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chenxbi

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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專業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)

[求助] 求助GenBank提交序列遇到的棘手問(wèn)題

我是做真核生物的某個(gè)在環(huán)境中的多樣性，分別從DNA和cDNA兩方面做了克隆和測(cè)序，在提交序列后，GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)給我了以下問(wèn)題：
DNA序列：
1.The following coding region spans have a very short intron which
suggestst that the provided spans are incorrect.  Please provide the
correct spans.
SEQ_FEAT:Short Intron
HQ835335:CDS laccase (gb|HQ835335|:<1-21, gb|HQ835335|:37-90, gb|HQ835335|:97-153, gb|HQ835335|:185->209)
2.We noticed that one or more of the exon-intron boundaries do not conform to the splicedonor/acceptor consensus sequences, GT and AG, respectively:  Splice donor consensus (GT) not found after  exon ending at position
gb|HQ835316|    CDS GT at 33

cDNA序列：
Upon doing an alignment of your sequences, we noticed that there
may be reading frame shifts in the following translations:
Insertion at position 21
Gap: 118 Non-gap: 3
HQ836128,HQ836084,HQ836088

以上各種問(wèn)題只舉了一個(gè)例子。
由于我不是做分子生物出生的，很多問(wèn)題不解。我在回復(fù)時(shí)說(shuō)，我這是引用某某文獻(xiàn)的引物，對(duì)環(huán)境中微生物某功能基因多樣性的進(jìn)行了研究，所獲得序列與某某文獻(xiàn)中是相似的結(jié)構(gòu)。對(duì)于為何出現(xiàn)以上問(wèn)題，我也不是很清楚。

GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)的回復(fù)如下：
Since your are unable to resolve the errors, including the stop codons,
associated with your sequences we will remove the coding regions and
replace them with misc_features and add these these sequences to
the Unverified division of GenBank.  You may always update your sequnces
at any time.
You should receive your GenBank flatfiles for review shortly.
Since the flatfile record is a display format only and is not an
editable format of the data, do not make changes directly to a flatfile.
For complete information about different methods to update a
sequence record,  see: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/update.html

請(qǐng)各位幫我想下，我應(yīng)該怎么回復(fù)？實(shí)在是不解啊。
小女子先謝過(guò)各位啦~~

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1樓 2011-06-02 09:05:21

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匿名

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3樓2014-02-08 18:07:12

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scelab

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復(fù)雜。。。不懂。。。路過(guò)。。。