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xzx018鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[交流]
引物設(shè)計(jì)3‘端最后一個(gè)堿基的討論 已有10人參與
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今天設(shè)計(jì)引物看了下關(guān)于3‘端的最后一個(gè)堿基，被搞亂了，感覺出來了兩個(gè)結(jié)論：3端最好是GC和3‘最好是AT 第一個(gè)出處是takara的genome walking的說明書 原話是這樣的：一條理想的引物應(yīng)該有一個(gè)穩(wěn)定的5‘末端和相對(duì)穩(wěn)定性較弱的3‘末端。如果3‘穩(wěn)定性強(qiáng)有可能在即使5不配對(duì)的情況下造成錯(cuò)配，形成非特異性的條帶（所言之意是3‘穩(wěn)定性要較弱那也就是要有A和T） 第二種說法的出處http://zhidao.baidu.com/question/345280876.html，原話是在引物設(shè)計(jì)上都不建議3‘為A和T，因?yàn)锳T有兩個(gè)氫鍵，結(jié)合力不如TC強(qiáng)，而且做PCR要求3‘嚴(yán)格匹配和穩(wěn)定，最好不要連續(xù)的AT，并且最好以G和C結(jié)尾 其實(shí)最后總結(jié)是3‘到底是穩(wěn)定好還是相對(duì)穩(wěn)定性差一點(diǎn)點(diǎn)好，求高人指點(diǎn) |
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shiliu2011
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5樓2012-06-26 00:33:34
gywyl1977
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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樓主你是哪個(gè)kit？我怎么沒看到那句話……我在takara的另外試劑盒上看到3’端最好是G和C，A要盡量避免。 首先： 一條理想的引物應(yīng)該有一個(gè)穩(wěn)定的5‘末端和相對(duì)穩(wěn)定性較弱的3‘末端 ≠ 3‘端是A和T。 其次： 3‘端第一個(gè)堿基對(duì)于整條引物的特異性非常關(guān)鍵，一定要嚴(yán)格配對(duì)，并且最好是結(jié)合力強(qiáng)的G或者C。這個(gè)和“相對(duì)穩(wěn)定性較弱的3‘末端”并不矛盾。 最后： T在不得已時(shí)也可用用，但是A則要避免，有研究證明A出錯(cuò)的概率比另外三個(gè)大得多。 |
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xzx01812樓2012-07-10 19:37:46
2樓2012-06-25 21:45:42
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本帖內(nèi)容被屏蔽 |
3樓2012-06-25 22:04:01
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