版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進(jìn)行手機(jī)號驗證，感謝您的理解與支持！

24小時熱門版塊排行榜

返回列表

本帖產(chǎn)生 2 個 BioEPI ，點(diǎn)擊這里進(jìn)行查看

shizishanshang

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

應(yīng)助: 72 (初中生)
金幣: 10570.4
帖子: 3882
在線: 1215.1小時
蟲號: 297159

[交流] 測序結(jié)果的疑問

前面利用CODEHOPE設(shè)計了簡并引物，克隆一個基因片段�，F(xiàn)在測序結(jié)果已經(jīng)出來，令我很疑惑。

割膠回收后連接PMD18載體后，涂平板，挑單菌過夜搖菌，之后提質(zhì)粒酶切，送去測序。

現(xiàn)在問題來了，同一個平板出來的克隆，測序結(jié)果不同，有80%左右的相似性。BLAST后都與相關(guān)基因具有比較高的同源性。

現(xiàn)在一共送去了11個克隆測序，目前粗粗看了一下至少有4個不同的片段，之間一般是具有80%左右的同源性。

請問這是怎么回事？基因家族？我要克隆的這個基因是具有基因家族的傳統(tǒng)的，擬南芥等植物里一般有4-8個基因家族是很正常的。還是測序問題？

令外問一個令我不解的問題，植物的基因組應(yīng)該是固定的吧，那么那么多基因家族，對應(yīng)的外顯子應(yīng)該不同，怎么能一一對應(yīng)基因組DNA呢？

望大家解惑，謝謝！

回復(fù)此樓

» 搶金幣啦！回帖就可以得到:

查看全部散金貼

1樓 2011-07-05 09:49:13

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

thinka

銅蟲 (著名寫手)

★ ★ ★ ★
shizishanshang(金幣+1):謝謝參與
silicare(金幣+3, EPI+1): 前提是PCR沒有突變 2011-07-05 12:12:51
shizishanshang(金幣+2): 謝謝啊，看著BLAST結(jié)果頭暈著呢 2011-07-05 17:22:40

肯定不是測序的問題。對于植物來說最大的可能是因為大的基因家族,也有可能是選擇性剪切.不知道你說得相似性是怎么算出來的,是SNP還是有插入或者確實(shí)的片段？做過blast沒有呢，可以試一下用clustalx或者seqman等比一下看看。

怎么能一一對應(yīng)基因組DNA呢？這句話沒看明白你是什么意思，你是問如何去對應(yīng)還是已經(jīng)對應(yīng)了你不理解為什么？

你可以通過比對基因組序列和mRNA序列來分析你這些序列所對應(yīng)的基因組的結(jié)構(gòu)的，這個可以幫助你確定他們是基因家族還是選剪以及是如何剪切的。植物的基因組有多倍體。

另外還有個問題，不知道的模板是DNA還是cDNA.

贊一下(2人)

回復(fù)此樓

2樓2011-07-05 10:39:32

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

magy2006

木蟲 (著名寫手)

BioEPI: 2
應(yīng)助: 4 (幼兒園)
金幣: 2597
帖子: 1333
在線: 130.6小時
蟲號: 284913

★ ★ ★ ★
shizishanshang(金幣+1):謝謝參與
silicare(金幣+3, EPI+1): 有一定道理 2011-07-05 12:13:39
shizishanshang(金幣+1): 恩，問了一下公司說測序肯定沒有問題，我的片段大約850bp，測通的 2011-07-05 17:23:19
shizishanshang(金幣+2): 已經(jīng)證明是基因家族，全長已經(jīng)得到，既是做熒光定量不好設(shè)計引物了 2011-10-04 15:15:03

測序?qū)Y(jié)果也是有較大影響的，并非樓上說的肯定不是測序的問題。
一般的測序儀在600以內(nèi)保證沒問題，800左右及以上就不準(zhǔn)確了，尤其是技術(shù)不過關(guān)的企業(yè)。
你通過兼并引物擴(kuò)出來的片段我感覺更多的像是基因家族的多個成員，畢竟他們有著相似度很高的保守區(qū)段，當(dāng)然也不排除其他的可能……

贊一下(2人)

