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mjzjily銅蟲 (初入文壇)
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關(guān)于基因構(gòu)建中開放閱讀框架的若干問題
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Sample Text 我剛接觸分子生物學(xué)不久，現(xiàn)在做基因構(gòu)建的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。在閱讀文獻(xiàn)時(shí)，對(duì)開放閱讀框架產(chǎn)生了一些疑問，請(qǐng)各路高手多多指導(dǎo)了： 1. 我看到一些原核生物基因的ORF，有一部分包含在目的基因的序列中，也有一部分甚至在該基因啟動(dòng)子保守序列的上游。因此，如果要獲得ORF片段的話，我應(yīng)該如何知道哪些片段序列是ORF？只靠預(yù)測(cè)軟件嗎？ 2. 在原核生物的基因構(gòu)建時(shí)，是不是只要將獲得的目的基因片段連入載體，就可以了？還需要考慮開放閱讀框架嗎？若只構(gòu)建目的基因，不考慮ORF，會(huì)不會(huì)影響基因的表達(dá)？ 3. 此外，每個(gè)基因都有一個(gè)ORF嗎？可以不含有ORF？Sample TextSample Text |
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mjzjily
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  謝謝指導(dǎo)了。還有對(duì)于ORF的長(zhǎng)度，我也有些疑惑。我查了很多有關(guān)原核orf的資料。我的理解是這樣的。您看看是否有錯(cuò)？1.全長(zhǎng)ORF：是指只含有編碼一個(gè)全長(zhǎng)蛋白質(zhì)的序列，也就是指我們平時(shí)從網(wǎng)上查到滴目的基因的序列（從起始密碼到終止密碼）。是這樣嗎？ 2.ORF：網(wǎng)上查到說，基因中的ORF包含并位于開始編碼與終止編碼之間。那就是說，ORF是完全包含在全長(zhǎng)ORF（目的基因序列）中的嗎？還是說，ORF中有一部分是目的基因序列，另一部分是目的基因上游的序列，包括啟動(dòng)子，甚至啟動(dòng)子更上游的序列？ 3.基因構(gòu)建時(shí)，要如何考慮ORF的情況，以防止閱讀框架的改變？如果只克隆全長(zhǎng)orf，再連入表達(dá)載體，會(huì)不會(huì)有閱讀框架改變的可能？還是說一定要把ORF區(qū)連同目的基因一起構(gòu)建入表達(dá)載體才行？ 謝謝啦~~？ |
3樓2012-04-09 16:50:10
lxj341401
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【答案】應(yīng)助回帖
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西瓜: 金幣+5, MolEPI+1, 專家考核, Good！辛苦~ 2012-04-08 16:56:03
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西瓜: 金幣+5, MolEPI+1, 專家考核, Good！辛苦~ 2012-04-08 16:56:03
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ORF（open reading frame，開放閱讀框)是DNA上的一段堿基序列，由于擁有特殊的起始密碼子和直到可以從該段堿基序列產(chǎn)生合適大小蛋白才出現(xiàn)的終止密碼子，該段堿基序列編碼一個(gè)蛋白。ORF的識(shí)別是證明一個(gè)新的DNA序列為特定的蛋白質(zhì)編碼基因的部分或全部的先決條件。 1、片段序列是否ORF，自己用眼睛看太辛苦，用軟件預(yù)測(cè)方便快捷，很多生物軟件都能預(yù)測(cè)的，也有在線預(yù)測(cè)工具。 2、在原核生物的基因構(gòu)建時(shí)，要考慮開放閱讀框架的，否則影響基因的表達(dá)，出現(xiàn)提前蛋白表達(dá)不準(zhǔn)確或不能表達(dá)的情況。 3、每個(gè)結(jié)構(gòu)基因都有相應(yīng)的每個(gè)基因ORF，編碼RNA的基因一般沒有ORF。 |
2樓2012-04-08 11:19:05
lxj341401
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4樓2012-04-09 19:20:31
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以這張圖來看，TTG是起始密碼子，ORF區(qū)不僅包含了部分基因HDNO的編碼序列，還有部分起始密碼子上游的非編碼序列。所以，我如果要構(gòu)建該基因的表達(dá)載體，1. 是只要直接pcr得到起始密碼子至終止密碼子的目的基因片段，再連入表達(dá)載體？ 2. 還是想要將那些包含啟動(dòng)子在內(nèi)的非編碼區(qū)（起始密碼子之前的序列）和目的基因一起pcr下來，再連入表達(dá)載體？ 我不知道那種可能會(huì)引起閱讀框架的改變，如果是第二種方法的話，那如何確定那些非編碼區(qū)是必須的呢？用預(yù)測(cè)ORF的軟件可以嗎？ 謝謝啦~~ 圖例 |
5樓2012-04-09 20:00:31
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