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kakasu8270銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
sybyl 分子能量優(yōu)化
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小弟最近想做3D-QSAR，用sybyl畫出分子做能量最優(yōu)化時，得到兩個能量最低的分子（鏡面對稱，如圖），另外連接苯環(huán)的鍵， 在畫分子時畫到六元環(huán)并五元環(huán)的左邊，優(yōu)化時就在左邊并不會轉(zhuǎn)到右邊，活性分子應(yīng)該用哪個？不會有兩個最低能量構(gòu)象吧？但得到的能量確實一樣。 還有在此分子基礎(chǔ)上連接其他基團(tuán)時，可以直接在優(yōu)化完的此分子上連接嗎？還是要從頭重新畫。在此五元環(huán)的甲基上直接把其中的一個H改為C再加H優(yōu)化時，優(yōu)化完單肩并不旋轉(zhuǎn)，C在加在哪優(yōu)化完還是在哪，即使c在苯環(huán)下面產(chǎn)生阻力，也不會轉(zhuǎn)到另一方向。（這個不是說的本圖） 還有一個很dant的問題，每次點(diǎn)comput》》minimize時 ，程序就自動關(guān)閉，重新打開才能用，瘋了····· O(∩_∩)O謝謝各位大俠指點(diǎn)··· |
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wjmed
木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kakasu8270: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-07-23 10:17:45
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-07-23 10:30:01
kakasu8270: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-07-23 10:17:45
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-07-23 10:30:01
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這個是因為硫原子的問題 建議用模擬退火做一下構(gòu)象搜索，應(yīng)該能找到一個更低能量的構(gòu)象，要不然，就隨便用其中一個吧 反正我發(fā)現(xiàn)這樣得到的構(gòu)象，都不是很好用 可以直接在這個基礎(chǔ)上修改來構(gòu)建新的結(jié)構(gòu)，不過，雖然看起來疊合的和齊整，但是，q2就是不高。說明，這個方法還是有缺陷 我平時有一種改進(jìn)的技巧，樓主可以參考？ 1、找?guī)讉�活性分子，先做一個藥效團(tuán) 2、把整個訓(xùn)練集+測試集的分子，進(jìn)行構(gòu)象搜索，然后與藥效團(tuán)疊合 3、得到的疊合構(gòu)象，應(yīng)該是符合藥效團(tuán)的活性構(gòu)象，用來做CoMFA就比較合理的 可以嘗試一下cresset公司的fieldtemplate藥效團(tuán)，用fieldalign做疊合 上次參加美國化學(xué)會年會時，看到這家公司的銷售代理了，好像軟件模塊改名稱了，你找找看吧。申請后可以試用1個月 |
2樓2012-07-21 01:34:27
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