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在路上ing銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助：酚氯仿抽提的DNA，吸光曲線峰值總是在270nm附近
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各位壇友，我用酚氯仿提的DNA，用NaNo DROP 1000 Spectrophotometer分光光度計檢測，其吸收曲線峰值總是在270nm附近，提示有明顯的苯酚污染！ 我用的酚是pH8.0左右的Tris飽和酚，抽吸的時候吸的是下層的苯酚，黃色的，未變質(zhì)。 我的操作習慣一般是用等體積酚抽一次，離心后取上清再用等體積氯仿異戊醇（24:1）抽提一次，然后用2倍體積無水乙醇或是1倍體積異丙醇沉淀，然后70%乙醇洗滌2-3次，結(jié)果總是如上所述，很糟糕。。。 先加1/2體積苯酚，然后不離心抽上清而是直接加1/2體積氯仿異戊醇（24:1）或者直接加入混好的25:24:1的商品化的酚氯仿異戊醇也試過了，結(jié)果基本同上。。。 加入有機溶劑后的混勻：之前我都是用轉(zhuǎn)速可調(diào)的漩渦振蕩器1300rpm混勻（之前看過一篇文獻，作者使用的是800rpm混勻，我在使用該轉(zhuǎn)速時，發(fā)現(xiàn)混勻效果并不理想--沒有出現(xiàn)有機相與水相混勻后呈現(xiàn)的乳狀渾濁液，我將轉(zhuǎn)速逐步上調(diào)后，發(fā)現(xiàn)1300rpm效果不錯）；后來還試過手搖顛倒混勻；最近由于擔心此驟與苯酚殘留有關(guān)，只是輕輕地翻轉(zhuǎn)EP管4-6次，每次翻轉(zhuǎn)都使兩相混勻成乳狀渾濁液了！結(jié)果我提出來的DNA的吸光曲線峰值仍然在270nm附近！ 最近兩次抽提我在加入有機溶劑后抽上清時特意只抽了2/3-3/4的上清，舍棄了相當一部分上清，結(jié)果仍然沒有改善！ 有網(wǎng)友曾說過對于苯酚殘留“多次 70% 乙醇洗滌也可以達到滿意的效果”，我也按照網(wǎng)友建議的手法洗滌的：離心--倒上清--再離心--抽出殘余上清，并且重復了該洗滌步驟2次。結(jié)果依舊。。。 提了很久了，一直是這樣，換試劑或者換人做也都試過，一直沒解決這個問題。。。 由于我是做一個方法比較，而酚氯仿純化是之前的研究者都一致采用的純化方法，我即使想給出我改進的其他純化方法也要先重復出前人的結(jié)果以供參照比較。在目前的這種情況下，苯酚殘留應該是明顯可見的，所以提取的純度肯定是不理想的。這種吸光曲線其核酸定量值肯定是不可信的。所以這個問題是不得不解決的！ 還請有經(jīng)驗的壇友給予指點，小生不勝感激！ PS：我用該方法提取的DNA經(jīng)分光光度計檢測，其260/280分布范圍很廣：1.38-2.07，一半以上分布在1.5-1.8； 260/230的分布范圍更寬：1-2.1都有。但是在吸收曲線峰值在270nm附近徘徊時，該比值有意義嘛？ 有網(wǎng)友還曾在帖子中寫道“甚至使用氯仿抽提一次就可以了”。這種方法我也嘗試過，效果不錯，大部分產(chǎn)物的吸光曲線峰值都是在260nm。只是有兩三個樣本的峰值在258或259nm處。只是心中仍有疑問：為什么大家公認的經(jīng)典的酚氯仿抽提純化到了我手上卻總是這種結(jié)果？難道真是RP問題？但是我自認為我RP不差啊，身邊的同學朋友也都這么認為>_< 附上我選取的幾張酚氯仿純化的DNA的吸光曲線照片。我的目的DNA含量不高（保存在20μl體系中，含量＜50ng/μl），所以曲線形狀不漂亮，各位壇友莫見笑>_< |
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4樓2011-11-10 11:49:48
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