 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1948 | 回復(fù): 7 | ||||
| 本帖產(chǎn)生 2 個(gè) BioEPI ，點(diǎn)擊這里進(jìn)行查看 | ||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||||
shizishanshang至尊木蟲 (職業(yè)作家)
|
[交流]
測(cè)序結(jié)果的疑問
|
|||
|
前面利用CODEHOPE設(shè)計(jì)了簡(jiǎn)并引物，克隆一個(gè)基因片段�，F(xiàn)在測(cè)序結(jié)果已經(jīng)出來，令我很疑惑。 割膠回收后連接PMD18載體后，涂平板，挑單菌過夜搖菌，之后提質(zhì)粒酶切，送去測(cè)序。 現(xiàn)在問題來了，同一個(gè)平板出來的克隆，測(cè)序結(jié)果不同，有80%左右的相似性。BLAST后都與相關(guān)基因具有比較高的同源性。 現(xiàn)在一共送去了11個(gè)克隆測(cè)序，目前粗粗看了一下至少有4個(gè)不同的片段，之間一般是具有80%左右的同源性。 請(qǐng)問這是怎么回事？基因家族？我要克隆的這個(gè)基因是具有基因家族的傳統(tǒng)的，擬南芥等植物里一般有4-8個(gè)基因家族是很正常的。 還是測(cè)序問題？ 令外問一個(gè)令我不解的問題，植物的基因組應(yīng)該是固定的吧，那么那么多基因家族，對(duì)應(yīng)的外顯子應(yīng)該不同，怎么能一一對(duì)應(yīng)基因組DNA呢？ 望大家解惑，謝謝！ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 經(jīng)驗(yàn) |
» 猜你喜歡
一志愿河北工業(yè)大學(xué)0817化工278分求調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
085601材料工程找調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
材料與化工272求調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
085600 286分 材料求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
南京大學(xué)化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有14人回復(fù)
-
一志愿北京工業(yè)大學(xué)，324分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
281求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
26申博自薦
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿哈爾濱工業(yè)大學(xué)材料與化工方向336分
已經(jīng)有10人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 請(qǐng)教一個(gè)關(guān)于測(cè)序結(jié)果的問題
已經(jīng)有19人回復(fù)
- PCR后測(cè)序，blast最高匹配度只有32%
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 中國高通量測(cè)序儀現(xiàn)狀調(diào)查
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 測(cè)序結(jié)果比對(duì)問題
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 關(guān)于酶切驗(yàn)證克隆的一點(diǎn)點(diǎn)小疑問！
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 克隆測(cè)序的問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 測(cè)序的問題
已經(jīng)有24人回復(fù)
- 【求助/交流】3'RACE 結(jié)果有問題～～～
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助/交流】克隆測(cè)序問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助/交流】基因測(cè)序結(jié)果分析問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
陜西理工大學(xué)資源與環(huán)境、材料化工方向部分調(diào)劑指標(biāo)-理工兼收
+1/190
-
耐熱氧化耐熱黃變效果好的聚醚多元醇制備的聚氨酯都有哪些潛在應(yīng)用領(lǐng)域？
+2/142
-
西南科大輻射防護(hù)材料課題組接收材料與化學(xué)背景碩士研究生
+3/104
-
【招聘】清北（濟(jì)南）生物科技招聘AI制藥研發(fā)計(jì)算人才
+1/90
-
宜春學(xué)院 藥學(xué)研究生調(diào)劑52人
+1/53
-
招收材料相關(guān)碩士研究生
+2/40
-
青島大學(xué)固態(tài)電池研究團(tuán)隊(duì)招收材料、化學(xué)、物理等方向博士研究生
+2/34
-
雙一流大學(xué)湘潭大學(xué)“化工過程模擬與強(qiáng)化”國家地方聯(lián)合工程研究中心招收博士生
+1/17
-
招收2026專業(yè)代碼08開頭學(xué)術(shù)型碩士研究生
+1/11
-
【博士招生】武漢科技大學(xué)招收材料、化工、環(huán)境、冶金類2026年“申請(qǐng)-考核”制博士生
