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cfmzxf84木蟲 (正式寫手)
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[求助]
求助，已有PDB結(jié)構(gòu)的DS同源建模步驟，謝謝
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求助，我想用DS同源建模，已有多個(gè)PDB模板可以用，請教怎么操作呢？ 網(wǎng)上的教程基本上都是需要n95，或者90數(shù)據(jù)庫，從網(wǎng)上download結(jié)構(gòu)。 我有自己的模版，因此改變了一些步驟來做，但是一直不成功，求指導(dǎo)。謝謝 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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cfmzxf84: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝 2012-03-18 00:16:03
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cfmzxf84: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝 2012-03-18 00:16:03
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首先把你要建模的目標(biāo)序列編譯成fasta文件 然后打開編好的fasta文件接著打開你要當(dāng)做模板的pdb文件 接下來在protocol里找到align sequence to template模塊，分別放入你的序列文件和pdb文件，修改相應(yīng)參數(shù) 計(jì)算完成后打開運(yùn)行結(jié)果然后運(yùn)行build homology modle放入相應(yīng)的文件進(jìn)行運(yùn)算就ok了。 |
2樓2012-03-17 19:43:10
cfmzxf84
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3樓2012-03-18 00:17:52
【答案】應(yīng)助回帖
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jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2012-03-18 08:39:31
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2012-03-18 08:39:31
| 你說的應(yīng)該是要做對(duì)接吧？sybyl的我沒用過，不太知道。ds也可以做，可以通過libdock，ligandfit，cdocker還有flexible docking達(dá)到你的目的。你把幾種對(duì)接算法都試一下找一個(gè)最合適的用就行，對(duì)接不一定都會(huì)出結(jié)果的，沒有結(jié)果的時(shí)候就對(duì)相關(guān)參數(shù)進(jìn)行微調(diào)，說白了模擬和對(duì)接這東西都很虛的，能解釋實(shí)際實(shí)驗(yàn)現(xiàn)象就行了。 |
4樓2012-03-18 08:10:05
cfmzxf84
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5樓2012-03-18 09:09:40
huang0106
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6樓2012-03-18 16:39:20
郝明
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【答案】應(yīng)助回帖
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cfmzxf84: 金幣+8, ★有幫助, 嗯，但是對(duì)接結(jié)果一直不好，所以想是不是因?yàn)闅埢缓侠砼まD(zhuǎn)了，但是不知道怎么檢查 2012-03-20 09:09:49
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cfmzxf84: 金幣+8, ★有幫助, 嗯，但是對(duì)接結(jié)果一直不好，所以想是不是因?yàn)闅埢缓侠砼まD(zhuǎn)了，但是不知道怎么檢查 2012-03-20 09:09:49
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在sybyl中做配體對(duì)接用ligand docking 選中結(jié)合點(diǎn)處的那幾個(gè)氨基酸 generate產(chǎn)生位點(diǎn)后 點(diǎn)你的配體對(duì)接到那個(gè)結(jié)合點(diǎn)就可以了 |
7樓2012-03-20 08:31:56
cfmzxf84
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8樓2012-03-20 09:09:13
ghs25372216
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9樓2012-05-18 21:37:04
ghs25372216
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10樓2012-05-18 21:37:17
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