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vigaryang木蟲 (正式寫手)
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[求助]
關于結構優(yōu)化中的對稱性問題
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| 如果要優(yōu)化一個像NH3這種明確知道對稱性的分子，是不是在優(yōu)化時需要事先指定優(yōu)化過程中對稱性不變？如果是的話，是通過symmetry(pg=?)實現呢，還是在分子內坐標輸入部分設置變量實現？網上查了一下，發(fā)現很難見到與symmetry(pg=?)這個命令有關的信息，不知是為什么。難道對于這種分子也不需要指定對稱性嗎，而任由其自由優(yōu)化嗎。謝謝。 |
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2樓2011-05-23 06:20:29
vigaryang
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【答案】應助回帖
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gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對論壇的貢獻，獎勵一下！ 2011-05-23 12:26:39
vigaryang(金幣+5): 2011-05-23 21:48:42
vigaryang(金幣+3): 非常感謝 2011-05-25 14:49:08
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Gaussian在優(yōu)化的過程中，默認保持對稱性不變。 也就是說，你的輸入結構在gaussian讀入之后，會首先做一個對稱性判斷，如果它判定為C3v了，那么，優(yōu)化過程中，他就一直按照C3v來優(yōu)化，如果按C3v優(yōu)化不出來，他就按出錯退出——一直到g03都是如此。。。但是最近發(fā)現g09似乎有所改變了，他會嘗試改變對稱性的，這一點我還沒弄清楚他的機制。 不一定是按照內坐標輸入，即便你按照笛卡爾坐標輸入也是可以的，當然，這個時候gaussian在判斷對稱性的時候，是會因為你的笛卡爾坐標的精度不夠而容易產生誤判的，就好象gview在判斷對稱性的時候，也會有Default,tight,very tight, loose,very loose等選項一樣，gaussian在判讀對稱性的時候也有tight.loose等標準，你可以自己指定，當然，它的標準與gview的標準是不同的。你的分子在gaussian讀入后，開始跑202的時候就會給出它的判斷結果——不過我猜測在跑103的時候就應該已經算出來了。如果你對gaussian的判讀沒有把握，或者對你輸入的笛卡爾坐標的精度沒有把握，那么在此時kill掉gaussian，看看輸出文件就知道它怎么判定的了。 |
5樓2011-05-23 12:12:42
vigaryang
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7樓2011-05-25 14:32:38
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8樓2011-05-25 14:48:56
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