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[交流]
關于npt系綜設定？
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最近學習用LAMMPS做lipid bilayer的分子動力學模擬，對幾個問題感到困惑，有沒有做過這方面模擬的童鞋，請教一下： 1.模型構建，我看文獻上的模型構建都寫的不怎么詳細，就自己寫了段小程序，大體是這么進行的，參考文獻中的每個lipid分子的平均橫向面積，按照正方形晶格排一層頭基珠子，然后在頭基珠子上再接tail。然后復制成雙層膜，形成的初始構型，這種做法做出的初始構型類似于有序的晶體結構。請教有經(jīng)驗的同學，這種做法是否合理？ 2.我看文獻中跑雙層膜的過程，其中文獻中是這樣說的。 The initial configuration is equilibrated to a zero-lateral-tension state using the NPT ensemble. This typically took around 104τ .The equilibrium box length for the uncharged system was found to be L ≈ 50σ, while for the most charged 1 : 3 system,the equilibrium box size slightly shrank to L ≈ 48.5σ.Upon equilibration, the system was simulated for an additional 105τ in the NVT ensemble using standard Nosé-Hoover thermostat. 這里我用npt系綜平衡至a zero-lateral-tension state，這個命令遇到了麻煩 我寫的命令是 fix 1 all npt temp 0.7 0.7 10.0 aniso 0.0 0.0 100.0， 如果用壓強是0.0的話，系統(tǒng)體積在不斷的膨脹，也不能形成文件中的雙層膜，而是整的盒子都充滿了lipid，不像文獻中的那樣，只在盒子中間形成了很好的雙層膜，用壓強是一的話，盒子總是變小，也形不成膜，想請教下，怎么設定npt系綜平衡至a zero-lateral-tension state ps：參考文獻 |
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2014-08-11 17:55:45, 1.05 M
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3樓2014-08-12 06:35:57
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