+1/8
-
【博士招生】南京林業(yè)大學(xué)車輛工程課題組招收26年9月入學(xué)“申請(qǐng)-考核制”博士研究生
+1/8
-
同濟(jì)大學(xué)環(huán)境學(xué)院 肖倩特聘研究員課題組 招聘碩士/博士（長(zhǎng)期有效）
+1/6
-
博士招生 | 青島科技大學(xué)（高分子、化學(xué)、材料、力學(xué)、航天、機(jī)電工程、計(jì)算機(jī)仿真）
+1/5
-
長(zhǎng)沙理工大學(xué)食品與生物工程學(xué)院易翠平教授課題組招收調(diào)劑研究生
+1/4
-
211/雙一流石河子大學(xué)--電催化，CO2捕集和轉(zhuǎn)化
+1/4
-
本科西電通信初試310（11），求調(diào)劑，有讀博打算
+1/4
-
嶺南大學(xué)（香港）誠招Research Talent Hub人才（創(chuàng)新及科技基金研究人才庫）
+1/3
-
【博士招生】天津理工大學(xué)國家杰青王鐵課題組招收2026年博士研究生
+1/2
-
長(zhǎng)江師范學(xué)院化學(xué)化工學(xué)院2026年碩士研究生接收調(diào)劑的通知
+1/2
-
廣東唯一石化院�！Y源與環(huán)境專碩招生
+1/1
★ ★ ★ ★
shizishanshang(金幣+1):謝謝參與
silicare(金幣+3, EPI+1): 有一定道理 2011-07-05 12:13:39
shizishanshang(金幣+1): 恩，問了一下公司說測(cè)序肯定沒有問題，我的片段大約850bp，測(cè)通的 2011-07-05 17:23:19
shizishanshang(金幣+2): 已經(jīng)證明是基因家族，全長(zhǎng)已經(jīng)得到，既是做熒光定量不好設(shè)計(jì)引物了 2011-10-04 15:15:03
shizishanshang(金幣+1):謝謝參與
silicare(金幣+3, EPI+1): 有一定道理 2011-07-05 12:13:39
shizishanshang(金幣+1): 恩，問了一下公司說測(cè)序肯定沒有問題，我的片段大約850bp，測(cè)通的 2011-07-05 17:23:19
shizishanshang(金幣+2): 已經(jīng)證明是基因家族，全長(zhǎng)已經(jīng)得到，既是做熒光定量不好設(shè)計(jì)引物了 2011-10-04 15:15:03
|
測(cè)序?qū)Y(jié)果也是有較大影響的，并非樓上說的肯定不是測(cè)序的問題。 一般的測(cè)序儀在600以內(nèi)保證沒問題，800左右及以上就不準(zhǔn)確了，尤其是技術(shù)不過關(guān)的企業(yè)。 你通過兼并引物擴(kuò)出來的片段我感覺更多的像是基因家族的多個(gè)成員，畢竟他們有著相似度很高的保守區(qū)段，當(dāng)然也不排除其他的可能…… |
3樓2011-07-05 10:45:59
thinka
銅蟲 (著名寫手)
- BioEPI: 1
- 應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
- 金幣: 2614.5
- 帖子: 2781
- 在線: 112.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 916724
★ ★ ★ ★
shizishanshang(金幣+1):謝謝參與
silicare(金幣+3, EPI+1): 前提是PCR沒有突變 2011-07-05 12:12:51
shizishanshang(金幣+2): 謝謝啊，看著BLAST結(jié)果頭暈著呢 2011-07-05 17:22:40
shizishanshang(金幣+1):謝謝參與
silicare(金幣+3, EPI+1): 前提是PCR沒有突變 2011-07-05 12:12:51
shizishanshang(金幣+2): 謝謝啊，看著BLAST結(jié)果頭暈著呢 2011-07-05 17:22:40
|
肯定不是測(cè)序的問題。對(duì)于植物來說最大的可能是因?yàn)榇蟮幕蚣易?也有可能是選擇性剪切.不知道你說得相似性是怎么算出來的,是SNP還是有插入或者確實(shí)的片段？做過blast沒有呢，可以試一下用clustalx或者seqman等比一下看看。 怎么能一一對(duì)應(yīng)基因組DNA呢？這句話沒看明白你是什么意思，你是問如何去對(duì)應(yīng)還是已經(jīng)對(duì)應(yīng)了你不理解為什么？ 你可以通過比對(duì)基因組序列和mRNA序列來分析你這些序列所對(duì)應(yīng)的基因組的結(jié)構(gòu)的，這個(gè)可以幫助你確定他們是基因家族還是選剪以及是如何剪切的。植物的基因組有多倍體。 另外還有個(gè)問題，不知道的模板是DNA還是cDNA. |
2樓2011-07-05 10:39:32
thinka
銅蟲 (著名寫手)
- BioEPI: 1
- 應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
- 金幣: 2614.5
- 帖子: 2781
- 在線: 112.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 916724
4樓2011-07-05 10:50:48
shizishanshang
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
- 應(yīng)助: 72 (初中生)
- 金幣: 10570.4
- 帖子: 3882
- 在線: 1215.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 297159
|
