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[交流] DGGE引物，real-time PCR引物和 clone library引物的轉(zhuǎn)化問題已有5人參與

DGGE引物，real-time PCR引物和clone library引物可以相互轉(zhuǎn)化著用嗎？
假如我從環(huán)境中提取出了總DNA后，我想主要做DGGE的，但是很多文獻(xiàn)只有real-time PCR引物和clone library引物，我可以那這些引物，直接接上GC夾來擴(kuò)展該基因嗎？

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1樓 2011-10-21 16:18:37

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老夏853

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這樣的基因組加上DGGE 的方法應(yīng)該是做多樣性的吧
這方面的文章很多啊
如果真像你說的文章很少我覺得克隆文庫的那個(gè)引物街上GC夾子應(yīng)該能用至于RTPCR的那個(gè)引物好像是探針什么的不大清楚

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2樓2011-10-21 23:56:52

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謝謝，不知道還有沒有其他好的建議？我想做一些功能基因

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3樓2011-10-23 10:50:12

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xiadongliang

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引用回帖:

1樓: Originally posted by 天鳥 at 2011-10-21 16:18:37:
DGGE引物，real-time PCR引物和clone library引物可以相互轉(zhuǎn)化著用嗎？
假如我從環(huán)境中提取出了總DNA后，我想主要做DGGE的，但是很多文獻(xiàn)只有real-time PCR引物和clone library引物，我可以那這些引物，直接接上 ...

DGGE的引物很普遍啊，沒有特別的。
細(xì)菌的采用16S rDNA V3區(qū)的引物338F和518R就可以了。細(xì)菌DGGE的文獻(xiàn)很多，一搜一大堆。

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4樓2011-10-25 09:23:44

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girlfisher

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1. DGGE的片斷長度一般小于600bp，常用的V3區(qū)引物擴(kuò)增片斷接近200bp，但是短片段造成分類信息不準(zhǔn)確，而且一般不能用于建樹。
2. clone文庫一般用于分析16S rDNA全長
3. 定量PCR產(chǎn)物片斷一般小于200bp
4. 只有DGGE用GC夾子，高GC含量導(dǎo)致測序失敗。

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5樓2011-10-25 10:14:47

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引用回帖:

4樓: Originally posted by xiadongliang at 2011-10-25 09:23:44:
DGGE的引物很普遍啊，沒有特別的。
細(xì)菌的采用16S rDNA V3區(qū)的引物338F和518R就可以了。細(xì)菌DGGE的文獻(xiàn)很多，一搜一大堆。

但是我想做功能基因的多樣性，不是做微生物的多樣性

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6樓2011-10-25 11:12:51

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xiadongliang

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那就在你特定基因的引物一端加上夾子，也沒有問題。
就是擴(kuò)增片段不要太長，小于500bp比較好。

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7樓2011-10-26 09:00:01

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在雨中

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引用回帖:

6樓: Originally posted by 天鳥 at 2011-10-25 11:12:51:
但是我想做功能基因的多樣性，不是做微生物的多樣性

那就找這種功能基因的引物序列，做PCR-DGGE嘛。文獻(xiàn)中應(yīng)該很多的呀。注意加GC夾子。其實(shí)不加GC夾子也可以做DGGE，但是跟帶GC夾子的引物PCR產(chǎn)物的DGGE圖譜有微小區(qū)別，條帶更彌散。建議還是加GC夾子到引物上。

[ Last edited by 在雨中 on 2011-10-26 at 11:55 ]

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8樓2011-10-26 11:54:01

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4樓回答比較全面,三引物不能不能通用.DGGE引物帶40bpGC夾子,其他兩引物沒有;三引物擴(kuò)增的目的片段區(qū)域不一致,序列也不相同,長度也不一致,反應(yīng)的條件及反應(yīng)體系都不一致.

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9樓2011-11-05 09:17:05

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