 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 997 | 回復(fù): 2 | ||
[求助]
求助GenBank提交序列遇到的棘手問題
|
|
我是做真核生物的某個在環(huán)境中的多樣性，分別從DNA和cDNA兩方面做了克隆和測序，在提交序列后，GenBank數(shù)據(jù)庫給我了以下問題： DNA序列： 1.The following coding region spans have a very short intron which suggestst that the provided spans are incorrect. Please provide the correct spans. SEQ_FEAT:Short Intron HQ835335:CDS laccase (gb|HQ835335|:<1-21, gb|HQ835335|:37-90, gb|HQ835335|:97-153, gb|HQ835335|:185->209) 2.We noticed that one or more of the exon-intron boundaries do not conform to the splicedonor/acceptor consensus sequences, GT and AG, respectively: Splice donor consensus (GT) not found after exon ending at position gb|HQ835316| CDS GT at 33 cDNA序列： Upon doing an alignment of your sequences, we noticed that there may be reading frame shifts in the following translations: Insertion at position 21 Gap: 118 Non-gap: 3 HQ836128,HQ836084,HQ836088 以上各種問題只舉了一個例子。 由于我不是做分子生物出生的，很多問題不解。我在回復(fù)時說，我這是引用某某文獻(xiàn)的引物，對環(huán)境中微生物某功能基因多樣性的進(jìn)行了研究，所獲得序列與某某文獻(xiàn)中是相似的結(jié)構(gòu)。對于為何出現(xiàn)以上問題，我也不是很清楚。 GenBank數(shù)據(jù)庫的回復(fù)如下： Since your are unable to resolve the errors, including the stop codons, associated with your sequences we will remove the coding regions and replace them with misc_features and add these these sequences to the Unverified division of GenBank. You may always update your sequnces at any time. You should receive your GenBank flatfiles for review shortly. Since the flatfile record is a display format only and is not an editable format of the data, do not make changes directly to a flatfile. For complete information about different methods to update a sequence record, see: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/update.html 請各位幫我想下，我應(yīng)該怎么回復(fù)？實在是不解啊。 小女子先謝過各位啦~~ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
265求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章
已經(jīng)有21人回復(fù)
-
295材料求調(diào)劑，一志愿武漢理工085601專碩
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
0856調(diào)劑，是學(xué)校就去
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
學(xué)校已經(jīng)提交到NSFC，還能修改嗎？
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
材料學(xué)碩297已過四六級求調(diào)劑推薦
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
295復(fù)試調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
本人考085602 化學(xué)工程 專碩
已經(jīng)有20人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 一個細(xì)菌測序后的基因與genbank里比對最大相似度只有90%，什么原因？
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 克隆某一功能基因的全長，要不要做Race？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- genbank中的DNA序列方向與mrna方向？？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 如何將Genbank序列導(dǎo)入BEAST或BEAUti軟件
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 在做系統(tǒng)發(fā)育樹的時候，如何從genbank上選擇下載同源序列呢
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 用BankIt在線向Genbank數(shù)據(jù)庫提交序列
已經(jīng)有265人回復(fù)
- 請問在GenBank上找到了一條序列，怎樣知道作者所用引物的序列？
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 標(biāo)書有必要將菌株號、Genbank登錄號都交代清楚嗎？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 幼稚問題一個，在Genbank上查某基因，為何會出現(xiàn)兩個mRNA，兩個CDS區(qū)？
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 向genbank發(fā)送sequin郵件要寫怎么寫？大家平安夜快樂呦~~
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 尋求把細(xì)菌的16s rDNA序列提交到Genbank，申請accession number 的專家-謝謝！
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 細(xì)菌鑒定--blast后一定要再到Genbank中檢索才能確定什么菌，得到accession number嗎？
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 向genbank提交序列之后，收到一信件，需要提供有關(guān)樣品的信息？有人遇到過么？救贖
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 向GENBANK提交的序列能隨后修改嗎？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 我向Genbank提交了序列并收到了登錄號，可我把那封郵件弄沒了，怎么再獲得登錄號？
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 求教如何通過GenBankTM/EBI Data Bank 查到核酸序列
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助/交流】如何從GENBANK上查詢菌株的的Acession No
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助/交流】求關(guān)于序列上傳到GENBANK的相關(guān)問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 已拿到Genbank的accession number，想修改作者信息，怎么辦？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助/交流】有登陸號，如何批量從Genbank中導(dǎo)出fasta格式的核酸序列
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助/交流】用sequin去GenBank申請登錄號遇到問題
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助/交流】求助：如何能在genbank中快速批量下載序列
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助/交流】關(guān)于序列去genbank比對的問題
已經(jīng)有11人回復(fù)
- Genbank的編號及blast
已經(jīng)有12人回復(fù)
scelab
榮譽版主 (文壇精英)
小木蟲之有關(guān)部門負(fù)責(zé)人
- MicEPI: 5
- 應(yīng)助: 63 (初中生)
- 貴賓: 1.475
- 金幣: 8294.6
- 散金: 4158
- 紅花: 39
- 沙發(fā): 99
- 帖子: 21277
- 在線: 3169.3小時
- 蟲號: 482065
- 注冊: 2007-12-20
- 性別: GG
- 專業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)
- 管轄: 微生物
2樓2011-06-04 18:00:56
3樓2014-02-08 18:07:12
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 chenxbi 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0856調(diào)劑，是學(xué)校就去 +8 | sllhht 2026-03-19 | 9/450 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研]
 295復(fù)試調(diào)劑
+7
|
簡木ChuFront 2026-03-19 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑 +7 | Doleres 2026-03-19 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 暗涌afhb 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料求調(diào)劑，總分315（英一） +3 | sbdksD 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿福大288有機(jī)化學(xué)，求調(diào)劑 +3 | 小木蟲200408204 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +6 | 緒幸與子 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +3 | ydfyh 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 司空. 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +4 | 冬十三 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 【同濟(jì)軟件】軟件（085405）考研求調(diào)劑 +3 | 2026eternal 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理材料305分求調(diào)劑 +5 | 想上岸的鯉魚 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +5 | △小透明* 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +5 | 上岸的小葡 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 有沒有道鐵/土木的想調(diào)劑南林，給自己招師弟中～ +3 | TqlXswl 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] [導(dǎo)師推薦]西南科技大學(xué)國防/材料導(dǎo)師推薦 +3 | 尖角小荷 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 文思客 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求老師收留調(diào)劑 +4 | jiang姜66 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 080500，材料學(xué)碩302分求調(diào)劑學(xué)校 +4 | 初識可樂 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-14 | 3/150 |
|