我是在NCBI上BLAST的了，通過BLASTN或者BLASTX都與已知的基因同源性比較高。我是用BLAST的里面的兩兩比較確定其相似性的。比如 Score = 663 bits (734), Expect = 0.0 Identities = 705/936 (75%), Gaps = 23/936 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 GAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGT 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23 GAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGT 82 Query 61 AATGAACTGGTGAATGAGCATTAAGATGACGGCAGTGTCACGCCAGCCAGTCCTGGAGAG 120 ||| ||||| ||||| ||||| | ||||| ||| | || | | ||||| || | ||| Sbjct 83 AATAAACTGATGAATAAGCATGAGTATGACAGCACTATCTCTGAATCCAGTTCTTGGGAG 142 Query 121 AAGTGAGAAGGCGTTGGAATGATTGAGGAGTTGATCGCCGAATGCCCAGTAGACGGCGGT 180 | |||||| || |||| ||| | || || || || |||||||| || || || | Sbjct 143 CAATGAGAAAGCATTGGCATGGGTAAGAAGCATGTCTCCAAATGCCCAATACACAGCAGA 202 Query 181 GGCTGAGGGAATTGTTAATGTGAAAACGTACAAGGTAGCAAACAGATATATGTACTTGAA 240 || || || | || || || || || || | || || | || ||||| |||||| Sbjct 203 AGCCGATGGCAAAGTCAAGGTTAATACATAAAGTGTCGCCATCAAGTATATCACCTTGAA 262 Query 241 CTTTTGAGGTTTCCACATGGCGTGCATAATCTCCACAGTAACAGCGTGGCCACCAAAAGT 300 ||| || || |||||||| || ||||| ||||| || || ||||| || || ||||| || Sbjct 263 CTTCTGTGGCTTCCACATTGCATGCATGATCTCAACTGTGACAGCATGTCCCCCAAACGT 322 Query 301 GTACAGAATATTGGTAGCGCCAGTGAAGTACAGCACTAGCTTTGTCGGAGCCGAGTGTGA 360 ||| ||||| || ||||| ||||||||||| || || | || || || ||||||| Sbjct 323 GTAGAGAATGTTAGTAGCTCCAGTGAAGTAGAGAACCATTTTAGTTGGGCCCGAGTGCTT 382 Query 361 CACACCTTCAACCTGGCCATGTACAAGGGCGGCAATGGCCATATACCAGGCGGTGTAAGT 420 ||| ||||||||||| ||||| | |||| || |||| | |||||| || || ||||| Sbjct 383 CACTCCTTCAACCTGTCCATGAATTAGGGAAGCTATGGTTAAATACCATGCAGTATAAGT 442 Query 421 GGTCATGCCGAGGCCGAGAAAAGACCAGATTCGGTAGTTATGAAAGGAAGGGATGAACAC 480 ||||| ||||| | ||| ||||| |||| ||||||||| || || || || ||||| Sbjct 443 AGTCATCATAAGGCCAACAAATGACCAAATTCTGTAGTTATGGAATGAGGGAATAAACAC 502 或者，另外的對(duì)比后， Score = 746 bits (826), Expect = 0.0 Identities = 722/928 (78%), Gaps = 0/928 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 AGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGTAATGAAC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2 AGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGTAATGAAC 61 Query 61 TGGTGAATGAGCATTAAGATGACGGCAGTGTCACGCCAGCCAGTCCTGGAGAGAAGTGAG 120 || || ||||||||||| | ||| || |||| || || | ||| || ||| | Sbjct 62 TGATGGATGAGCATTAAAACGACAGCCATGTCTCGGAAGGGTGATTTGGGGAAAAGGGCA 121 Query 121 AAGGCGTTGGAATGATTGAGGAGTTGATCGCCGAATGCCCAGTAGACGGCGGTGGCTGAG 180 || |||||||| ||||| || || || || |||||||| ||||| || | || ||| Sbjct 122 AAAGCGTTGGAGTGATTAAGAAGCATGTCCCCAAATGCCCAATAGACAGCTGATGCCGAG 181 Query 181 GGAATTGTTAATGTGAAAACGTACAAGGTAGCAAACAGATATATGTACTTGAACTTTTGA 240 || | ||| | ||| ||||| || | || || | | |||||| |||||||||||| Sbjct 182 GGCAGTGTCAGTGTCAAAACATAGAGAGTCGCCAGTAAGTATATGGCCTTGAACTTTTGG 241 Query 