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greenzhao木蟲 (小有名氣)
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[交流]
請教個問題16S rDNA 已有2人參與
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請問16S rDNA算不算是Protein-coding nucleotide sequence data? 多謝各位牛人了 |
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 【分子生物】EPI帖 |
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
西瓜(金幣+5, MolEPI+1): 回答很詳盡了 2011-08-13 15:53:04
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
西瓜(金幣+5, MolEPI+1): 回答很詳盡了 2011-08-13 15:53:04
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16SrRNA為核糖體的RNA的一個亞基，16SrDNA就是編碼該亞基的基因。一般鑒定菌種都要檢測16S rDNA，在細(xì)菌的16SrDNA中有多個區(qū)段保守性，根據(jù)這些保守區(qū)可以設(shè)計出細(xì)菌通用物，可以擴(kuò)增出所有細(xì)菌的16SrDNA片段，并且這些引物僅對細(xì)菌是特異性的，也就是說這些引物不會與非細(xì)菌的DNA互補(bǔ)，而細(xì)菌的16SrDNA可變區(qū)的差異可以用來區(qū)分不同的菌。因此，16SrDNA可以作為細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)分析最常用的系統(tǒng)進(jìn)化標(biāo)記分子。 而Protein-coding nucleotide sequence data往往用在MEGA軟件中，即用于建立進(jìn)化樹系統(tǒng)時出現(xiàn)，當(dāng)你引入很多不同菌種的核酸序列進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹建立時，它會問你是否是“Protein-coding nucleotide sequence data？”要選擇是，然后再一些簡單操作，進(jìn)化樹就建立完畢。 因此，得出以下結(jié)論： ①、16S rDNA是原核生物三個保守核算片段的保守片段，其對應(yīng)的16S rRNA由RNA聚合酶I合成； ②、可以用它構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹； ③、在蛋白質(zhì)編碼過程中，它起著重要作用，蛋白質(zhì)合成一共要核糖體大小亞基、mRNA、起始tRNA、3中起始因子和GTP，核糖體大小亞基是由對應(yīng)的DNA編碼的，當(dāng)然，16S rDNA是其中一種； 所以，16S rDNA當(dāng)然是編碼蛋白質(zhì)的一種核酸序列數(shù)據(jù)，因?yàn)樗诖笮『颂求w亞基的編碼中有作用，這也符合MEGA軟件中問你***是否是***的問題，其中系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建完后，他們之間的“距離”就是16S rDNA之間的差別。 |
3樓2011-08-13 14:13:47
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