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kakasu8270銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
sybyl 分子能量?jī)?yōu)化
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小弟最近想做3D-QSAR，用sybyl畫(huà)出分子做能量最優(yōu)化時(shí)，得到兩個(gè)能量最低的分子（鏡面對(duì)稱，如圖），另外連接苯環(huán)的鍵， 在畫(huà)分子時(shí)畫(huà)到六元環(huán)并五元環(huán)的左邊，優(yōu)化時(shí)就在左邊并不會(huì)轉(zhuǎn)到右邊，活性分子應(yīng)該用哪個(gè)？不會(huì)有兩個(gè)最低能量構(gòu)象吧？但得到的能量確實(shí)一樣。 還有在此分子基礎(chǔ)上連接其他基團(tuán)時(shí)，可以直接在優(yōu)化完的此分子上連接嗎？還是要從頭重新畫(huà)。在此五元環(huán)的甲基上直接把其中的一個(gè)H改為C再加H優(yōu)化時(shí)，優(yōu)化完單肩并不旋轉(zhuǎn)，C在加在哪優(yōu)化完還是在哪，即使c在苯環(huán)下面產(chǎn)生阻力，也不會(huì)轉(zhuǎn)到另一方向。（這個(gè)不是說(shuō)的本圖） 還有一個(gè)很dant的問(wèn)題，每次點(diǎn)comput》》minimize時(shí) ，程序就自動(dòng)關(guān)閉，重新打開(kāi)才能用，瘋了····· O(∩_∩)O謝謝各位大俠指點(diǎn)··· |
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wjmed
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
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- 注冊(cè): 2005-11-07
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- 專業(yè): 化學(xué)生物學(xué)與生物有機(jī)化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
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kakasu8270: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-07-23 10:17:45
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-07-23 10:30:01
kakasu8270: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-07-23 10:17:45
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-07-23 10:30:01
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這個(gè)是因?yàn)榱蛟拥膯?wèn)題 建議用模擬退火做一下構(gòu)象搜索，應(yīng)該能找到一個(gè)更低能量的構(gòu)象，要不然，就隨便用其中一個(gè)吧 反正我發(fā)現(xiàn)這樣得到的構(gòu)象，都不是很好用 可以直接在這個(gè)基礎(chǔ)上修改來(lái)構(gòu)建新的結(jié)構(gòu)，不過(guò)，雖然看起來(lái)疊合的和齊整，但是，q2就是不高。說(shuō)明，這個(gè)方法還是有缺陷 我平時(shí)有一種改進(jìn)的技巧，樓主可以參考？ 1、找?guī)讉�(gè)活性分子，先做一個(gè)藥效團(tuán) 2、把整個(gè)訓(xùn)練集+測(cè)試集的分子，進(jìn)行構(gòu)象搜索，然后與藥效團(tuán)疊合 3、得到的疊合構(gòu)象，應(yīng)該是符合藥效團(tuán)的活性構(gòu)象，用來(lái)做CoMFA就比較合理的 可以嘗試一下cresset公司的fieldtemplate藥效團(tuán)，用fieldalign做疊合 上次參加美國(guó)化學(xué)會(huì)年會(huì)時(shí)，看到這家公司的銷售代理了，好像軟件模塊改名稱了，你找找看吧。申請(qǐng)后可以試用1個(gè)月 |
2樓2012-07-21 01:34:27
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