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原核表達(dá)載體構(gòu)建,測序不成功
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郁悶死了,構(gòu)建原核表達(dá)載體,提質(zhì)粒電泳檢測是大于兩千,又用目的基因的引物做pcr檢測,條帶正確,然后送測序,告訴我可能是空載。。。。。。。 要是空載的話我pcr還能有目的條帶嗎?這個(gè)構(gòu)建了好久了,一直沒成功,快瘋了 |
【分子生物】EPI帖 | 測序相關(guān)問題 |
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同意11樓的建議,從測序峰圖來看,是信號(hào)雜,可能的原因是質(zhì)粒濃度低。如果是用您PCR擴(kuò)增引物進(jìn)行測序的話,還可能存在引物不適合測序的情況。此外,如果您的質(zhì)粒存在復(fù)雜結(jié)構(gòu),或者是GCrich等特殊情況,那么測序也有可能存在信號(hào)雜。 補(bǔ)充上述11樓的建議:質(zhì)粒重轉(zhuǎn)化后,挑單克隆取5-6ml的菌液隔夜培養(yǎng)后,離心后棄去上清液,將沉淀后的菌體送測序,由測序公司直接抽提質(zhì)粒后進(jìn)行測序(即沉菌直抽),這樣容易抽提到濃度較好的質(zhì)粒,從而提高測序的成功率。 此外,當(dāng)挑取的克隆樣品為空載與帶有插入片段的重組子的混合克隆時(shí),用特異引物PCR進(jìn)行鑒定,引物有可以結(jié)合的模板,產(chǎn)物以指數(shù)級(jí)進(jìn)行增長,所以您在電泳時(shí)是可以看到特異條帶的,但測序是用單條引物進(jìn)行線性擴(kuò)增,當(dāng)模板量很少時(shí),產(chǎn)物會(huì)更少,當(dāng)進(jìn)行熒光檢測時(shí),很有可能被當(dāng)做背景峰或在峰圖中完全不能夠體現(xiàn)。還有含有少量重組子的混合克隆,在經(jīng)過再次培養(yǎng)時(shí)空載體的增值速度大于重組子從而導(dǎo)致重組子的衰亡,在測序結(jié)果中顯示空載。 解決辦法是:在進(jìn)行菌落PCR鑒定時(shí),可采用一側(cè)為載體上的通用引物,一側(cè)為您的特異性引物進(jìn)行鑒定,當(dāng)條帶單一且與您的目的片段長度一致則可以說明片段連接是成功的,如出現(xiàn)多條帶,長度不符或無條帶等情況,則說明連入片段可能有誤。 |
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