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vigaryang木蟲 (正式寫手)
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[求助]
關(guān)于結(jié)構(gòu)優(yōu)化中的對稱性問題
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| 如果要優(yōu)化一個像NH3這種明確知道對稱性的分子，是不是在優(yōu)化時需要事先指定優(yōu)化過程中對稱性不變？如果是的話，是通過symmetry(pg=?)實現(xiàn)呢，還是在分子內(nèi)坐標(biāo)輸入部分設(shè)置變量實現(xiàn)？網(wǎng)上查了一下，發(fā)現(xiàn)很難見到與symmetry(pg=?)這個命令有關(guān)的信息，不知是為什么。難道對于這種分子也不需要指定對稱性嗎，而任由其自由優(yōu)化嗎。謝謝。 |
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4樓2011-05-23 09:59:46
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3樓2011-05-23 06:47:46
zhangmt
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【答案】應(yīng)助回帖
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gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對論壇的貢獻(xiàn)，獎勵一下！ 2011-05-23 12:26:39
vigaryang(金幣+5): 2011-05-23 21:48:42
vigaryang(金幣+3): 非常感謝 2011-05-25 14:49:08
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vigaryang(金幣+3): 非常感謝 2011-05-25 14:49:08
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Gaussian在優(yōu)化的過程中，默認(rèn)保持對稱性不變。 也就是說，你的輸入結(jié)構(gòu)在gaussian讀入之后，會首先做一個對稱性判斷，如果它判定為C3v了，那么，優(yōu)化過程中，他就一直按照C3v來優(yōu)化，如果按C3v優(yōu)化不出來，他就按出錯退出——一直到g03都是如此。。。但是最近發(fā)現(xiàn)g09似乎有所改變了，他會嘗試改變對稱性的，這一點我還沒弄清楚他的機制。 不一定是按照內(nèi)坐標(biāo)輸入，即便你按照笛卡爾坐標(biāo)輸入也是可以的，當(dāng)然，這個時候gaussian在判斷對稱性的時候，是會因為你的笛卡爾坐標(biāo)的精度不夠而容易產(chǎn)生誤判的，就好象gview在判斷對稱性的時候，也會有Default,tight,very tight, loose,very loose等選項一樣，gaussian在判讀對稱性的時候也有tight.loose等標(biāo)準(zhǔn)，你可以自己指定，當(dāng)然，它的標(biāo)準(zhǔn)與gview的標(biāo)準(zhǔn)是不同的。你的分子在gaussian讀入后，開始跑202的時候就會給出它的判斷結(jié)果——不過我猜測在跑103的時候就應(yīng)該已經(jīng)算出來了。如果你對gaussian的判讀沒有把握，或者對你輸入的笛卡爾坐標(biāo)的精度沒有把握，那么在此時kill掉gaussian，看看輸出文件就知道它怎么判定的了。 |
5樓2011-05-23 12:12:42
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