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yqh1987銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
求建細(xì)菌系統(tǒng)發(fā)育樹
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| 想做菌種鑒定，但是建的系統(tǒng)發(fā)育樹一直不理想，哪個(gè)大俠能幫在下建發(fā)育樹��？不勝感激��！ MEGA的NJ建樹法，序列如下：TCGTACGCTTCTTTTTCCACCGGAGCTTGCTCCACCGGAAAAAGAGGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATCAGAAGGGGATAACACTTGGAAACAGGTGCTAATACCGTATAACAATCGAAACCGCATGGTTTTGATTTGAAAGGCGCTTTCGGGTGTCGCTGATGGATGGACCCGCGGTGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCCACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGAGAAGAACAAGGATGAGAGTAACTGTTCATCCCTTGACGGTATCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTGGAGGGTTT |
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yqh1987
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【答案】應(yīng)助回帖
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rainwander: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2012-09-20 08:36:05
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4樓2012-09-19 17:31:57
aloon111
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【答案】應(yīng)助回帖
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zhang8826857: 金幣+5, 鼓勵(lì)新蟲 2012-09-19 19:47:09
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhang8826857: 金幣+5, 鼓勵(lì)新蟲 2012-09-19 19:47:09
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下面是一種方法，比較復(fù)雜。我這還有更簡單的方法，用MEGA軟件做的。 1. 打開ClustalX軟件（對(duì)序列進(jìn)行比對(duì)），點(diǎn)擊“文件”→“載入序列”；點(diǎn)擊“比對(duì)” →“輸出格式選項(xiàng)” →“phylip格式”前打勾；點(diǎn)擊“比對(duì)” →“完全比對(duì)”；比對(duì)完成后，關(guān)閉程序，并將生成的帶.phy后綴的文件拷貝至phylip軟件包的“exe”文件夾下。 2. 打開seqboot軟件，按照路徑輸入所拷貝的“.phy”文件，回車 3. 輸入“r”，回車→輸入1000，回車→輸入“y”，回車→輸入“5”，回車→出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時(shí)，回車，退出程序，完成seqboot（上圖中的J選項(xiàng)代表評(píng)估方法，默認(rèn)為bootstrap法進(jìn)行評(píng)估，可更改選項(xiàng)；R選項(xiàng)默認(rèn)多少次，輸入1000表示共進(jìn)行1000次的republicate）。自動(dòng)生成文件“outfile”，可用記事本打開。 4. 將剛剛生成的outfile文件更名為infile1，打開dnadist軟件（采用鄰位相連算法構(gòu)建進(jìn)化樹，如采用其他算法，則用其他軟件），按照路徑輸入文件名infile1，回車 5. 輸入t，回車→輸入20，回車→輸入m，回車→輸入d，回車→輸入1000，回車→輸入y，回車→等待……等待……等待……時(shí)間長度視序列多寡長短及重復(fù)數(shù)多寡而不等，直到出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時(shí)，回車，退出程序（D選項(xiàng)為距離模式，默認(rèn)為F84；T選項(xiàng)為點(diǎn)突變的“轉(zhuǎn)換/顛換比率”，通常在15～30之間；M選項(xiàng)采用和原來一樣的重復(fù)數(shù)；輸入d，采用data sets）。自動(dòng)生成文件outfile。 6. 將outfile重命名為infile2，打開neighnor軟件（采用鄰位算法），按照路徑輸入infile2，回車 7. 輸入選項(xiàng)m，回車→輸入1000，回車→輸入奇數(shù)5，回車→輸入y，回車→等待……一定時(shí)間后出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時(shí)，回車，退出程序。生成兩個(gè)文件outfile和outtree。Outfile是分析結(jié)果的輸出報(bào)告，可用記事本打開，outtree可用treeview打開。 8. 將outfile更名為outfile1，outtree文件更名為intree1，打開consense軟件，按照路徑輸入intree1，回車 9. 輸入y，回車→等待……一定時(shí)間后出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時(shí)，回車，退出程序。生成兩個(gè)新文件outfile和outtree。Outtree就是最終結(jié)果。 10.將OUTTREE文件加上后綴“.ph”或".phy"后方可用別的軟件打開。前者可用MEGA打開，后者可用TREEVIEW打開。不過前者效果好 |
5樓2012-09-19 19:43:22
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