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fj906銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
游離水加氫問題
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| 請問各位有經(jīng)驗的人們:由于晶體中的游離水的氫無法加上,導(dǎo)致A.B類錯誤的產(chǎn)生,審稿人讓解釋其原因。我嘗試通過增大鬼峰以及wingx都無法將氫加上。請問各位我該如果回答審稿人的問題呢?有沒有可參考的英文回復(fù)呢?這樣可以消除他們的疑問,謝謝。 |
單晶解析 | 單晶解析問題集錦 |
金蟲 (小有名氣)

金蟲 (小有名氣)
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論壇里摘錄下來的方法: 處理水上H的一個小技巧 通常有機(jī)骨架上的C和N以及羥基(-OH)上的H都可以利用幾何加氫的方法來處理,但是水分子上的氫卻不能這樣做。 在晶體學(xué)數(shù)據(jù)比較好的情況下,水分子的H原子在殘余峰上還是有跡可循的。通常需要考慮兩方面的因素: 1)H-O-H的鍵長和鍵角(個人認(rèn)為鍵長應(yīng)在0.65-1.15之間,鍵角在95-115之間); 2)氫鍵,水分子的H應(yīng)位于能形成合適的氫鍵位置上,而不是隨意的位置。 基于以上兩點考慮,在用SHELXTL程序精修時,在主體骨架都確定之后把殘余峰的數(shù)量改為50,甚至更大(PLAN 50),然后在O周圍的殘余峰中仔細(xì)辨認(rèn),把位置合適的殘余峰定為H。 從殘余峰中得到H原子,鍵長一般不是理想的鍵長,而且位置在經(jīng)修過程可能會發(fā)生改變,為了解決這些問題,我們可以這樣來做。 在精修以前打開*.ins文件,找到先前確定的H原子,如: H1 x1 y1 z1 11.0000 0.05 H2 x2 y2 z2 11.0000 0.05 加入 AFIX 3的指令可以把找到的H固定,同時把H的溫度因子固定為父原子的1.2倍。改為如下: AFIX 3 H1 x1 y1 z1 11.0000 -1.2000 H2 x2 y2 z2 11.0000 -1.2000 AFIX 0 改完保存之后再做精修。(解決H原子位置變化的問題) H-O的鍵長,可以在xp界面下用himp指令來解決。 運(yùn)行xp時,在file之前運(yùn)行一次HIMP,就可以把H-O調(diào)整為理想的0.85A。 這樣就基本上可以得到較好的水分子的H原子了。 此外還可以通過WinGX程序包中的CACL-OH來計算水上的H原子。 如果以上兩種方法都得不到較好的H原子,建議放棄加氫,因為并不一定每個結(jié)構(gòu)中的水分子的氫都能確定,雖然理論存在可能性。 |

木蟲 (正式寫手)
銀蟲 (小有名氣)
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屌絲

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