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笑問天木蟲 (著名寫手)
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[求助]
NPT系綜的平衡問題
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最近投了篇稿子，討論的是溶劑與晶面相互作用對(duì)晶體形貌的影響，建立了一個(gè)溶劑與晶面相互作用的模型進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算，采用NPT系綜。審稿人提出如下的意見，認(rèn)為計(jì)算沒有達(dá)到平衡，但具體的我看得不太明白，是要延長計(jì)算的時(shí)間尺度嗎？如何判斷體系已經(jīng)達(dá)到平衡了？我不是專業(yè)做模擬計(jì)算的，這些東西都是我自學(xué)的，老板對(duì)這方面也不了解，還請(qǐng)各位高人不吝賜教啊。 Indeed, NPT molecular dynamics at atmospheric pressure and at room temperature is required in order of relax all the tensions and compressions within the simulated cell. Generally, when NPT molecular dynamics is performed on a crystal structure whose coordinates are taken from X-Ray diffraction experiments, the density decreases by 5 to 15 %, thus the simulated cube expands. To me this is extremely important as all the estimated quantities that derive from the model are dependant on such initial treatment. I don't think that 5ps at 500K followed by 50 ps at 298K is enough to obtain a system properly equilibrated. |
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 MD分子動(dòng)力學(xué) |
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rzhheart
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-06-30 19:32:33
笑問天(金幣+50): 2011-06-30 19:48:09
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-06-30 19:32:33
笑問天(金幣+50): 2011-06-30 19:48:09
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I don't think that 5ps at 500K followed by 50 ps at 298K is enough to obtain a system properly equilibrated。 這個(gè)是說你弛豫時(shí)間不夠~ 貌似help里面說的是先10ps(NPT)之后再100ps(NVT)，這應(yīng)該算是最短的弛豫時(shí)間了。。。 既然是發(fā)文章，就不能少于這個(gè)時(shí)間吧！ |
4樓2011-06-30 09:07:15
笑問天
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2樓2011-06-27 12:12:50
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5樓2011-06-30 10:13:50
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6樓2011-06-30 19:36:45
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