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lllllyyyy金蟲 (小有名氣)
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[求助]
swiss-model 模建
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| 最近想做蛋白模擬和分子對(duì)接，想問下都用什么軟件比較好？在swiss-model中直接用網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器模建的蛋白貌似不能直接用于pro-check,應(yīng)該做什么樣的處理較好？由于之前沒怎么接觸過生物信息，希望大家多多幫忙，謝謝~~~ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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zh1987hs: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流，AD的精度還是不錯(cuò)的~ 2012-11-04 22:03:53
zh1987hs: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流，AD的精度還是不錯(cuò)的~ 2012-11-04 22:03:53
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這幾天 也在做 不過我只是小本一個(gè)也是正在學(xué)習(xí) 據(jù)說SWISS已經(jīng)稱霸一方 但是要看你怎么用了 我的數(shù)據(jù)量比較大好幾百個(gè) 出來(lái)的很多都是不準(zhǔn)的 甚至有PDB結(jié)構(gòu)的拿序列去模出來(lái)的結(jié)果和原始結(jié)構(gòu)相差甚遠(yuǎn) 也想換用別的 目前可知的是DS但是我只有試用版的這個(gè)軟件的模建不能用 不過據(jù)說這個(gè)會(huì)比較好 還有就是MODULLER 其準(zhǔn)確性待測(cè)中 如果你數(shù)據(jù)量小 一兩個(gè)三四個(gè) 可以拿這幾種都模建一下 對(duì)接我只知道AUTODOCK 不過這個(gè)應(yīng)該比較低級(jí)吧 |
2樓2012-11-04 21:14:59
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chaizhm: 金幣+2, 謝謝 2012-11-07 09:06:02
chaizhm: 金幣+2, 謝謝 2012-11-07 09:06:02
| 同源模建的可靠程度在于你是否能找到合適的模板，如果目標(biāo)蛋白和模板蛋白的序列一致性大于30%，其結(jié)果還是有一定參考意義的。模建完的蛋白你可以通過一些在線的服務(wù)器進(jìn)行簡(jiǎn)單的優(yōu)化，也可以跑個(gè)分子動(dòng)力學(xué)松弛你的構(gòu)象。在你做對(duì)接之前，需要對(duì)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)進(jìn)行進(jìn)一步的優(yōu)化，尤其是活性位點(diǎn)附近的氨基酸殘基側(cè)鏈構(gòu)象。 |
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lllllyyyy3樓2012-11-04 22:03:15
lllllyyyy
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5樓2016-03-22 15:55:17
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