241 GGTTTCCACATGGCGTGCATAATCTCCACAGTAACAGCGTGGCCACCAAAAGTGTACAGA 300 || |||||||| || ||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||||| ||| Sbjct 242 GGCTTCCACATAGCATGCATTATTTCCACAGTAACAGCATGTCCTCCAAATGTGTAGAGA 301 Query 301 ATATTGGTAGCGCCAGTGAAGTACAGCACTAGCTTTGTCGGAGCCGAGTGTGACACACCT 360 || || || || || || || || | || ||||| || || | || ||| ||| ||| Sbjct 302 ATGTTTGTGGCTCCTGTAAAATATAACATCAGCTTGGTTGGGCCTGAATGTTTCACTCCT 361 Query 361 TCAACCTGGCCATGTACAAGGGCGGCAATGGCCATATACCAGGCGGTGTAAGTGGTCATG 420 || ||||||||||| | || || ||||||| | |||||| | |||||||| ||||| Sbjct 362 TCCACCTGGCCATGGAGGAGAGCAGCAATGGTGAGATACCAAGACGTGTAAGTTGTCATC 421 Query 421 CCGAGGCCGAGAAAAGACCAGATTCGGTAGTTATGAAAGGAAGGGATGAACACAGTGGTG 480 ||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||| ||||| || || || Sbjct 422 ACGAGGCCAAGAAAAGACCAAATTCTGTAGTTGTGAAATGAAGGAATGAAGACTGTAGTT 481 Query 481 GCACAGCAAGCACCAAAAATATAAGTCCATGTTCGCTTATCCAATCGGTCGTTGATGTAG 540 ||||||||||| || || || |||||||| || | ||| |||| ||| || ||||| -------------------- 不能上傳圖片，排列的很不齊啊。 我是用CDNA作模板的，還么有用DNA作模板擴(kuò)。 |
5樓2011-07-05 17:19:12
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿北京工業(yè)大學(xué)，324分求調(diào)劑 +6 | 零八# 2026-03-28 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 300求調(diào)劑，材料科學(xué)英一數(shù)二 +10 | leaflight 2026-03-24 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 085600 材料與化工 329分求調(diào)劑 +14 | Mr. Z 2026-03-25 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué)354求調(diào)劑 +6 | 101次希望 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 初試270分 求調(diào)劑 +8 | 谷雨上岸 2026-03-23 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 好好讀書。 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑推薦 材料 304 +15 | 荷包蛋hyj 2026-03-26 | 15/750 |
|
|
|
[有機(jī)交流]
高溫高壓反應(yīng)求助
10+4
|
chibby 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 零八# 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 07化學(xué)280分求調(diào)劑 +10 | 722865 2026-03-23 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +17 | 顧九笙要謙虛 2026-03-24 | 23/1150 |
|
|
|
[考研] 085600，材料與化工321分調(diào)劑 +4 | 大饞小子 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 劉柯@ 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +8 | 匹克i 2026-03-23 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 總分322求生物學(xué)/生化與分子/生物信息學(xué)相關(guān)調(diào)劑 +5 | 星沉uu 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 081700 調(diào)劑 267分 +11 | 迷人的哈哈 2026-03-23 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 309求調(diào)劑 +4 | gajsj 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研經(jīng)歷 +6 | cccchenso 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研]
 085404電子信息284分求調(diào)劑
+4
|
13659058978 2026-03-24 | 4/200 |
|