[求助] There was 1 error in input file(s)在gromacs中是什么錯(cuò)誤？

由于剛學(xué)GMX，按照一個(gè)教程上的步驟模擬納米管的水輸運(yùn)行為，我做的步驟如下：
第一步：由MS建立（6,6）144碳納米管，之后用gaussian轉(zhuǎn)換為pdb文件格式。
第二步：在gmxl力場(chǎng)文件中建立了n2t文件，指定納米管的成鍵，并在ffbon.itp文件中添加了碳納米管的一系列成鍵參數(shù)。
第三步：用g_x2top -f cnt.pdb -o swnt_6_6_144.top -ff gmx 生成top文件。
第三步：建立盒子，生成gro文件，命令為：editconf -f cnt.pdb -o cnt.gro -c -box a b c
第四步：加水genbox -cp cnt.gro -cs -o swnt_6_6_144_b4em.gro -p swnt_6_6_144.top
第五步：grompp -f em.mdp -c swnt_6_6_144_b4em.gro -p swnt_6_6_144.top -o index
在此出現(xiàn)錯(cuò)誤，信息如下：
processing coordinates...
Warning: atom name 1 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (1 - C)
Warning: atom name 2 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (2 - C)
Warning: atom name 3 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (3 - C)
Warning: atom name 4 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (4 - C)
Warning: atom name 5 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (5 - C)
Warning: atom name 6 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (6 - C)
Warning: atom name 7 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (7 - C)
Warning: atom name 8 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (8 - C)
Warning: atom name 9 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (9 - C)
Warning: atom name 10 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (10 - C)
Warning: atom name 11 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (11 - C)
Warning: atom name 12 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (12 - C)
Warning: atom name 13 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (13 - C)
Warning: atom name 14 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (14 - C)
Warning: atom name 15 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (15 - C)
Warning: atom name 16 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (16 - C)
Warning: atom name 17 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (17 - C)
Warning: atom name 18 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (18 - C)
Warning: atom name 19 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (19 - C)
Warning: atom name 20 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (20 - C)
(more than 20 non-matching atom names)

WARNING 1 [file SWNT_6_6_144.top, line 1537]:
  144 non-matching atom names
  atom names from SWNT_6_6_144.top will be used
  atom names from SWNT_6_6_144_b4em.gro will be ignored

double-checking input for internal consistency...

There was 1 note

There was 1 warning

-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.5
Source code file: grompp.c, line: 1372

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
不知錯(cuò)誤如何解決，若能解決，不勝感激，附上gro和top文件以及mdp文件。

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附件 1 : SWNT_6_6_144_b4em.gro

2012-05-20 15:41:54, 137.02 K

附件 2 : SWNT_6_6_144.top

2012-05-20 15:41:57, 90.71 K

附件 3 : em.mdp

2012-05-20 15:42:01, 1.1 K

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【求助】這是我安裝gromacs過程，但是出錯(cuò)阿，這個(gè)怎么辦呢？謝謝已經(jīng)有11人回復(fù)

1樓 2012-05-20 15:42:20

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jiaoyixiong

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這個(gè)警告的意思是說你的坐標(biāo)文件（gro）中的原子名稱和拓?fù)湮募╰op）中的原子名稱不一致，模擬將會(huì)使用拓?fù)湮募械拿Q。
你仔細(xì)檢查你的坐標(biāo)文件中的原子順序與拓?fù)湮募欠褚灰粚?duì)應(yīng)，如果是對(duì)應(yīng)，而且你讓這些原子的名字按照拓?fù)渲械拿謥恚@個(gè)警告可以忽略不管！

你的這個(gè)警告可以忽略

只是有2點(diǎn)兒不明：
1、為何你的gro文件中的resid 從0開始？我模擬的一般都是從1開始
2、為何你的gro文件中碳納米管沒有 resname ?

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-5-20 at 16:15 ]

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2樓2012-05-20 16:02:24

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zxy964777869

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2樓: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-20 16:02:24:
這個(gè)警告的意思是說你的坐標(biāo)文件（gro）中的原子名稱和拓?fù)湮募╰op）中的原子名稱不一致，模擬將會(huì)使用拓?fù)湮募械拿Q。
你仔細(xì)檢查你的坐標(biāo)文件中的原子順序與拓?fù)湮募欠褚灰粚?duì)應(yīng)，如果是對(duì)應(yīng)，而且你讓這 ...

十分感謝你的應(yīng)答，這兩點(diǎn)我也不是很清楚，我對(duì)從gauss得到的pdb坐標(biāo)文件，直接用editconf命令將其轉(zhuǎn)換到gro文件，gro文件的第一列就全是0.
我想問下:resid和resname通過編程隨便指定一個(gè)力場(chǎng)可識(shí)別的residue name，對(duì)結(jié)果會(huì)不會(huì)有影響？必須得在力場(chǎng)中的那個(gè)rtp文件中找到相應(yīng)的residue并添加上C原子么？

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3樓2012-05-20 16:50:32

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