回復(fù)此樓

3樓2011-07-05 10:45:59

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

thinka

銅蟲 (著名寫手)

樓上，有誰會在截取結(jié)果的時候要那些不確定的部分呢�？隙ㄊ且Y(jié)果好的地方啊。
我們實(shí)驗室是自己測序的，都是用chromas自己分析測序結(jié)果的。

[ Last edited by thinka on 2011-7-6 at 09:44 ]

贊一下

回復(fù)此樓

4樓2011-07-05 10:50:48

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

shizishanshang

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

應(yīng)助: 72 (初中生)
金幣: 10570.4
帖子: 3882
在線: 1215.1小時
蟲號: 297159

引用回帖:

Originally posted by thinka at 2011-07-05 10:39:32:
肯定不是測序的問題。對于植物來說最大的可能是因為大的基因家族,也有可能是選擇性剪切.不知道你說得相似性是怎么算出來的,是SNP還是有插入或者確實(shí)的片段？做過blast沒有呢，可以試一下用clustalx或者seqman等比 ...

我是在NCBI上BLAST的了，通過BLASTN或者BLASTX都與已知的基因同源性比較高。我是用BLAST的里面的兩兩比較確定其相似性的。比如
Score =  663 bits (734),  Expect = 0.0
Identities = 705/936 (75%), Gaps = 23/936 (2%)
Strand=Plus/Plus

Query  1 GAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGT  60
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  23 GAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGT  82

Query  61 AATGAACTGGTGAATGAGCATTAAGATGACGGCAGTGTCACGCCAGCCAGTCCTGGAGAG  120
         ||| ||||| ||||| ||||| |  ||||| ||| | || | | ||||| || | |||
Sbjct  83 AATAAACTGATGAATAAGCATGAGTATGACAGCACTATCTCTGAATCCAGTTCTTGGGAG  142

Query  121  AAGTGAGAAGGCGTTGGAATGATTGAGGAGTTGATCGCCGAATGCCCAGTAGACGGCGGT  180
         | |||||| || |||| |||  | || || || || |||||||| || || || |
Sbjct  143  CAATGAGAAAGCATTGGCATGGGTAAGAAGCATGTCTCCAAATGCCCAATACACAGCAGA  202

Query  181  GGCTGAGGGAATTGTTAATGTGAAAACGTACAAGGTAGCAAACAGATATATGTACTTGAA  240
         || || || |  || || || || || || |  || || | ||  ||||| ||||||
Sbjct  203  AGCCGATGGCAAAGTCAAGGTTAATACATAAAGTGTCGCCATCAAGTATATCACCTTGAA  262

Query  241  CTTTTGAGGTTTCCACATGGCGTGCATAATCTCCACAGTAACAGCGTGGCCACCAAAAGT  300
         ||| || || |||||||| || ||||| ||||| || || ||||| || || ||||| ||
Sbjct  263  CTTCTGTGGCTTCCACATTGCATGCATGATCTCAACTGTGACAGCATGTCCCCCAAACGT  322

Query  301  GTACAGAATATTGGTAGCGCCAGTGAAGTACAGCACTAGCTTTGTCGGAGCCGAGTGTGA  360
         ||| ||||| || ||||| ||||||||||| || || |  || || ||  |||||||
Sbjct  323  GTAGAGAATGTTAGTAGCTCCAGTGAAGTAGAGAACCATTTTAGTTGGGCCCGAGTGCTT  382

Query  361  CACACCTTCAACCTGGCCATGTACAAGGGCGGCAATGGCCATATACCAGGCGGTGTAAGT  420
         ||| ||||||||||| ||||| |  ||||  || ||||  | |||||| || || |||||
Sbjct  383  CACTCCTTCAACCTGTCCATGAATTAGGGAAGCTATGGTTAAATACCATGCAGTATAAGT  442

Query  421  GGTCATGCCGAGGCCGAGAAAAGACCAGATTCGGTAGTTATGAAAGGAAGGGATGAACAC  480
         ||||| ||||| | ||| ||||| |||| ||||||||| || || || || |||||
Sbjct  443  AGTCATCATAAGGCCAACAAATGACCAAATTCTGTAGTTATGGAATGAGGGAATAAACAC  502
或者，另外的對比后，
Score =  746 bits (826),  Expect = 0.0
Identities = 722/928 (78%), Gaps = 0/928 (0%)
Strand=Plus/Plus

