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飛翔的詩人銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
根據(jù)已知序列，從相同菌種(菌株編號不同)中能PCR出目的基因嗎？
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| 本人目前要構(gòu)建一株產(chǎn)D-氨基�；傅墓こ叹�，從NCBI可以查到該酶的核酸序列，相應的產(chǎn)酶菌株是Alcaligenes faecalis DA1，但本實驗室沒有該菌株，而能買到的是Alcaligenes faecalis(ATCC 8750)，它也可以產(chǎn)D-氨基�；�，不過網(wǎng)上沒查到它的酶核酸序列。如果我按Alcaligenes faecalis DA1的酶核酸序列，設計引物，用Alcaligenes faecalis(ATCC 8750)的基因組DNA作模板，可不可以P出目的基因呢？Alcaligenes faecalis DA1中DA1是文獻作者的編號。 |
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2樓2011-08-08 17:29:34
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3樓2011-08-08 17:56:45
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4樓2011-08-09 16:23:34
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你可以先按照已經(jīng)報道的Alcaligenes faecalis DA1 D-氨基酰化酶編碼基因設計特異引物，進行PCR擴增，如果能擴增出來就沒有必要設計簡并引物的。如果沒有擴增出來的話再來考慮設計簡并引物。 你要表達Alcaligenes faecalis DA1D-氨基�；傅脑挘隙ㄒ劝袲-氨基�；妇幋a基因的全序列（包括起始密碼和終止密碼）擴增出來，可以把序列克隆到T-載體中長期保存，如果要構(gòu)建高產(chǎn)菌株的話，你同時要考慮載體上有沒有合適的啟動子，如果沒有的話，你可以把把D-氨基酰化酶的啟動子序列一起克隆到載體里面進行表達。 祝好運！ |
5樓2011-08-09 16:59:18
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送鮮花一朵
非常感謝，這樣我就放心了，不過由于查到的Alcaligenes faecalis DA1 D-氨基�；感蛄兄挥蠧DS區(qū)（只有一個報道的）， 這樣設計引物就沒得選擇，只能是從ATG開始的一段序列，以及終止密碼前的一段序列了（用軟件看這兩段引物得分都很低，可能不好P）。最后還想請教一下如何選擇載體，比如怎么判斷載體上有沒有合適的啟動子，我打算就用實驗室的PET 30a做表達，下面附上了我查到的目的序列，非常感謝！ FEATURES Location/Qualifiers source 1..1455 /organism="Alcaligenes faecalis" /mol_type="genomic DNA" /db_xref="taxon:511" CDS 1..1455 /EC_number="3.5.1.81" /note="DaaAF" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="D-aminoacylase" /protein_id="AAK15530.1" /db_xref="GI:13194736" /translation="MSQPDATPFDYILSGGTVIDGTNAPGRLADVGVRGDRIAAVGDLSASSARRRIDVAGKVVSPGFIDSHTHDDNYLLKHRDMTPKISQGVTTVVTGNCGISLAPLAHANPPAPLDLLDEGGSFRFARFSDYLEALRAAPPAVNAACMVGHSTLRAAVMPDLRREATADEIQAMQALADDALASGAIGISTGAFYPPAAHASTEEIIEVCRPLITHGGVYTHMRDEGEHIVQALEETFRIGRELDVPVVISHHKVMGKLNFGRSKETLALIEAAMASQDVSLDAYPYVAGSTMLKQDRVLLAGRTLITWCKPYPELSGRDLEEIAAERGKSKYDVVPELQPAGAIYFMMDEPDVQRILAFGPTMIGSDGLPHDERPHPRLWGTFPRVLGHYSRDLGLFPLETAVWKMTGLTAAKFGLAERGQVQPGYYADLVVFDPATVADSATFEHPTERAAGIHSVYVNGAAVWEDQSFTGQHAGRVLNRAGA" ORIGIN 1 atgtcccagc ccgacgccac cccgttcgac tacatacttt ccggcggcac cgtcatcgac 61 ggcacgaacg cgccaggccg gctcgccgac gtgggcgtgc ggggcgatcg gattgccgcc 121 gtcggcgacc tgagcgccag cagcgcccgc cggcgcatcg acgtggcggg aaaagtggtg 181 tctccgggct tcatcgactc gcacacgcat gacgacaact acctgctgaa acaccgcgac 241 atgacgccca agatctcgca gggcgtcacc accgtggtca cgggcaactg cggtatcagt 301 ctcgccccgc tggcgcacgc caatccgccc gcgccgctgg atctgctgga cgaaggcggc 361 tcgttccgct ttgcacgctt ctcggactac ctcgaagccc tgcgcgccgc gccgcctgcc 421 gtcaacgccg cctgcatggt gggccattcc accctgcgcg ccgccgtcat gcccgacttg 481 cggcgcgaag ccacggccga tgaaatccag gccatgcagg cgctggccga cgatgcgctg 541 gccagtggcg ccatcggcat ttccacaggc gccttctatc cgcccgccgc ccatgccagc 601 accgaggaaa tcatcgaagt ctgccgcccc ctgatcacgc atggcggcgt ctacgccacc 661 catatgcgcg atgagggcga acatatcgtc caggcgctgg aggagacctt ccgcatcggc 721 cgcgaactgg acgtgccggt cgttatctcg caccacaagg tcatgggcaa gctcaatttc 781 gggcgctcca aggaaacgct ggccttgatc gaggcggcca tggccagcca ggacgtatcg 841 ctggacgcct atccctacgt ggcgggctcc accatgctca agcaggaccg cgtcctgctt 901 gccggccgca cgcttatcac ctggtgcaag ccctatcccg aactgagcgg acgcgacctg 961 gaagaaatcg ccgccgagcg aggcaagtcc aagtacgacg tggtgcccga actgcagccc 1021 gccggcgcca tctacttcat gatggacgag cccgacgtgc agcgcatcct ggcgttcggc 1081 cccaccatga tcgggtccga tggcctgccc cacgacgagc gcccccaccc tcgcctgtgg 1141 ggaacgtttc cccgggtgct gggccactac tcgcgcgacc tgggcctgtt cccattggag 1201 accgcggtct ggaaaatgac cggcctgacc gccgccaaat tcggcctggc cgaacggggc 1261 caggtgcagc ccggctacta cgccgacctg gtggtcttcg acccggccac ggtggcggac 1321 tcggccacgt tcgagcatcc caccgagcgc gccgcgggca tccattcggt ctacgtcaac 1381 ggcgcggccg tctgggaaga ccagtcgttc actggccagc atgccggccg cgtcctcaac 1441 cgggccggag cctga |
6樓2011-08-10 15:41:40
ganchao1776
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7樓2014-11-11 13:58:41
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