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小木蟲論壇-學(xué)術(shù)科研互動平臺 » 材料區(qū) » 晶體 » CIF專欄 » 游離水加氫問題
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fj906銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
游離水加氫問題
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| 請問各位有經(jīng)驗的人們：由于晶體中的游離水的氫無法加上，導(dǎo)致A.B類錯誤的產(chǎn)生，審稿人讓解釋其原因。我嘗試通過增大鬼峰以及ｗｉｎｇｘ都無法將氫加上。請問各位我該如果回答審稿人的問題呢？有沒有可參考的英文回復(fù)呢？這樣可以消除他們的疑問，謝謝。 |
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sea6002
木蟲 (正式寫手)
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4樓2012-03-23 21:58:20
dong.fy
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2樓2012-03-23 21:42:37
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lichun1210: 金幣+1, 感謝回帖交流~ 2012-03-23 23:29:48
lichun1210: 金幣+1, 感謝回帖交流~ 2012-03-23 23:29:48
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論壇里摘錄下來的方法： 處理水上H的一個小技巧 通常有機骨架上的C和N以及羥基（-OH）上的H都可以利用幾何加氫的方法來處理，但是水分子上的氫卻不能這樣做。 在晶體學(xué)數(shù)據(jù)比較好的情況下，水分子的H原子在殘余峰上還是有跡可循的。通常需要考慮兩方面的因素： 1）H-O-H的鍵長和鍵角（個人認(rèn)為鍵長應(yīng)在0.65-1.15之間，鍵角在95-115之間）； 2）氫鍵，水分子的H應(yīng)位于能形成合適的氫鍵位置上，而不是隨意的位置。 基于以上兩點考慮，在用SHELXTL程序精修時，在主體骨架都確定之后把殘余峰的數(shù)量改為50，甚至更大（PLAN 50）,然后在O周圍的殘余峰中仔細(xì)辨認(rèn)，把位置合適的殘余峰定為H。 從殘余峰中得到H原子，鍵長一般不是理想的鍵長，而且位置在經(jīng)修過程可能會發(fā)生改變，為了解決這些問題，我們可以這樣來做。 在精修以前打開*.ins文件，找到先前確定的H原子，如： H1 x1 y1 z1 11.0000 0.05 H2 x2 y2 z2 11.0000 0.05 加入 AFIX 3的指令可以把找到的H固定，同時把H的溫度因子固定為父原子的1.2倍。改為如下： AFIX 3 H1 x1 y1 z1 11.0000 -1.2000 H2 x2 y2 z2 11.0000 -1.2000 AFIX 0 改完保存之后再做精修。（解決H原子位置變化的問題） H-O的鍵長，可以在xp界面下用himp指令來解決。 運行xp時，在file之前運行一次HIMP，就可以把H－O調(diào)整為理想的0.85A。 這樣就基本上可以得到較好的水分子的H原子了。 此外還可以通過WinGX程序包中的CACL-OH來計算水上的H原子。 如果以上兩種方法都得不到較好的H原子，建議放棄加氫，因為并不一定每個結(jié)構(gòu)中的水分子的氫都能確定，雖然理論存在可能性。 |
3樓2012-03-23 21:44:37
fj906
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5樓2012-03-26 15:20:32
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