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mjzjily銅蟲 (初入文壇)
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關(guān)于基因構(gòu)建中開放閱讀框架的若干問題
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Sample Text 我剛接觸分子生物學不久，現(xiàn)在做基因構(gòu)建的實驗設(shè)計。在閱讀文獻時，對開放閱讀框架產(chǎn)生了一些疑問，請各路高手多多指導了： 1. 我看到一些原核生物基因的ORF，有一部分包含在目的基因的序列中，也有一部分甚至在該基因啟動子保守序列的上游。因此，如果要獲得ORF片段的話，我應(yīng)該如何知道哪些片段序列是ORF？只靠預測軟件嗎？ 2. 在原核生物的基因構(gòu)建時，是不是只要將獲得的目的基因片段連入載體，就可以了？還需要考慮開放閱讀框架嗎？若只構(gòu)建目的基因，不考慮ORF，會不會影響基因的表達？ 3. 此外，每個基因都有一個ORF嗎？可以不含有ORF？Sample TextSample Text |
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 【分子生物】EPI帖 |
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mjzjily
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5樓2012-04-09 20:00:31
lxj341401
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西瓜: 金幣+5, MolEPI+1, 專家考核, Good！辛苦~ 2012-04-08 16:56:03
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西瓜: 金幣+5, MolEPI+1, 專家考核, Good！辛苦~ 2012-04-08 16:56:03
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ORF（open reading frame，開放閱讀框)是DNA上的一段堿基序列，由于擁有特殊的起始密碼子和直到可以從該段堿基序列產(chǎn)生合適大小蛋白才出現(xiàn)的終止密碼子，該段堿基序列編碼一個蛋白。ORF的識別是證明一個新的DNA序列為特定的蛋白質(zhì)編碼基因的部分或全部的先決條件。 1、片段序列是否ORF，自己用眼睛看太辛苦，用軟件預測方便快捷，很多生物軟件都能預測的，也有在線預測工具。 2、在原核生物的基因構(gòu)建時，要考慮開放閱讀框架的，否則影響基因的表達，出現(xiàn)提前蛋白表達不準確或不能表達的情況。 3、每個結(jié)構(gòu)基因都有相應(yīng)的每個基因ORF，編碼RNA的基因一般沒有ORF。 |
2樓2012-04-08 11:19:05
mjzjily
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  謝謝指導了。還有對于ORF的長度，我也有些疑惑。我查了很多有關(guān)原核orf的資料。我的理解是這樣的。您看看是否有錯？1.全長ORF：是指只含有編碼一個全長蛋白質(zhì)的序列，也就是指我們平時從網(wǎng)上查到滴目的基因的序列（從起始密碼到終止密碼）。是這樣嗎？ 2.ORF：網(wǎng)上查到說，基因中的ORF包含并位于開始編碼與終止編碼之間。那就是說，ORF是完全包含在全長ORF（目的基因序列）中的嗎？還是說，ORF中有一部分是目的基因序列，另一部分是目的基因上游的序列，包括啟動子，甚至啟動子更上游的序列？ 3.基因構(gòu)建時，要如何考慮ORF的情況，以防止閱讀框架的改變？如果只克隆全長orf，再連入表達載體，會不會有閱讀框架改變的可能？還是說一定要把ORF區(qū)連同目的基因一起構(gòu)建入表達載體才行？ 謝謝啦~~？ |
3樓2012-04-09 16:50:10
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