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淺秋0321新蟲 (初入文壇)
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高斯09尋找過渡態(tài)，急需幫助，十分感謝
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各位前輩，第一次發(fā)帖，懇請(qǐng)大家多多幫助。如果表述有什么不清楚的地方，請(qǐng)隨時(shí)告知哈。謝謝 下面的結(jié)構(gòu)是我的基礎(chǔ)結(jié)構(gòu)（complex），其中1號(hào)Mn是3價(jià)的，2號(hào)Mn是4價(jià)的，每個(gè)Mn旁邊都一個(gè)配體水。我想找一個(gè)醋酸根取代一個(gè)Mn旁邊的配體水的過渡態(tài)，可是一個(gè)都找不到。嘗試了ts的方法，我自己設(shè)計(jì)的ts結(jié)構(gòu)是一個(gè)六元環(huán)的結(jié)構(gòu)，如下的ts結(jié)構(gòu)。不知道這種六元環(huán)的結(jié)構(gòu)是合理的嗎？（我比較傻的對(duì)這個(gè)猜測(cè)的ts結(jié)構(gòu)沒有優(yōu)化，就算了一下頻率，只有一個(gè)虛頻，而且振動(dòng)方向?qū)?yīng)著取代反應(yīng)的成斷鍵，感覺應(yīng)該還是有些靠譜的。可是一用ts方法進(jìn)行過渡態(tài)優(yōu)化的時(shí)候醋酸根就會(huì)和Mn原子連上，虛頻也變了）。因?yàn)橹皬臎]算過過渡態(tài)，后來嘗試用qst3的方法，感覺也是一頭霧水。懇請(qǐng)各位前輩給指調(diào)明路，十分感謝！ （complex） 3 2 Mn -1.12334000 0.00185400 0.61431900 Mn 1.31636300 0.00351200 -0.58131700 O -0.35867700 0.00586600 -1.09143600 O 0.67071600 0.00011400 1.04360500 O -1.46711200 0.00675300 2.71027200 O 1.85023300 0.00828800 -2.62270800 N -1.83313200 -2.16576500 0.73532600 N -3.09747800 -0.00502100 -0.12647800 N -1.84747100 2.16631200 0.72834700 N 1.76520000 -1.99452800 -0.62427100 N 3.23842700 0.00022500 0.02852700 N 1.76870600 2.00088200 -0.61379300 C -3.02462700 -2.39354900 0.11122500 C -3.67334000 -1.19334900 -0.46131500 C -4.83832500 -1.22202800 -1.23766300 C -5.41336500 -0.01541000 -1.64643400 C -4.84427800 1.19650300 -1.24508700 C -3.67927500 1.17836600 -0.46841500 C -3.03738000 2.38513400 0.09805800 C 3.00421100 -2.33677300 -0.13358100 C 3.81673900 -1.19200100 0.31398900 C 5.06881000 -1.22232900 0.93815800 C 5.68887700 -0.00514500 1.25447900 C 5.07081300 1.21476900 0.94483200 C 3.81871000 1.18991600 0.32048500 C 3.00816500 2.33843700 -0.12099300 C 0.96399800 -2.93660900 -1.16622800 C 3.43256000 -3.66490800 -0.15515500 C 1.35548400 -4.27699500 -1.22880900 C 2.59915700 -4.64708400 -0.70747700 C 0.96926200 2.94713200 -1.15104600 C 3.43874100 3.66593500 -0.13545300 C 1.36302500 4.28717400 -1.20646300 C 2.60714300 4.65241800 -0.68279800 C -1.21982800 -3.17389000 1.39385700 C -3.60790800 -3.66715300 0.11247900 C -2.96650200 -4.71208300 0.78776000 C -1.75835400 -4.46205800 1.44850200 C -3.62585200 3.65632400 0.08856300 C -1.24138000 3.18107000 1.38338500 C -1.78548400 4.46731200 1.42757000 C -2.99161200 4.70822700 0.75979400 H -5.29409900 -2.16097300 -1.52222200 H -5.30479900 2.13138100 -1.53530000 H 5.55412300 -2.15901600 1.18082200 H 5.55767000 2.14930700 1.19263500 H 2.72759700 0.00921300 -3.04467500 H 1.12298100 0.01014200 -3.27143000 H -0.71977700 -0.00240200 3.33440800 H -2.32793000 0.01626100 3.16463900 H -6.30841300 -0.01948300 -2.25755500 H 6.65670900 -0.00727700 1.74244900 H 0.69919000 -5.00868100 -1.68325300 H 2.92722700 -5.67954400 -0.74357700 H 4.40995100 -3.93281100 0.22657600 H 0.01223200 -2.59270100 -1.54716500 H 0.70809800 5.02234500 -1.65723700 H 2.93695000 5.68450300 -0.71331800 H 4.41646900 3.93020600 0.24794400 H 0.01705400 2.60677200 -1.53405500 H -3.41465200 -5.69875100 0.81223400 H -1.25165300 -5.24285100 2.00260300 H -1.28454200 5.25360700 1.97912900 H -3.44379900 5.69322300 0.77585200 H -4.55864600 -3.84619000 -0.37298300 H -0.28778400 -2.92774000 1.88816500 H -4.57511700 3.82838700 -0.40224200 H -0.31075600 2.94187900 1.88373000 猜測(cè)的ts結(jié)構(gòu)： #p freq=noraman ub3lyp/3-21g scf(maxcycle=300) 2 8 Mn 0.99600100 -0.00142200 0.28129700 Mn -1.51136400 -0.00076300 -0.80619500 O 0.13277600 0.02053700 -1.40518600 O -0.82216400 -0.06990700 0.76588000 O 3.45206400 0.05322900 1.58323100 O -2.14740300 0.01468500 -2.84578900 N 1.70186100 2.15975700 0.27282700 N 2.83793000 0.00370700 -0.74613000 N 1.70310300 -2.14573100 0.27451100 N -1.93571600 1.96670000 -0.80117400 N -3.39106700 -0.00164100 -0.10053300 N -1.92725200 -1.96225100 -0.83350100 C 2.79667200 2.38207400 -0.49846500 C 3.35767600 1.17995900 -1.15668800 C 4.39974600 1.21195100 -2.09009100 C 4.91029200 0.00273700 -2.57972000 C 4.39655300 -1.20333100 -2.09862800 C 3.35976700 -1.17746400 -1.16566700 C 2.79374600 -2.37714300 -0.49956400 C -3.14381200 2.32565800 -0.25274000 C -3.94478300 1.18348700 0.22913700 C -5.15548100 1.20656800 0.92150100 C -5.75247900 -0.01587600 1.25949000 C -5.15139700 -1.23101100 0.90645700 C -3.93875200 -1.19355500 0.21422000 C -3.13408700 -2.32615900 -0.28332800 C -1.14257700 2.89923700 -1.37624300 C -3.54976200 3.65549900 -0.24768700 C -1.51837700 4.24254700 -1.41409800 C -2.72997100 4.62502400 -0.83232300 C -1.13177800 -2.87790500 -1.41183300 C -3.53225000 -3.66106900 -0.28653700 C -1.49753400 -4.22863800 -1.45469000 C -2.70583900 -4.62225500 -0.88177600 C 1.17124700 3.16588200 0.99565200 C 3.37292900 3.65370500 -0.57961900 C 2.82186100 4.70230300 0.16145800 C 1.70515700 4.45565800 0.96774900 C 3.36436200 -3.65121300 -0.58506000 C 1.16849400 -3.15311600 1.00215100 C 1.69981900 -4.44091300 0.97602700 C 2.80926600 -4.69400400 0.16525000 H 4.81049600 2.15046900 -2.43604500 H 4.80647600 -2.14158900 -2.44648600 H -5.62436300 2.13974700 1.20388400 H -5.61599300 -2.16986200 1.17733700 H -3.04130400 0.22120600 -3.26777700 H -1.42418100 0.01296100 -3.52200600 H 3.12483400 -0.00340900 2.56897100 H 4.45530500 -0.13263300 1.60554300 H 5.70364000 0.00574500 -3.31143500 H -6.68968600 -0.02354300 1.80732500 H -0.86801500 4.96581400 -1.88700000 H -3.04168600 5.66145700 -0.84999300 H -4.50554300 3.93471200 0.18075000 H -0.21865800 2.52943200 -1.79168500 H -0.84651600 -4.94567600 -1.93845200 H -3.00967200 -5.66086100 -0.90039100 H -4.48144900 -3.95050500 0.14189700 H -0.20429400 -2.50959300 -1.83239200 H 3.26510700 5.68865100 0.11866700 H 1.27390100 5.24111600 1.57373600 H 1.26400400 -5.22215300 1.58908600 H 3.24880700 -5.68258400 0.12883000 H 4.25303800 3.82512400 -1.18713000 H 0.31725100 2.91967500 1.61139700 H 4.23730600 -3.83113100 -1.19477900 H 0.31423700 -2.89044700 1.61389800 C 1.34500500 -0.02113800 3.93392900 O 2.55470800 -0.10149500 4.30544000 O 0.95783800 0.06202400 2.66014500 C 0.18076200 -0.01704300 4.94018800 H -0.42883800 0.87853200 4.79033200 H -0.45814300 -0.89278500 4.76762400 H 0.57662500 -0.04236500 5.96623100 用ts方法優(yōu)化的命令行#p opt=(ts,calcfc,noeigentest) freq=noraman ub3lyp/3-21g scf(maxcycle=300) 嘗試了固定原子，用iop(1/8=7)縮小步長(zhǎng)的方法，都不行。不知道是不是哪里出了錯(cuò)。   |
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2樓2012-06-02 14:32:36
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| 找過渡態(tài)，方法一般用有這么兩種，第一，就是樓主你所用的TS，但是，看了樓主你的說明，建議最好在TS前，使用Redundant Coordinate進(jìn)行冗余坐標(biāo)設(shè)定，將你所要找的相關(guān)過渡態(tài)的關(guān)鍵原子的坐標(biāo)固定住，再Opt，做一次優(yōu)化，再Ts，這樣靠譜點(diǎn)，然后別忘了，Ts后，做一個(gè)IRC路徑追蹤，有時(shí)候看虛頻不一定能看出來。第二，用QST2或者QST3，這兩種方法比較偷懶，不過，前提是，你所提供的初始物和產(chǎn)物要進(jìn)行過Opt，如果你用了QST3，還要給一個(gè)你猜測(cè)的構(gòu)型，當(dāng)然，這個(gè)猜測(cè)的不用你來優(yōu)化，個(gè)人淺酌，僅供參考。 |
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3樓2012-06-02 20:28:02
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送鮮花一朵 |
十分感謝您！請(qǐng)問“在TS前，使用Redundant Coordinate進(jìn)行冗余坐標(biāo)設(shè)定，將你所要找的相關(guān)過渡態(tài)的關(guān)鍵原子的坐標(biāo)固定住，再Opt”，我將所猜測(cè)的ts初始結(jié)構(gòu)固定了參與過渡態(tài)的原子，也嘗試了下固定參與過渡態(tài)的鍵長(zhǎng)，但是不知道是不是我的初始有問題，優(yōu)化了好多步（用Guassview查看是450步），結(jié)構(gòu)已經(jīng)跑掉了，然后是l9999錯(cuò)誤。應(yīng)該怎么辦呢？ 用qst3算的時(shí)候，看很多經(jīng)驗(yàn)貼上說需要確定反應(yīng)物和產(chǎn)物一定是在反應(yīng)坐標(biāo)的兩側(cè)，這一點(diǎn)讓我有點(diǎn)困惑，不知道對(duì)于我這個(gè)體系，應(yīng)該怎么處理呢？ 再次感謝您的幫助哈！  |
4樓2012-06-04 08:43:36
scottfreedom
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這種情況我也遇見過，原因一般都是固定的原子的鍵長(zhǎng)，鍵角的問題，在Gaussian里面，有時(shí)候，可能就是那么一點(diǎn)點(diǎn)差距，得到的結(jié)果就會(huì)有很大的不同，所以，用Redundant Cordinate優(yōu)化找過渡態(tài)，是一件很耗費(fèi)腦力和精力的事情，如果實(shí)在是很煩，也可以嘗試scan，不過這個(gè)方法我也只是聽說過，具體的，還是要等高手來解決，建議樓主可以在壇子里搜搜過渡態(tài)的相關(guān)帖子，說不定會(huì)有答案的啦！慢慢來啦！不急的！ |
5樓2012-06-04 20:56:22
淺秋0321
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。折騰了一個(gè)多月了，有點(diǎn)小崩潰呢，謝謝兄臺(tái)的鼓勵(lì)
期待能早日找到�。�6樓2012-06-05 08:41:08
scottfreedom
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7樓2012-06-05 17:39:58
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