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關(guān)于npt系綜設(shè)定？
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最近學(xué)習(xí)用LAMMPS做lipid bilayer的分子動(dòng)力學(xué)模擬，對(duì)幾個(gè)問題感到困惑，有沒有做過這方面模擬的童鞋，請(qǐng)教一下： 1.模型構(gòu)建，我看文獻(xiàn)上的模型構(gòu)建都寫的不怎么詳細(xì)，就自己寫了段小程序，大體是這么進(jìn)行的，參考文獻(xiàn)中的每個(gè)lipid分子的平均橫向面積，按照正方形晶格排一層頭基珠子，然后在頭基珠子上再接tail。然后復(fù)制成雙層膜，形成的初始構(gòu)型，這種做法做出的初始構(gòu)型類似于有序的晶體結(jié)構(gòu)。請(qǐng)教有經(jīng)驗(yàn)的同學(xué)，這種做法是否合理？ 2.我看文獻(xiàn)中跑雙層膜的過程，其中文獻(xiàn)中是這樣說的。 The initial configuration is equilibrated to a zero-lateral-tension state using the NPT ensemble. This typically took around 104τ .The equilibrium box length for the uncharged system was found to be L ≈ 50σ, while for the most charged 1 : 3 system,the equilibrium box size slightly shrank to L ≈ 48.5σ.Upon equilibration, the system was simulated for an additional 105τ in the NVT ensemble using standard Nosé-Hoover thermostat. 這里我用npt系綜平衡至a zero-lateral-tension state，這個(gè)命令遇到了麻煩 我寫的命令是 fix 1 all npt temp 0.7 0.7 10.0 aniso 0.0 0.0 100.0， 如果用壓強(qiáng)是0.0的話，系統(tǒng)體積在不斷的膨脹，也不能形成文件中的雙層膜，而是整的盒子都充滿了lipid，不像文獻(xiàn)中的那樣，只在盒子中間形成了很好的雙層膜，用壓強(qiáng)是一的話，盒子總是變小，也形不成膜，想請(qǐng)教下，怎么設(shè)定npt系綜平衡至a zero-lateral-tension state ps：參考文獻(xiàn) |
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2014-08-11 17:55:45, 1.05 M
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2樓2014-08-12 00:30:17
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meimei108
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