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[求助] PAGE跑PCR產(chǎn)物總是有問(wèn)題~~

我PCR出一段具有高度變異性的片段，類似于16s rDNA，長(zhǎng)度分別為250bp(+-20bp)及 186bp(+-20bp),PCR產(chǎn)物跑1.5%瓊脂糖沒(méi)有任何問(wèn)題，但是分辨率不高，因此想跑PAGE膠查看下是否正確，但是PAGE膠跑出來(lái)卻是如下，很奇怪很奇怪，這尾巴拉的太長(zhǎng)了吧。PAGE條件是70V，1.5h，8%膠。
下面是2個(gè)PAGE圖：

但是跑瓊脂糖電泳就沒(méi)有問(wèn)題，下面是瓊脂糖膠：

[ Last edited by yuyitt on 2012-5-28 at 20:54 ]

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1樓 2012-05-28 20:53:13

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西瓜: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2012-05-28 21:59:08

你用什么染得色？PAGE膠的銀染效果有沒(méi)有試過(guò)？

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2樓2012-05-28 21:14:11

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你用什么染得色？PAGE膠的銀染效果有沒(méi)有試過(guò)？

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3樓2012-05-28 21:16:14

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西瓜: 回帖置頂 2012-05-28 21:59:20

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2樓: Originally posted by cxb-abc at 2012-05-28 21:14:11
你用什么染得色？PAGE膠的銀染效果有沒(méi)有試過(guò)？

sybr green I染色的。
關(guān)鍵是，marker沒(méi)有任何問(wèn)題，沒(méi)有一點(diǎn)拖尾，但是PCR產(chǎn)物就有拖尾，很奇怪

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4樓2012-05-28 21:23:23

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3樓: Originally posted by cxb-abc at 2012-05-28 21:16:14
你用什么染得色？PAGE膠的銀染效果有沒(méi)有試過(guò)？

銀染還沒(méi)有試過(guò) ，但是奇怪的是我的結(jié)果marker就沒(méi)有問(wèn)題，而且條帶最下面的分界線很清楚，就是我需要的片段大小。。。。

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5樓2012-05-29 08:49:33

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4樓: Originally posted by yuyitt at 2012-05-28 21:23:23
sybr green I染色的。
關(guān)鍵是，marker沒(méi)有任何問(wèn)題，沒(méi)有一點(diǎn)拖尾，但是PCR產(chǎn)物就有拖尾，很奇怪...

瓊脂糖膠拉不開(kāi)距離，page膠是可以的，你P的過(guò)程中，條件有沒(méi)有換？比如試劑，PCR儀？不一個(gè)批次的試劑效果不一樣，不一樣的PCR儀P的效果也不一樣。

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6樓2012-05-29 20:39:07

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6樓: Originally posted by cxb-abc at 2012-05-29 20:39:07
瓊脂糖膠拉不開(kāi)距離，page膠是可以的，你P的過(guò)程中，條件有沒(méi)有換？比如試劑，PCR儀？不一個(gè)批次的試劑效果不一樣，不一樣的PCR儀P的效果也不一樣。...

如果有一點(diǎn)拖尾我覺(jué)得會(huì)很正常啊，但是這個(gè)本來(lái)230-270bp 的片段卻跑出230-500多的條帶，也有點(diǎn)太離譜了。。暈死了，我同一批樣，從來(lái)沒(méi)有換過(guò)儀器。
今天有個(gè)同學(xué)說(shuō)page膠跑DNA的時(shí)候DNA都會(huì)大量殘留于加樣孔，據(jù)說(shuō)有專門的loading buffer，但是我卻沒(méi)有查到這個(gè)，另外我查《精編分子生物實(shí)驗(yàn)手冊(cè)》看到，如果有蛋白質(zhì)的話，蛋白質(zhì)-DNA相互作用會(huì)阻礙DNA的電泳。不著調(diào)具體是咋樣的。

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7樓2012-05-30 15:51:43

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引用回帖:

7樓: Originally posted by yuyitt at 2012-05-30 15:51:43
如果有一點(diǎn)拖尾我覺(jué)得會(huì)很正常啊，但是這個(gè)本來(lái)230-270bp 的片段卻跑出230-500多的條帶，也有點(diǎn)太離譜了。。暈死了，我同一批樣，從來(lái)沒(méi)有換過(guò)儀器。
今天有個(gè)同學(xué)說(shuō)page膠跑DNA的時(shí)候DNA都會(huì)大量殘留于加樣孔，據(jù) ...

我做的是植物總DNA，后續(xù)也有PAGE膠檢測(cè)擴(kuò)增產(chǎn)物，沒(méi)有出現(xiàn)所謂的DNA殘留在空中，之所以用loading buffer之類的緩沖液是為了讓樣品點(diǎn)在膠孔的底部，不會(huì)上漂，是的跑出來(lái)的條帶整齊美觀而已

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不但要做一個(gè)優(yōu)秀的人，更要做一個(gè)無(wú)可取代的人…

8樓2013-07-22 19:13:38

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可以試試用跟高濃度的瓊脂糖凝膠，并減少上樣量，于marker相比你加的明顯多了，

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越學(xué)越無(wú)知

9樓2013-07-22 20:45:35

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為什么在點(diǎn)樣空這么多殘留物？應(yīng)該不是DNA吧

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前進(jìn)吧

10樓2013-10-25 17:43:45

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