 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 2107 | 回復: 10 | ||
yqh1987銀蟲 (初入文壇)
|
[求助]
求建細菌系統(tǒng)發(fā)育樹
|
|
| 想做菌種鑒定，但是建的系統(tǒng)發(fā)育樹一直不理想，哪個大俠能幫在下建發(fā)育樹��？不勝感激啊！ MEGA的NJ建樹法，序列如下：TCGTACGCTTCTTTTTCCACCGGAGCTTGCTCCACCGGAAAAAGAGGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATCAGAAGGGGATAACACTTGGAAACAGGTGCTAATACCGTATAACAATCGAAACCGCATGGTTTTGATTTGAAAGGCGCTTTCGGGTGTCGCTGATGGATGGACCCGCGGTGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCCACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGAGAAGAACAAGGATGAGAGTAACTGTTCATCCCTTGACGGTATCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTGGAGGGTTT |
回復此樓» 猜你喜歡
276求調劑。有半年電池和半年高分子實習經歷
已經有4人回復
-
284求調劑
已經有6人回復
-
306求調劑
已經有7人回復
-
291求調劑
已經有5人回復
-
070300化學求調劑
已經有4人回復
-
070300，一志愿北航320求調劑
已經有5人回復
-
085600材料與化工
已經有9人回復
-
0703 調劑
已經有6人回復
-
招08考數學
已經有11人回復
-
276求調劑
已經有4人回復
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 這樣還有必要建系統(tǒng)發(fā)育樹嗎？
已經有10人回復
- 關于構建系統(tǒng)發(fā)育樹的問題，小白求教？為什么變形菌門老是不在一個分支
已經有10人回復
- 菜鳥求助——我系統(tǒng)發(fā)育樹構建不出來——構建出來的怎么是這樣的
已經有15人回復
- 細菌多樣性，構建系統(tǒng)進化樹中如何選擇outgroup？急�。。。。。。�
已經有15人回復
- 系統(tǒng)發(fā)育樹如何分析，得出結論？
已經有13人回復
- 建系統(tǒng)發(fā)育樹時怎么樣才能調高bootstrap值�。克徒饚�
已經有34人回復
- 怎樣建立基因文庫，以及用它建立生物發(fā)育樹
已經有9人回復
- 關于怎樣建立基因文庫，并通過文庫建系統(tǒng)發(fā)育樹
已經有9人回復
- 【求助/交流】如何構建系統(tǒng)更發(fā)育樹
已經有16人回復
- 【求助/交流】序列人工校正與構建系統(tǒng)發(fā)育樹
已經有8人回復
- 【求助/交流】關于系統(tǒng)發(fā)育樹，如何鑒定菌種
已經有12人回復
- 【求助/交流】鑒定出細菌的16SrDNA，請問如何構建系統(tǒng)發(fā)育樹？
已經有6人回復
WSW_Alone
木蟲 (著名寫手)
- MicEPI: 2
- 應助: 25 (小學生)
- 金幣: 7103.4
- 紅花: 6
- 帖子: 1265
- 在線: 281.4小時
- 蟲號: 821578
- 注冊: 2009-08-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物生態(tài)學
【答案】應助回帖
★
感謝參與，應助指數 +1
rainwander: 金幣+1, 鼓勵交流 2012-09-20 08:36:05
感謝參與，應助指數 +1
rainwander: 金幣+1, 鼓勵交流 2012-09-20 08:36:05
4樓2012-09-19 17:31:57
aloon111
金蟲 (正式寫手)
- 應助: 59 (初中生)
- 金幣: 1076.3
- 散金: 81
- 紅花: 22
- 帖子: 403
- 在線: 77.3小時
- 蟲號: 1125061
- 注冊: 2010-10-17
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物資源與分類學
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數 +1
zhang8826857: 金幣+5, 鼓勵新蟲 2012-09-19 19:47:09
感謝參與，應助指數 +1
zhang8826857: 金幣+5, 鼓勵新蟲 2012-09-19 19:47:09
|
下面是一種方法，比較復雜。我這還有更簡單的方法，用MEGA軟件做的。 1. 打開ClustalX軟件（對序列進行比對），點擊“文件”→“載入序列”；點擊“比對” →“輸出格式選項” →“phylip格式”前打勾；點擊“比對” →“完全比對”；比對完成后，關閉程序，并將生成的帶.phy后綴的文件拷貝至phylip軟件包的“exe”文件夾下。 2. 打開seqboot軟件，按照路徑輸入所拷貝的“.phy”文件，回車 3. 輸入“r”，回車→輸入1000，回車→輸入“y”，回車→輸入“5”，回車→出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時，回車，退出程序，完成seqboot（上圖中的J選項代表評估方法，默認為bootstrap法進行評估，可更改選項；R選項默認多少次，輸入1000表示共進行1000次的republicate）。自動生成文件“outfile”，可用記事本打開。 4. 將剛剛生成的outfile文件更名為infile1，打開dnadist軟件（采用鄰位相連算法構建進化樹，如采用其他算法，則用其他軟件），按照路徑輸入文件名infile1，回車 5. 輸入t，回車→輸入20，回車→輸入m，回車→輸入d，回車→輸入1000，回車→輸入y，回車→等待……等待……等待……時間長度視序列多寡長短及重復數多寡而不等，直到出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時，回車，退出程序（D選項為距離模式，默認為F84；T選項為點突變的“轉換/顛換比率”，通常在15～30之間；M選項采用和原來一樣的重復數；輸入d，采用data sets）。自動生成文件outfile。 6. 將outfile重命名為infile2，打開neighnor軟件（采用鄰位算法），按照路徑輸入infile2，回車 7. 輸入選項m，回車→輸入1000，回車→輸入奇數5，回車→輸入y，回車→等待……一定時間后出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時，回車，退出程序。生成兩個文件outfile和outtree。Outfile是分析結果的輸出報告，可用記事本打開，outtree可用treeview打開。 8. 將outfile更名為outfile1，outtree文件更名為intree1，打開consense軟件，按照路徑輸入intree1，回車 9. 輸入y，回車→等待……一定時間后出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時，回車，退出程序。生成兩個新文件outfile和outtree。Outtree就是最終結果。 10.將OUTTREE文件加上后綴“.ph”或".phy"后方可用別的軟件打開。前者可用MEGA打開，后者可用TREEVIEW打開。不過前者效果好 |
