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niuxiaoqi721銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
過渡態(tài)消除虛頻
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| 過渡態(tài)收索出來以后，發(fā)現(xiàn)有兩個虛頻。一個一千多，一個一百多，怎樣才能消除小的那個，看到有人用要消除的虛頻*0.1-0.3加到原來的坐標(biāo)上，可是不知道具體操作步驟，這里請高人指導(dǎo)，越詳細越好。萬分感謝，還有就是本人使用的是Dmol |
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 過渡態(tài)計算 |
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【答案】應(yīng)助回帖
liliangfang(金幣+2): 多謝回帖交流 2012-02-21 11:07:04
| 差別大并不能說明有問題，關(guān)鍵是看優(yōu)化完了，是否滿足唯一虛頻，且其振動由反應(yīng)物指向產(chǎn)物。我覺得你完全可以試試TS optimization，坦率地說，消虛頻沒有什么特別好的方法，都是按照其振動方式微調(diào)原子位置，TS optimization也基本就是這個原理，所以說某種方法更準(zhǔn)確沒什么太多道理，而且，TS optimization還方便，過渡態(tài)的優(yōu)化還不比結(jié)構(gòu)優(yōu)化，后者是要把所有的虛頻模都消掉，而過渡態(tài)還得保留你需要的虛頻模，所以調(diào)整起來更麻煩。此外，過渡態(tài)結(jié)構(gòu)唯一嗎？算出來的唯一虛頻模的頻率是負1000波數(shù)，合理，如果稍微調(diào)整一下原子位置，變成負500波數(shù)也完全可能，按照我們目前判斷過渡態(tài)的依據(jù)，兩者都合理。 |
6樓2012-02-21 10:13:34
gongxd325
至尊木蟲 (文壇精英)
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2樓2012-02-20 13:50:40
xiaoboy185
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3樓2012-02-20 19:13:18
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
WDD880227(金幣+2): 感謝交流，有幫助 2012-02-21 08:37:09
WDD880227(金幣+2): 感謝交流，有幫助 2012-02-21 08:37:09
| 你有用過TS optimization嗎？這個功能就是解決你這個問題的，消除多余的虛頻模，原理和二樓說的小工具差不多，只不過在MS里面自動完成了。DMol3默認情況下會自動選擇頻率最低的模作為由反應(yīng)物指向產(chǎn)物的振動模，保留下來，而將其他的虛頻模優(yōu)化掉，當(dāng)然，你也可以自己添加Key words：Opt_TS_Mode，選擇需要保留的模，也就是你認為由反應(yīng)物指向產(chǎn)物的振動模，這個模可以不是頻率最低的模，譬如你提到的頻率是負幾十個波數(shù)的模。 |
4樓2012-02-20 22:47:47
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