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zemin_fang木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
蛋白進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建的序列選擇原則
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小弟最近在構(gòu)建蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)，由于是第一次構(gòu)建，有很多地方還不是很清楚，比如說(shuō)選擇蛋白序列的依據(jù)是什么，是blast以后選擇identity值高的，還是有其他原則？是否可以選擇最新的文獻(xiàn)里已經(jīng)構(gòu)建好的進(jìn)化樹(shù)，下載其序列，將我的序列插入其中，重新構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)？ 還望各位高手不吝賜教。 |
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jinbo7
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
山寨王
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2樓2011-07-14 09:21:08
zemin_fang
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3樓2011-07-14 21:03:11
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【答案】應(yīng)助回帖
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dhd997(金幣+2): 鼓勵(lì) 2011-07-15 10:32:23
zemin_fang(金幣+2): 謝謝幫助！ 2011-07-15 14:05:53
dhd997(金幣+2): 鼓勵(lì) 2011-07-15 10:32:23
zemin_fang(金幣+2): 謝謝幫助！ 2011-07-15 14:05:53
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很多軟件都可以做進(jìn)化樹(shù)的，只要是要求不是很高的進(jìn)化樹(shù)，只要把你的蛋白質(zhì)序列和已經(jīng)在NCBI上發(fā)表的序列下載下來(lái)，然后一起輸入軟件，自動(dòng)生成進(jìn)化樹(shù)，個(gè)蛋白之間的相似性高低并不重要啊，只有有高有低才能在進(jìn)化樹(shù)上體現(xiàn)出親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近啊，我原來(lái)只是多了一點(diǎn)，也不是特別清楚，上述建議僅供參考。 |
4樓2011-07-14 21:32:38
zhjia
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