5樓2012-09-19 19:43:22
氫化大雪
木蟲 (著名寫手)
- 應助: 94 (初中生)
- 金幣: 2603.8
- 散金: 10
- 紅花: 6
- 帖子: 1113
- 在線: 230.9小時
- 蟲號: 1956903
- 注冊: 2012-08-26
- 性別: GG
- 專業(yè): 天然藥物化學
2樓2012-09-19 12:16:42
yqh1987
銀蟲 (初入文壇)
- 應助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 352.5
- 散金: 30
- 帖子: 49
- 在線: 80.5小時
- 蟲號: 1334090
- 注冊: 2011-06-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 食品科學基礎
3樓2012-09-19 16:11:35
6樓2012-09-19 23:22:14
zhangxingc
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- MicEPI: 3
- 應助: 206 (大學生)
- 貴賓: 0.06
- 金幣: 10202.4
- 散金: 233
- 紅花: 24
- 沙發(fā): 34
- 帖子: 1933
- 在線: 292.3小時
- 蟲號: 682324
- 注冊: 2008-12-26
- 性別: GG
- 專業(yè): 食品科學基礎
7樓2013-10-29 16:12:43
8樓2016-01-18 14:58:05
9樓2016-01-18 15:00:20
aloon111
金蟲 (正式寫手)
- 應助: 59 (初中生)
- 金幣: 1076.3
- 散金: 81
- 紅花: 22
- 帖子: 403
- 在線: 77.3小時
- 蟲號: 1125061
- 注冊: 2010-10-17
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物資源與分類學
10樓2016-01-18 17:33:39
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 yqh1987 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 276求調劑。有半年電池和半年高分子實習經歷 +3 | 材料學257求調劑 2026-03-23 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 298求調劑 +6 | 上岸6666@ 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求調劑院校信息 +6 | CX 330 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學071000，求調劑 +4 | 沿岸有貝殼6 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 廣西大學材料導師推薦 +3 | 夏夏夏小正 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 考研調劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 333求調劑 +5 | 87639 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩 348分求調劑 +3 | 冬辭. 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿南大，0703化學，分數336，求調劑 +3 | 收到VS 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料 271求調劑 +5 | 展信悅_ 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料學學碩080502 337求調劑-一志愿華中科技大學 +4 | 順順順mr 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 316求調劑 +6 | 梁茜雯 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學化學工藝專業(yè)（081702）315分求調劑 +12 | yangfz 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學，080502，354分求調劑 +5 | 守候夕陽CF 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿華南師大 070300（化學）304分求調劑 +3 | 0703武芊慧雪304 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料學求調劑 +4 | Stella_Yao 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703化學調劑 +4 | 18889395102 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085601專碩，總分342求調劑，地區(qū)不限 +5 | share_joy 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
 11408 一志愿西電，277分求調劑
+3
|
zhouzhen654 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] [導師推薦]西南科技大學國防/材料導師推薦 +3 | 尖角小荷 2026-03-16 | 6/300 |
|