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zxy964777869銅蟲 (正式寫手)
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[求助]
There was 1 error in input file(s)在gromacs中是什么錯誤？
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由于剛學(xué)GMX，按照一個教程上的步驟模擬納米管的水輸運(yùn)行為，我做的步驟如下： 第一步：由MS建立（6,6）144碳納米管，之后用gaussian轉(zhuǎn)換為pdb文件格式。 第二步：在gmxl力場文件中建立了n2t文件，指定納米管的成鍵，并在ffbon.itp文件中添加了碳納米管的一系列成鍵參數(shù)。 第三步：用g_x2top -f cnt.pdb -o swnt_6_6_144.top -ff gmx 生成top文件。 第三步：建立盒子，生成gro文件，命令為：editconf -f cnt.pdb -o cnt.gro -c -box a b c 第四步：加水genbox -cp cnt.gro -cs -o swnt_6_6_144_b4em.gro -p swnt_6_6_144.top 第五步：grompp -f em.mdp -c swnt_6_6_144_b4em.gro -p swnt_6_6_144.top -o index 在此出現(xiàn)錯誤，信息如下： processing coordinates... Warning: atom name 1 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (1 - C) Warning: atom name 2 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (2 - C) Warning: atom name 3 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (3 - C) Warning: atom name 4 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (4 - C) Warning: atom name 5 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (5 - C) Warning: atom name 6 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (6 - C) Warning: atom name 7 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (7 - C) Warning: atom name 8 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (8 - C) Warning: atom name 9 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (9 - C) Warning: atom name 10 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (10 - C) Warning: atom name 11 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (11 - C) Warning: atom name 12 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (12 - C) Warning: atom name 13 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (13 - C) Warning: atom name 14 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (14 - C) Warning: atom name 15 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (15 - C) Warning: atom name 16 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (16 - C) Warning: atom name 17 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (17 - C) Warning: atom name 18 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (18 - C) Warning: atom name 19 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (19 - C) Warning: atom name 20 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (20 - C) (more than 20 non-matching atom names) WARNING 1 [file SWNT_6_6_144.top, line 1537]: 144 non-matching atom names atom names from SWNT_6_6_144.top will be used atom names from SWNT_6_6_144_b4em.gro will be ignored double-checking input for internal consistency... There was 1 note There was 1 warning ------------------------------------------------------- Program grompp, VERSION 4.5.5 Source code file: grompp.c, line: 1372 Fatal error: There was 1 error in input file(s) For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors ------------------------------------------------------- 不知錯誤如何解決，若能解決，不勝感激，附上gro和top文件以及mdp文件。 |
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- 附件 2 : SWNT_6_6_144.top
- 附件 3 : em.mdp
2012-05-20 15:41:54, 137.02 K
2012-05-20 15:41:57, 90.71 K
2012-05-20 15:42:01, 1.1 K
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【答案】應(yīng)助回帖
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這個警告的意思是說你的坐標(biāo)文件（gro）中的原子名稱和拓?fù)湮募╰op）中的原子名稱不一致，模擬將會使用拓?fù)湮募械拿Q。 你仔細(xì)檢查你的坐標(biāo)文件中的原子順序與拓?fù)湮募欠褚灰粚?yīng)，如果是對應(yīng)，而且你讓這些原子的名字按照拓?fù)渲械拿謥恚@個警告可以忽略不管！ 你的這個警告可以忽略 只是有2點兒不明： 1、為何你的gro文件中的resid 從0開始？我模擬的一般都是從1開始 2、為何你的gro文件中碳納米管沒有 resname ? [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-5-20 at 16:15 ] |
2樓2012-05-20 16:02:24
zxy964777869
銅蟲 (正式寫手)
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