Query  1 AGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGTAATGAAC  60
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2 AGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGTAATGAAC  61

Query  61 TGGTGAATGAGCATTAAGATGACGGCAGTGTCACGCCAGCCAGTCCTGGAGAGAAGTGAG  120
         || || ||||||||||| | ||| ||  |||| ||  || | ||| || ||| |
Sbjct  62 TGATGGATGAGCATTAAAACGACAGCCATGTCTCGGAAGGGTGATTTGGGGAAAAGGGCA  121

Query  121  AAGGCGTTGGAATGATTGAGGAGTTGATCGCCGAATGCCCAGTAGACGGCGGTGGCTGAG  180
         || |||||||| ||||| || || || || |||||||| ||||| || |  || |||
Sbjct  122  AAAGCGTTGGAGTGATTAAGAAGCATGTCCCCAAATGCCCAATAGACAGCTGATGCCGAG  181

Query  181  GGAATTGTTAATGTGAAAACGTACAAGGTAGCAAACAGATATATGTACTTGAACTTTTGA  240
         || | ||| | ||| ||||| || |  || || |  |  ||||||  ||||||||||||
Sbjct  182  GGCAGTGTCAGTGTCAAAACATAGAGAGTCGCCAGTAAGTATATGGCCTTGAACTTTTGG  241

Query  241  GGTTTCCACATGGCGTGCATAATCTCCACAGTAACAGCGTGGCCACCAAAAGTGTACAGA  300
         || |||||||| || ||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||||| |||
Sbjct  242  GGCTTCCACATAGCATGCATTATTTCCACAGTAACAGCATGTCCTCCAAATGTGTAGAGA  301

Query  301  ATATTGGTAGCGCCAGTGAAGTACAGCACTAGCTTTGTCGGAGCCGAGTGTGACACACCT  360
         || || || || || || || || | ||  ||||| || ||  | || |||  ||| |||
Sbjct  302  ATGTTTGTGGCTCCTGTAAAATATAACATCAGCTTGGTTGGGCCTGAATGTTTCACTCCT  361

Query  361  TCAACCTGGCCATGTACAAGGGCGGCAATGGCCATATACCAGGCGGTGTAAGTGGTCATG  420
         || ||||||||||| |  || || |||||||  | |||||| |  |||||||| |||||
Sbjct  362  TCCACCTGGCCATGGAGGAGAGCAGCAATGGTGAGATACCAAGACGTGTAAGTTGTCATC  421

Query  421  CCGAGGCCGAGAAAAGACCAGATTCGGTAGTTATGAAAGGAAGGGATGAACACAGTGGTG  480
         ||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||| ||||| || || ||
Sbjct  422  ACGAGGCCAAGAAAAGACCAAATTCTGTAGTTGTGAAATGAAGGAATGAAGACTGTAGTT  481

Query  481  GCACAGCAAGCACCAAAAATATAAGTCCATGTTCGCTTATCCAATCGGTCGTTGATGTAG  540
         ||||||||||| || || || |||||||| || | ||| |||| ||| || |||||
--------------------
不能上傳圖片，排列的很不齊啊。

我是用CDNA作模板的，還么有用DNA作模板擴(kuò)。

贊一下

回復(fù)此樓

5樓2011-07-05 17:19:12

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

shizishanshang

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

應(yīng)助: 72 (初中生)
金幣: 10570.4
帖子: 3882
在線: 1215.1小時
蟲號: 297159

看了幾個片段，頭痛啊，不知道該拿哪個去設(shè)計引物擴(kuò)全長。

另外哪位知道，什么樣的片段研究者才認(rèn)為是基因家族?基因家族又是怎么發(fā)現(xiàn)的呢？

贊一下

回復(fù)此樓

6樓2011-07-05 17:22:05

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

thinka

銅蟲 (著名寫手)

shizishanshang(金幣+3): 是基因家族，全長已經(jīng)得到，當(dāng)時測序的克隆少了，多的話可能不止4個，不過這已經(jīng)夠我頭暈的了，不知道怎么設(shè)計引物做定量PCR了 2011-10-04 15:17:00

引用回帖:

Originally posted by shizishanshang at 2011-07-05 17:19:12:
我是在NCBI上BLAST的了，通過BLASTN或者BLASTX都與已知的基因同源性比較高。我是用BLAST的里面的兩兩比較確定其相似性的。比如
Score = 663 bits (734), Expect = 0.0
Identities = 705/936 (75%), Gaps ...

