23 12:26:39
vigaryang(金幣+5): 2011-05-23 21:48:42
vigaryang(金幣+3): 非常感謝 2011-05-25 14:49:08
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vigaryang(金幣+3): 非常感謝 2011-05-25 14:49:08
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Gaussian在優(yōu)化的過(guò)程中，默認(rèn)保持對(duì)稱性不變。 也就是說(shuō)，你的輸入結(jié)構(gòu)在gaussian讀入之后，會(huì)首先做一個(gè)對(duì)稱性判斷，如果它判定為C3v了，那么，優(yōu)化過(guò)程中，他就一直按照C3v來(lái)優(yōu)化，如果按C3v優(yōu)化不出來(lái)，他就按出錯(cuò)退出——一直到g03都是如此。。。但是最近發(fā)現(xiàn)g09似乎有所改變了，他會(huì)嘗試改變對(duì)稱性的，這一點(diǎn)我還沒(méi)弄清楚他的機(jī)制。 不一定是按照內(nèi)坐標(biāo)輸入，即便你按照笛卡爾坐標(biāo)輸入也是可以的，當(dāng)然，這個(gè)時(shí)候gaussian在判斷對(duì)稱性的時(shí)候，是會(huì)因?yàn)槟愕牡芽栕鴺?biāo)的精度不夠而容易產(chǎn)生誤判的，就好象gview在判斷對(duì)稱性的時(shí)候，也會(huì)有Default,tight,very tight, loose,very loose等選項(xiàng)一樣，gaussian在判讀對(duì)稱性的時(shí)候也有tight.loose等標(biāo)準(zhǔn)，你可以自己指定，當(dāng)然，它的標(biāo)準(zhǔn)與gview的標(biāo)準(zhǔn)是不同的。你的分子在gaussian讀入后，開始跑202的時(shí)候就會(huì)給出它的判斷結(jié)果——不過(guò)我猜測(cè)在跑103的時(shí)候就應(yīng)該已經(jīng)算出來(lái)了。如果你對(duì)gaussian的判讀沒(méi)有把握，或者對(duì)你輸入的笛卡爾坐標(biāo)的精度沒(méi)有把握，那么在此時(shí)kill掉gaussian，看看輸出文件就知道它怎么判定的了。 |
5樓2011-05-23 12:12:42
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