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簡(jiǎn)并引物的簡(jiǎn)并度多少正常
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一般簡(jiǎn)并引物的簡(jiǎn)并度大概多少正常? 簡(jiǎn)并引物PCR的退火溫度能超過(guò)60度嗎？（我做的梯度PCR，在58——63度都有條帶） |
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wanghd2826
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小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-05-30 13:42:52
小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-05-30 13:42:52
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簡(jiǎn)并引物一般是要以氨基酸保守序列來(lái)參考的，因?yàn)槊艽a子的簡(jiǎn)并性緣故，只有氨基酸的序列才是相對(duì)保守的。個(gè)人感覺(jué)用軟件設(shè)計(jì)的簡(jiǎn)并引物并不可靠，不如自己設(shè)計(jì)。找到保守的氨基酸序列后，一般上下游各找到7-9個(gè)連續(xù)的相對(duì)保守的氨基酸區(qū)域，之后根據(jù)簡(jiǎn)并密碼子表就可以輕松翻譯出來(lái)。盡量不要以堿基作為參考，并不是很準(zhǔn)確。 |
4樓2012-05-30 11:04:17
wanghd2826
鐵蟲 (小有名氣)
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小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-05-29 13:52:13
小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-05-29 13:52:13
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1、一般來(lái)說(shuō)，簡(jiǎn)并度在1024之內(nèi)正常，但是超過(guò)1024是很常見(jiàn)的事。自己做過(guò)幾對(duì)簡(jiǎn)并引物都大于1024，但是后來(lái)擴(kuò)增都沒(méi)問(wèn)題。簡(jiǎn)并度高是因?yàn)楹?jiǎn)并引物中的N，如果有錢，可以用i（次黃嘌呤）代替N，這樣簡(jiǎn)并度就會(huì)減少很多，一般都能達(dá)到要求。 2、簡(jiǎn)并引物的退火溫度一般都不高，這樣有利于引物本身更好的與模板相結(jié)合。簡(jiǎn)并度稍高的簡(jiǎn)并引物退火溫度盡量不要超過(guò)60°，50°左右最好。 希望對(duì)lz有所幫助。 |
2樓2012-05-29 09:10:37
3樓2012-05-30 09:11:07
5樓2012-05-31 16:04:19
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