這個應(yīng)該是基因家族了,不像是剪切.你可以把你同一對引物克隆的序列做個比對看看。

贊一下

回復(fù)此樓

7樓2011-07-06 09:28:32

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

thinka

銅蟲 (著名寫手)

引用回帖:

樓主啊，我把你自己的這兩條序列比對了下，他們是一樣的啊，只是你截的長度不同罷了，我不知道哪個是你的引物啊。

另外，你獲得的序列的物種和你你比出來的物種不是一個吧

如果你愿意可以把你所有測得的序列發(fā)給我看下，我不是做植物的。不會泄你的密。

[ Last edited by thinka on 2011-7-6 at 09:41 ]

贊一下

回復(fù)此樓

8樓2011-07-06 09:38:20

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主 shizishanshang 的主題更新

返回列表

普通表情龍兔虎貓高級回復(fù) (可上傳附件)

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 268求調(diào)劑 +3	簡單點(diǎn)0 2026-03-17	3/150	2026-03-17 23:15 by wangjihu
[基金申請] 被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了 +4	beefly 2026-03-14	4/200	2026-03-17 22:04 by 黃鳥于飛Chao
[考研] 考研求調(diào)劑 +3	橘頌. 2026-03-17	4/200	2026-03-17 21:43 by 有只貍奴
[考研] 085601材料工程專碩求調(diào)劑 +5	慕寒mio 2026-03-16	5/250	2026-03-17 21:31 by hmn_wj
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3	Eember. 2026-03-17	7/350	2026-03-17 20:20 by 花125533
[考研] 材料與化工求調(diào)劑 +6	為學(xué)666 2026-03-16	6/300	2026-03-17 20:15 by peike
[考研] 341求調(diào)劑 +5	搗蛋豬豬 2026-03-11	7/350	2026-03-17 19:09 by 搗蛋豬豬
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6	墨煜姒莘 2026-03-15	7/350	2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[基金申請] 今年的國基金是打分制嗎？ 50+3	zhanghaozhu 2026-03-14	3/150	2026-03-16 17:07 by 北京萊茵潤色
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +6	妮妮ninicgb 2026-03-15	9/450	2026-03-16 16:40 by houyaoxu
[考研] 22408總分284求調(diào)劑 +3	InAspic 2026-03-13	3/150	2026-03-15 11:10 by zhq0425
[基金申請] 有必要更換申報口嗎 20+3	fannyamoy 2026-03-11	3/150	2026-03-14 00:52 by zhanghaozhu
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4	快樂的香蕉 2026-03-11	4/200	2026-03-13 22:41 by JourneyLucky
[考研] 315求調(diào)劑 +9	小羊小羊_ 2026-03-11	10/500	2026-03-13 21:13 by SXNU李老師
[考研] 求調(diào)劑 +5	一定有學(xué)上- 2026-03-12	5/250	2026-03-13 18:31 by ms629
[考研] 310求調(diào)劑 +3	【上上簽】 2026-03-11	3/150	2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 工科278分求調(diào)劑 +5	周慢熱啊 2026-03-12	7/350	2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 314求調(diào)劑 +7	無懈可擊的巨人 2026-03-12	7/350	2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 工科調(diào)劑 +4	Jiang191123！ 2026-03-11	4/200	2026-03-13 15:15 by Miko19
[考研] 290求調(diào)劑 +3	ADT 2026-03-13	3/150	2026-03-13 10:19 by peike

24小時熱門版塊排行榜

[交流] 測序結(jié)果的疑問

» 收錄本帖的淘帖專輯推薦

» 猜你喜歡

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

» 搶金幣啦！回帖就可以得到: 查看全部散金貼

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

» 搶金幣啦！回帖就可以得到:

查看全部散金貼