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mayibuku木蟲 (小有名氣)
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[求助]
PCR引物設(shè)計(jì)求助
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各位版友，最近在做一個(gè)PCR的primer設(shè)計(jì)，模板大概500bp左右，GC含量47%，位于一個(gè)環(huán)形質(zhì)粒上面，這些都很正常。但是麻煩的地方在于，我的s primer 需要一個(gè)6bp酶切位點(diǎn)以及相應(yīng)保護(hù)堿基之類的，長(zhǎng)度大概是30左右，但是我的anti primer需要在C端加上三個(gè)蛋白，也就是9bp，然后還有6bp的酶切位點(diǎn)，這樣全部加起來長(zhǎng)度達(dá)到了45bp，這樣兩個(gè)primer的長(zhǎng)度相差很大，TM相差也很大，而且anti primer已經(jīng)超過了38bp，也就是延伸溫度可能會(huì)超過74度，這樣退火延伸溫度都不太好選擇 這個(gè)PCR產(chǎn)物我是準(zhǔn)備用來做TA克隆的，因此保護(hù)堿基數(shù)目已經(jīng)設(shè)計(jì)得盡可能少了，但是還是很長(zhǎng)，這種情況應(yīng)該怎么優(yōu)化呢? |
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- 引物設(shè)計(jì)求助~
已經(jīng)有13人回復(fù)
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
mayibuku: 金幣+3, ★有幫助, 退火溫度不用考慮加上的嗎？可是第二輪開始就是整個(gè)primer和模板結(jié)合了啊 2012-07-16 21:55:48
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
mayibuku: 金幣+3, ★有幫助, 退火溫度不用考慮加上的嗎？可是第二輪開始就是整個(gè)primer和模板結(jié)合了啊 2012-07-16 21:55:48
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2樓2012-07-16 17:28:47
piaoyunokok
木蟲 (正式寫手)
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3樓2012-07-16 18:15:09
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4樓2012-07-16 19:01:29
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5樓2012-07-17 10:46:56
123n
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6樓2012-07-18 10:31:58
7樓2012-07-18 13:03:06
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