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[求助]
求助GenBank提交序列遇到的棘手問題
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我是做真核生物的某個在環(huán)境中的多樣性，分別從DNA和cDNA兩方面做了克隆和測序，在提交序列后，GenBank數據庫給我了以下問題： DNA序列： 1.The following coding region spans have a very short intron which suggestst that the provided spans are incorrect. Please provide the correct spans. SEQ_FEAT:Short Intron HQ835335:CDS laccase (gb|HQ835335|:<1-21, gb|HQ835335|:37-90, gb|HQ835335|:97-153, gb|HQ835335|:185->209) 2.We noticed that one or more of the exon-intron boundaries do not conform to the splicedonor/acceptor consensus sequences, GT and AG, respectively: Splice donor consensus (GT) not found after exon ending at position gb|HQ835316| CDS GT at 33 cDNA序列： Upon doing an alignment of your sequences, we noticed that there may be reading frame shifts in the following translations: Insertion at position 21 Gap: 118 Non-gap: 3 HQ836128,HQ836084,HQ836088 以上各種問題只舉了一個例子。 由于我不是做分子生物出生的，很多問題不解。我在回復時說，我這是引用某某文獻的引物，對環(huán)境中微生物某功能基因多樣性的進行了研究，所獲得序列與某某文獻中是相似的結構。對于為何出現以上問題，我也不是很清楚。 GenBank數據庫的回復如下： Since your are unable to resolve the errors, including the stop codons, associated with your sequences we will remove the coding regions and replace them with misc_features and add these these sequences to the Unverified division of GenBank. You may always update your sequnces at any time. You should receive your GenBank flatfiles for review shortly. Since the flatfile record is a display format only and is not an editable format of the data, do not make changes directly to a flatfile. For complete information about different methods to update a sequence record, see: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/update.html 請各位幫我想下，我應該怎么回復？實在是不解啊。 小女子先謝過各位啦~~ |
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