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cfmzxf84木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
求助，已有PDB結(jié)構(gòu)的DS同源建模步驟，謝謝
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求助，我想用DS同源建模，已有多個(gè)PDB模板可以用，請(qǐng)教怎么操作呢？ 網(wǎng)上的教程基本上都是需要n95，或者90數(shù)據(jù)庫(kù)，從網(wǎng)上download結(jié)構(gòu)。 我有自己的模版，因此改變了一些步驟來(lái)做，但是一直不成功，求指導(dǎo)。謝謝 |
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ghs25372216
禁蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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9樓2012-05-18 21:37:04
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2012-03-17 19:49:58
cfmzxf84: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝 2012-03-18 00:16:03
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2012-03-17 19:49:58
cfmzxf84: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝 2012-03-18 00:16:03
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首先把你要建模的目標(biāo)序列編譯成fasta文件 然后打開(kāi)編好的fasta文件接著打開(kāi)你要當(dāng)做模板的pdb文件 接下來(lái)在protocol里找到align sequence to template模塊，分別放入你的序列文件和pdb文件，修改相應(yīng)參數(shù) 計(jì)算完成后打開(kāi)運(yùn)行結(jié)果然后運(yùn)行build homology modle放入相應(yīng)的文件進(jìn)行運(yùn)算就ok了。 |
2樓2012-03-17 19:43:10
cfmzxf84
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 5003.4
- 散金: 822
- 紅花: 1
- 帖子: 908
- 在線: 328.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 814536
- 注冊(cè): 2009-07-23
- 專業(yè): 化學(xué)環(huán)境污染與健康
3樓2012-03-18 00:17:52
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2012-03-18 08:39:31
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2012-03-18 08:39:31
| 你說(shuō)的應(yīng)該是要做對(duì)接吧？sybyl的我沒(méi)用過(guò)，不太知道。ds也可以做，可以通過(guò)libdock，ligandfit，cdocker還有flexible docking達(dá)到你的目的。你把幾種對(duì)接算法都試一下找一個(gè)最合適的用就行，對(duì)接不一定都會(huì)出結(jié)果的，沒(méi)有結(jié)果的時(shí)候就對(duì)相關(guān)參數(shù)進(jìn)行微調(diào)，說(shuō)白了模擬和對(duì)接這東西都很虛的，能解釋實(shí)際實(shí)驗(yàn)現(xiàn)象就行了。 |
4樓2012-03-18 08:10:05
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